117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3554 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3554  VanW family protein  100 
 
 		 748 aa  1447    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.650443  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6965  VanW family protein  37.1 
 
 		 892 aa  373  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28220  uncharacterized vancomycin resistance protein  39.96 
 
 		 550 aa  370  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4909  VanW family protein  42.23 
 
 		 633 aa  347  4e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0204  VanW family protein  40.11 
 
 		 604 aa  345  2e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.230072 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0186  VanW family protein  38.24 
 
 		 608 aa  333  7.000000000000001e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.953695 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1124  VanW family protein  39.65 
 
 		 582 aa  328  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0405605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8063  vancomycin resistance protein- like protein  37.18 
 
 		 690 aa  324  3e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.470172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5187  VanW family protein  39.78 
 
 		 576 aa  323  5e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4452  VanW family protein  37.38 
 
 		 559 aa  307  4.0000000000000004e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0991  VanW family protein  35.56 
 
 		 1016 aa  280  6e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1161  VanW family protein  34.76 
 
 		 580 aa  259  1e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.318688  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0965  VanW family protein  35.86 
 
 		 776 aa  258  3e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.964336  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0796  VanW family protein  34.1 
 
 		 847 aa  257  5e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.823779 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0398  VanW family protein  37.59 
 
 		 620 aa  257  6e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.151032  normal  0.03789 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1126  VanW family protein  33.97 
 
 		 772 aa  254  5.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1933  VanW family protein  35.05 
 
 		 567 aa  242  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.416962  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26060  uncharacterized vancomycin resistance protein  32.81 
 
 		 765 aa  242  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0879  VanW family protein  34.31 
 
 		 580 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19490  uncharacterized vancomycin resistance protein  29.67 
 
 		 682 aa  188  3e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0459635  decreased coverage  0.00355972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0758  VanW family protein  33.42 
 
 		 1355 aa  184  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.115824 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3560  VanW family protein  28.4 
 
 		 435 aa  155  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000101582  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2263  VanW family protein  37.45 
 
 		 453 aa  150  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431466 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1436  VanW family protein  32.11 
 
 		 474 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1099  VanW family protein  33.73 
 
 		 458 aa  139  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0429527  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0777  VanW family protein  33.75 
 
 		 456 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000309113  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1577  VanW family protein  30.04 
 
 		 738 aa  135  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.272473 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0917  VanW family protein  35.94 
 
 		 491 aa  135  3e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.361573  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1178  VanW family protein  31.87 
 
 		 467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1638  VanW  39.34 
 
 		 436 aa  131  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.2815 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4437  VanW family protein  30.03 
 
 		 503 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2379  VanW family protein  27.16 
 
 		 675 aa  128  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.548137 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0345  VanW family protein  27.84 
 
 		 781 aa  128  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1933  VanW family protein  27.17 
 
 		 633 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0945976  hitchhiker  0.000000296122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2755  VanW family protein  26.9 
 
 		 670 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0472  hypothetical protein  29.97 
 
 		 510 aa  120  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000143149  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1493  VanW family protein  32.2 
 
 		 520 aa  119  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00863101 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2386  VanW  28.44 
 
 		 569 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2825  putative vancomycin resistance protein  28.65 
 
 		 652 aa  114  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1300  VanW family protein  29.11 
 
 		 491 aa  112  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00126458  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3002  VanW family protein  28.68 
 
 		 591 aa  111  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0768  VanW family protein  27.52 
 
 		 636 aa  110  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.865985  normal  0.533317 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3246  VanW family protein  27.23 
 
 		 677 aa  109  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1106  VanW family protein  28.81 
 
 		 439 aa  109  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000710478  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1823  hypothetical protein  27.94 
 
 		 569 aa  108  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1251  hypothetical protein  26.24 
 
 		 591 aa  106  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0075  VanW family protein  38.1 
 
 		 403 aa  105  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2332  VanW  33.63 
 
 		 450 aa  104  5e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0198  VanW family protein  38.56 
 
 		 393 aa  104  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3683  VanW family protein  33.33 
 
 		 489 aa  103  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.206654  hitchhiker  0.000681281 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2665  VanW family protein  28.48 
 
 		 686 aa  100  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000623276  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2468  VanW family protein  27.13 
 
 		 579 aa  99.8  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1520  vanW-like family protein  30 
 
 		 520 aa  99.4  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.516908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0787  VanW family protein  37.76 
 
 		 600 aa  99.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0036  VanW family protein  25.42 
 
 		 636 aa  98.6  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1062  VanW  32.97 
 
 		 481 aa  96.7  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0522  VanW family protein  28.99 
 
 		 417 aa  95.1  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1613  VanW family protein  26.06 
 
 		 594 aa  94.4  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0632012  normal  0.156067 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0731  hypothetical protein  29.55 
 
 		 420 aa  94.4  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4059  VanW family protein  27.61 
 
 		 642 aa  93.2  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.40506  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0513  vancomycin b-type resistance protein  29.15 
 
 		 420 aa  92.8  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0660  hypothetical protein  29.15 
 
 		 420 aa  92.8  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.50262e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0672  hypothetical protein  29.15 
 
 		 420 aa  92.4  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1310  vanW-like family protein  30.42 
 
 		 518 aa  92.4  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0571  hypothetical protein  28.74 
 
 		 420 aa  91.3  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0604  hypothetical protein  28.74 
 
 		 420 aa  91.3  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4696  vancomycin B-type resistance protein VanW  28.23 
 
 		 420 aa  90.9  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000301625 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0642  vancomycin B-type resistance protein VanW  27.98 
 
 		 420 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0515  vancomycin b-type resistance protein  28.57 
 
 		 420 aa  89.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.347228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3975  VanW family protein  34.55 
 
 		 337 aa  89.7  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000476767  unclonable  0.000000000108609 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38770  hypothetical protein  28.75 
 
 		 415 aa  88.6  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1227  VanW family protein  32.22 
 
 		 253 aa  87  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0518  VanW family protein  27.64 
 
 		 420 aa  85.5  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1302  VanW family protein  32.14 
 
 		 248 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0907  hypothetical protein  34.29 
 
 		 219 aa  83.2  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2733  VanW family protein  31.08 
 
 		 480 aa  83.2  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000046928  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0423  VanW family protein  33.85 
 
 		 314 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1452  VanW family protein  29.82 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.88765  normal  0.16265 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2042  VanW family protein  34.23 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3236  VanW family protein  37.1 
 
 		 303 aa  80.5  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166746  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1593  VanW  31.56 
 
 		 565 aa  79.3  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3641  putative lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1676  putative lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  79.3  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0114871  decreased coverage  9.71885e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3243  lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00100446  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3327  putative lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0016973  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3291  lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.012504  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3588  putative lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.54706  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3542  putative lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81276e-32 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3548  VanW-related protein  36.29 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0578688  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3551  putative lipoprotein  36.29 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0529412  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0147  VanW family protein  34 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1425  VanW family protein  22.93 
 
 		 617 aa  77  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3060  VanW family protein  31.85 
 
 		 373 aa  77  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1358  hypothetical protein  29.56 
 
 		 319 aa  76.3  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2217  VanW family protein  35.48 
 
 		 304 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000153221  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0694  copper amine oxidase-like  31.03 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000351561  unclonable  0.00000000847515 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1773  VanW family protein  35.14 
 
 		 301 aa  73.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2734  VanW  32.24 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5507  VanW family protein  26.74 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.170032 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3002  vancomycin B-type resistance protein VanW  33.93 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>