115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28220 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6965  VanW family protein  60.07 
 
 		 892 aa  659    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28220  uncharacterized vancomycin resistance protein  100 
 
 		 550 aa  1109    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1124  VanW family protein  48.45 
 
 		 582 aa  489  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0405605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5187  VanW family protein  46.69 
 
 		 576 aa  481  1e-134  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4909  VanW family protein  43.44 
 
 		 633 aa  389  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3554  VanW family protein  40.44 
 
 		 748 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.650443  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4452  VanW family protein  39.41 
 
 		 559 aa  375  1e-102  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1933  VanW family protein  40.37 
 
 		 567 aa  356  5.999999999999999e-97  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.416962  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0186  VanW family protein  34.55 
 
 		 608 aa  299  8e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.953695 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0204  VanW family protein  33.88 
 
 		 604 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.230072 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0991  VanW family protein  34.62 
 
 		 1016 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1161  VanW family protein  33.02 
 
 		 580 aa  277  4e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.318688  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0796  VanW family protein  33.57 
 
 		 847 aa  275  1.0000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.823779 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8063  vancomycin resistance protein- like protein  33.89 
 
 		 690 aa  268  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.470172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1126  VanW family protein  31.51 
 
 		 772 aa  239  6.999999999999999e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0965  VanW family protein  30.81 
 
 		 776 aa  234  4.0000000000000004e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.964336  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26060  uncharacterized vancomycin resistance protein  30.81 
 
 		 765 aa  227  5.0000000000000005e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0879  VanW family protein  32.2 
 
 		 580 aa  225  1e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0398  VanW family protein  31.72 
 
 		 620 aa  210  5e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.151032  normal  0.03789 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2825  putative vancomycin resistance protein  30.55 
 
 		 652 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19490  uncharacterized vancomycin resistance protein  27.33 
 
 		 682 aa  190  5.999999999999999e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0459635  decreased coverage  0.00355972 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38770  hypothetical protein  34.08 
 
 		 415 aa  187  3e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0758  VanW family protein  34.25 
 
 		 1355 aa  167  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.115824 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0768  VanW family protein  25.51 
 
 		 636 aa  134  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.865985  normal  0.533317 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3560  VanW family protein  29.89 
 
 		 435 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000101582  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1933  VanW family protein  25.59 
 
 		 633 aa  130  6e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0945976  hitchhiker  0.000000296122 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0036  VanW family protein  25.67 
 
 		 636 aa  130  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1178  VanW family protein  30.47 
 
 		 467 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3246  VanW family protein  26.04 
 
 		 677 aa  123  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1638  VanW  30.05 
 
 		 436 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.2815 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2755  VanW family protein  25.47 
 
 		 670 aa  116  8.999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2665  VanW family protein  22.93 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000623276  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2379  VanW family protein  24.74 
 
 		 675 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.548137 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1099  VanW family protein  34.63 
 
 		 458 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0429527  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1823  hypothetical protein  26.95 
 
 		 569 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2263  VanW family protein  38.1 
 
 		 453 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431466 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1436  VanW family protein  30.29 
 
 		 474 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1300  VanW family protein  33.2 
 
 		 491 aa  111  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00126458  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2386  VanW  30.58 
 
 		 569 aa  107  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0777  VanW family protein  30.36 
 
 		 456 aa  107  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000309113  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1613  VanW family protein  26.1 
 
 		 594 aa  105  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0632012  normal  0.156067 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2468  VanW family protein  26.03 
 
 		 579 aa  103  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0345  VanW family protein  25.55 
 
 		 781 aa  103  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0198  VanW family protein  33.19 
 
 		 393 aa  98.2  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1062  VanW  27.82 
 
 		 481 aa  96.7  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4437  VanW family protein  27.5 
 
 		 503 aa  96.3  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1577  VanW family protein  30.68 
 
 		 738 aa  96.7  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.272473 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0917  VanW family protein  28.18 
 
 		 491 aa  95.9  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.361573  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0787  VanW family protein  32.65 
 
 		 600 aa  94  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0672  hypothetical protein  34.43 
 
 		 420 aa  94  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0513  vancomycin b-type resistance protein  34.43 
 
 		 420 aa  93.6  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0660  hypothetical protein  34.43 
 
 		 420 aa  93.6  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.50262e-24 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1106  VanW family protein  25.85 
 
 		 439 aa  94  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000710478  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0571  hypothetical protein  29.48 
 
 		 420 aa  93.6  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0604  hypothetical protein  29.48 
 
 		 420 aa  93.6  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0731  hypothetical protein  34.43 
 
 		 420 aa  93.6  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0075  VanW family protein  32.87 
 
 		 403 aa  93.6  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0642  vancomycin B-type resistance protein VanW  29.48 
 
 		 420 aa  93.6  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1425  VanW family protein  23.74 
 
 		 617 aa  93.6  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0515  vancomycin b-type resistance protein  34.43 
 
 		 420 aa  93.2  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.347228  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1593  VanW  25 
 
 		 565 aa  93.2  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1493  VanW family protein  33.88 
 
 		 520 aa  92.8  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00863101 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4696  vancomycin B-type resistance protein VanW  34.95 
 
 		 420 aa  93.2  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000301625 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0522  VanW family protein  35.16 
 
 		 417 aa  92.4  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0518  VanW family protein  34.95 
 
 		 420 aa  92.4  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3002  VanW family protein  24.62 
 
 		 591 aa  92  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1251  hypothetical protein  23.84 
 
 		 591 aa  90.9  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2332  VanW  26.75 
 
 		 450 aa  87  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0472  hypothetical protein  25.29 
 
 		 510 aa  85.9  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000143149  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1520  vanW-like family protein  29.43 
 
 		 520 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.516908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3060  VanW family protein  29.21 
 
 		 373 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1227  VanW family protein  33.01 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2734  VanW  32.2 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0694  copper amine oxidase-like  29.53 
 
 		 305 aa  80.1  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000351561  unclonable  0.00000000847515 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0147  VanW family protein  35.1 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3236  VanW family protein  33.16 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166746  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2042  VanW family protein  34.67 
 
 		 366 aa  78.6  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3243  lipoprotein  33.16 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00100446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1397  vanW-related protein  30.26 
 
 		 420 aa  77.4  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000158977  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0907  hypothetical protein  31.25 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1302  VanW family protein  29.57 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3548  VanW-related protein  32.64 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0578688  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3327  putative lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0016973  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3291  lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.012504  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3588  putative lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.54706  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1310  vanW-like family protein  33.33 
 
 		 518 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3551  putative lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0529412  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3542  putative lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81276e-32 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3683  VanW family protein  32.05 
 
 		 489 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.206654  hitchhiker  0.000681281 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3641  putative lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1676  putative lipoprotein  32.64 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0114871  decreased coverage  9.71885e-23 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1209  vancomycin b-type resistance protein vanW, putative  29.39 
 
 		 420 aa  74.3  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000880463  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4059  VanW family protein  26.14 
 
 		 642 aa  74.3  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.40506  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1452  VanW family protein  32.09 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.88765  normal  0.16265 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3975  VanW family protein  26.73 
 
 		 337 aa  70.1  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000476767  unclonable  0.000000000108609 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2217  VanW family protein  32.45 
 
 		 304 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000153221  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2733  VanW family protein  29.77 
 
 		 480 aa  68.2  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000046928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1773  VanW family protein  30.33 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3002  vancomycin B-type resistance protein VanW  27.34 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1358  hypothetical protein  31.97 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>