More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1209 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1209  ribosomal protein L1  100 
 
 		 231 aa  461  1e-129  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136712 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  82.61 
 
 		 230 aa  392  1e-108  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  70.4 
 
 		 235 aa  330  1e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  69.96 
 
 		 236 aa  323  1e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  69.78 
 
 		 236 aa  320  9.999999999999999e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29860  LSU ribosomal protein L1P  67.56 
 
 		 238 aa  316  2e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5111  ribosomal protein L1  66.96 
 
 		 225 aa  315  4e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.253072  normal  0.533351 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0697  50S ribosomal protein L1P  68.44 
 
 		 259 aa  315  5e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23970  LSU ribosomal protein L1P  67.26 
 
 		 239 aa  308  2.9999999999999997e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0702955  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3160  ribosomal protein L1  66.22 
 
 		 238 aa  308  5e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496068  normal  0.206569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0613  ribosomal protein L1  68 
 
 		 238 aa  306  1.0000000000000001e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0912  ribosomal protein L1  67.26 
 
 		 237 aa  303  1.0000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.911951  normal  0.174852 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21010  LSU ribosomal protein L1P  69.03 
 
 		 230 aa  301  4.0000000000000003e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.343147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  64.44 
 
 		 235 aa  301  7.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2675  ribosomal protein L1  64.89 
 
 		 238 aa  298  5e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  63.68 
 
 		 238 aa  297  8e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  63.23 
 
 		 238 aa  296  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0677  50S ribosomal protein L1  67.26 
 
 		 238 aa  293  2e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4523  ribosomal protein L1  64.44 
 
 		 239 aa  292  3e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1070  50S ribosomal protein L1  67.71 
 
 		 237 aa  291  5e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.353105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5963  50S ribosomal protein L1  61.23 
 
 		 236 aa  290  2e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0539  50S ribosomal protein L1  67.71 
 
 		 237 aa  290  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.653827  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2705  50S ribosomal protein L1  65.33 
 
 		 235 aa  288  7e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0280715 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0952  50S ribosomal protein L1  64 
 
 		 235 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0924  50S ribosomal protein L1  64 
 
 		 235 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0941  50S ribosomal protein L1  64 
 
 		 235 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0296  50S ribosomal protein L1P  66.82 
 
 		 239 aa  286  2e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2993  50S ribosomal protein L1  64.89 
 
 		 235 aa  285  4e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.560135  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10654  50S ribosomal protein L1  64.89 
 
 		 235 aa  283  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0559095 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0743  ribosomal protein L1  64.44 
 
 		 237 aa  281  7.000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  59.19 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5115  50S ribosomal protein L1  65.33 
 
 		 239 aa  277  1e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03650  50S ribosomal protein L1  64 
 
 		 239 aa  276  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.57947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6639  50S ribosomal protein L1  64.13 
 
 		 238 aa  275  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  58.22 
 
 		 231 aa  274  7e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0570  50S ribosomal protein L1  62.33 
 
 		 259 aa  271  7e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  58.95 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 235 aa  268  5e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0182  LSU ribosomal protein L1P  58.41 
 
 		 233 aa  267  8.999999999999999e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000240107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6060  50S ribosomal protein L1  62.33 
 
 		 237 aa  267  8.999999999999999e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1015  ribosomal protein L1  62.22 
 
 		 237 aa  267  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 235 aa  265  5.999999999999999e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1113  ribosomal protein L1  63.98 
 
 		 238 aa  264  8.999999999999999e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.15602  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 		 231 aa  264  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1797  50S ribosomal protein L1  60.7 
 
 		 229 aa  264  1e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00156418  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  55.11 
 
 		 231 aa  262  3e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17280  50S ribosomal protein L1  62.67 
 
 		 235 aa  263  3e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  56.28 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 		 230 aa  261  6.999999999999999e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  55.9 
 
 		 230 aa  261  6.999999999999999e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  57.33 
 
 		 233 aa  260  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  55.56 
 
 		 230 aa  260  1e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0066  50S ribosomal protein L1  54.87 
 
 		 226 aa  259  2e-68  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  53.98 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0118  50S ribosomal protein L1  58.26 
 
 		 230 aa  254  7e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000153199  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5208  50S ribosomal protein L1  58.7 
 
 		 230 aa  254  7e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140164  unclonable  7.070390000000001e-26 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  54.35 
 
 		 232 aa  253  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  58.7 
 
 		 233 aa  253  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0098  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000678721  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0098  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000000382446  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0094  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.15488e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0092  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000339498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0098  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000205875  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0128  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000143327  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0109  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.9844e-61 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  52.91 
 
 		 233 aa  253  2.0000000000000002e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 		 233 aa  252  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0092  50S ribosomal protein L1  58.08 
 
 		 230 aa  252  3e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000171982  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  54.55 
 
 		 231 aa  252  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  55.76 
 
 		 234 aa  252  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2165  50S ribosomal protein L1P  56.56 
 
 		 230 aa  253  3e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0086429  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  55.76 
 
 		 234 aa  252  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0309  50S ribosomal protein L1  51.98 
 
 		 253 aa  252  3e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000338213  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  53.95 
 
 		 232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  55.3 
 
 		 234 aa  251  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  55.95 
 
 		 233 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  54.35 
 
 		 232 aa  251  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  54.55 
 
 		 232 aa  251  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  54.26 
 
 		 230 aa  250  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  53.95 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0093  50S ribosomal protein L1  57.39 
 
 		 230 aa  249  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000014838  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1418  50S ribosomal protein L1P  53.3 
 
 		 230 aa  249  2e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000214693  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  57.83 
 
 		 233 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1519  50S ribosomal protein L1  58.52 
 
 		 229 aa  249  3e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00056705  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  56.28 
 
 		 232 aa  249  3e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  53.78 
 
 		 235 aa  248  5e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  56.28 
 
 		 231 aa  248  7e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 234 aa  247  8e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_002620  TC0592  50S ribosomal protein L1  51.52 
 
 		 232 aa  247  9e-65  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0784244  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  51.95 
 
 		 234 aa  247  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2721  50S ribosomal protein L1  56.7 
 
 		 231 aa  247  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127574  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  55.46 
 
 		 229 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0204  ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000198509  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08710  LSU ribosomal protein L1P  56 
 
 		 236 aa  246  2e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.190625  hitchhiker  0.000000021546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  52.42 
 
 		 233 aa  246  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  54.84 
 
 		 234 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1324  ribosomal protein L1  52.44 
 
 		 242 aa  245  4e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 230 aa  245  4.9999999999999997e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  53.07 
 
 		 232 aa  244  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  53.07 
 
 		 232 aa  244  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>