More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2721 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2721  50S ribosomal protein L1  100 
 
 
231 aa  467  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127574  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0309  50S ribosomal protein L1  88.21 
 
 
230 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0170319  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  77.63 
 
 
230 aa  377  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2725  50S ribosomal protein L1  79.2 
 
 
229 aa  348  3e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000462552  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2411  50S ribosomal protein L1  79.2 
 
 
229 aa  348  3e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000512351  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3692  ribosomal protein L1  76.96 
 
 
230 aa  348  4e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000151678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0856  50S ribosomal protein L1  77.29 
 
 
230 aa  345  4e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000185888  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  69.6 
 
 
231 aa  335  3.9999999999999995e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  69 
 
 
233 aa  328  6e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  70.09 
 
 
231 aa  326  2.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  65.5 
 
 
232 aa  320  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  65.2 
 
 
233 aa  317  7e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  68.86 
 
 
232 aa  316  2e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  67.41 
 
 
231 aa  312  1.9999999999999998e-84  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0407  50S ribosomal protein L1  66.81 
 
 
230 aa  312  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.3464e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  63.56 
 
 
235 aa  303  1.0000000000000001e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  70.74 
 
 
233 aa  298  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  70.31 
 
 
233 aa  298  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0182  LSU ribosomal protein L1P  62.01 
 
 
233 aa  299  3e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000240107  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1146  ribosomal protein L1  66.96 
 
 
236 aa  298  4e-80  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000284572  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  63.84 
 
 
230 aa  298  5e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  63.84 
 
 
230 aa  298  5e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0204  ribosomal protein L1  65.78 
 
 
229 aa  298  7e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000198509  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0643  50S ribosomal protein L1  59.57 
 
 
232 aa  293  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0857628  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1822  ribosomal protein L1  57.89 
 
 
242 aa  291  5e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  61.99 
 
 
234 aa  291  5e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0480  50S ribosomal protein L1  61.16 
 
 
233 aa  289  3e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.841279  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0465  50S ribosomal protein L1  61.61 
 
 
233 aa  288  4e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00222885  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0092  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  288  5.0000000000000004e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000171982  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  61.5 
 
 
236 aa  288  7e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  60.27 
 
 
234 aa  286  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0098  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000678721  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0128  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000143327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0098  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000000382446  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0094  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.15488e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0092  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000339498  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  58.41 
 
 
235 aa  285  4e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0098  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000205875  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0109  50S ribosomal protein L1  68.75 
 
 
230 aa  285  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.9844e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5208  50S ribosomal protein L1  67.86 
 
 
230 aa  285  5e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140164  unclonable  7.070390000000001e-26 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  56.22 
 
 
242 aa  284  7e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
233 aa  284  7e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  56.33 
 
 
241 aa  284  8e-76  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0118  50S ribosomal protein L1  68.3 
 
 
230 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000153199  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  60.71 
 
 
233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  60.43 
 
 
233 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  61.16 
 
 
233 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  58.33 
 
 
235 aa  282  3.0000000000000004e-75  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  60 
 
 
233 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0093  50S ribosomal protein L1  67.86 
 
 
230 aa  281  8.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000014838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  59.57 
 
 
233 aa  280  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5963  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 
236 aa  280  2e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2165  50S ribosomal protein L1P  57.85 
 
 
230 aa  279  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0086429  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  57.89 
 
 
230 aa  278  4e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1475  50S ribosomal protein L1  56.64 
 
 
237 aa  278  5e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0729357  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  59.82 
 
 
229 aa  278  6e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0301  50S ribosomal protein L1  55.26 
 
 
242 aa  276  2e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000226656  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  63.68 
 
 
234 aa  275  6e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  63.68 
 
 
234 aa  275  6e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0846  50S ribosomal protein L1  58.48 
 
 
235 aa  275  6e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000865088  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4019  ribosomal protein L1  56.05 
 
 
235 aa  273  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.534035 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  59.21 
 
 
235 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  63.21 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  57.02 
 
 
234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  56.19 
 
 
238 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0699  ribosomal protein L1  55.22 
 
 
234 aa  272  4.0000000000000004e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0241249  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  55.31 
 
 
238 aa  271  7e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0522  ribosomal protein L1  55.75 
 
 
235 aa  270  1e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4679  50S ribosomal protein L1  58.04 
 
 
235 aa  268  5e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000682303  decreased coverage  0.0030741 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0697  50S ribosomal protein L1P  55.46 
 
 
259 aa  268  7e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  62.26 
 
 
234 aa  267  8e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1324  ribosomal protein L1  53.04 
 
 
242 aa  266  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752665  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0296  50S ribosomal protein L1P  58.95 
 
 
239 aa  265  4e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2784  ribosomal protein L1  56.7 
 
 
234 aa  265  5e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0008683  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  55.16 
 
 
236 aa  265  5.999999999999999e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3327  50S ribosomal protein L1  54.63 
 
 
240 aa  264  8.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.24535  normal  0.407372 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0316  50S ribosomal protein L1  55.2 
 
 
229 aa  263  2e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000103871  hitchhiker  0.000950319 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2952  ribosomal protein L1  60.7 
 
 
235 aa  263  2e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00907027  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0066  50S ribosomal protein L1  56.95 
 
 
226 aa  263  2e-69  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0309  50S ribosomal protein L1  56.25 
 
 
253 aa  261  4.999999999999999e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000338213  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  56.64 
 
 
230 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29860  LSU ribosomal protein L1P  55.61 
 
 
238 aa  260  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  56 
 
 
235 aa  260  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  57.08 
 
 
232 aa  259  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0912  ribosomal protein L1  53.71 
 
 
237 aa  259  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.911951  normal  0.174852 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl608  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
227 aa  259  3e-68  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  56.19 
 
 
229 aa  258  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  56.19 
 
 
229 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0358  50S ribosomal protein L1  58.04 
 
 
236 aa  258  5.0000000000000005e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.235543  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1209  ribosomal protein L1  56.7 
 
 
231 aa  258  6e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  57.52 
 
 
229 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  57.71 
 
 
233 aa  258  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2675  ribosomal protein L1  54.02 
 
 
238 aa  256  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  55.75 
 
 
230 aa  256  2e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5111  ribosomal protein L1  55.02 
 
 
225 aa  256  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.253072  normal  0.533351 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6639  50S ribosomal protein L1  58.33 
 
 
238 aa  256  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0354  50S ribosomal protein L1  54.75 
 
 
229 aa  256  3e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000103528  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  57.59 
 
 
232 aa  255  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  56.76 
 
 
232 aa  254  6e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0743  ribosomal protein L1  57.64 
 
 
237 aa  253  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>