More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1756 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  100 
 
 		 409 aa  850    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  95.6 
 
 		 409 aa  816    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  69.55 
 
 		 408 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  68.89 
 
 		 407 aa  595  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  70.05 
 
 		 413 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  63.95 
 
 		 410 aa  550  1e-155  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  63.05 
 
 		 410 aa  545  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  62.35 
 
 		 411 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  60.84 
 
 		 409 aa  529  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  61.73 
 
 		 409 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  42.75 
 
 		 395 aa  298  1e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  44.53 
 
 		 400 aa  297  2e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  42.56 
 
 		 395 aa  292  9e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  40.47 
 
 		 410 aa  288  1e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  41.05 
 
 		 385 aa  286  5e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.23 
 
 		 425 aa  283  4.0000000000000003e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.26 
 
 		 399 aa  280  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  40.51 
 
 		 408 aa  276  6e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  39.22 
 
 		 385 aa  273  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  39.64 
 
 		 399 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 		 412 aa  270  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 		 397 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.82 
 
 		 415 aa  268  2e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  40.9 
 
 		 481 aa  265  7e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  39.09 
 
 		 418 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.16 
 
 		 419 aa  265  1e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  39.58 
 
 		 402 aa  264  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  36.88 
 
 		 386 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  39.43 
 
 		 419 aa  263  3e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  38.83 
 
 		 418 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  38.58 
 
 		 418 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  37.11 
 
 		 389 aa  260  3e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  40.05 
 
 		 410 aa  259  5.0000000000000005e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  37.59 
 
 		 430 aa  259  9e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  38.18 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  37.31 
 
 		 408 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  37.92 
 
 		 393 aa  258  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  37.41 
 
 		 420 aa  257  3e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  38.56 
 
 		 422 aa  257  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.04 
 
 		 426 aa  254  3e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  37.73 
 
 		 409 aa  250  3e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  37.79 
 
 		 399 aa  249  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  36.6 
 
 		 417 aa  249  6e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  37.76 
 
 		 406 aa  249  6e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  36.57 
 
 		 408 aa  249  7e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  34.39 
 
 		 414 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  40.47 
 
 		 378 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  37.6 
 
 		 430 aa  248  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  38.97 
 
 		 364 aa  248  1e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  39.94 
 
 		 371 aa  247  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  40 
 
 		 354 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  36.25 
 
 		 399 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  40.52 
 
 		 368 aa  243  7e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.71 
 
 		 407 aa  241  1e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  36.6 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  38.48 
 
 		 385 aa  240  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  38.44 
 
 		 360 aa  239  9e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  39.34 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  38.55 
 
 		 364 aa  238  1e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  37.25 
 
 		 380 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  40.06 
 
 		 359 aa  238  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  37.6 
 
 		 424 aa  238  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  36.08 
 
 		 412 aa  238  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  35.92 
 
 		 412 aa  238  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  35.71 
 
 		 414 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  36.6 
 
 		 412 aa  237  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 412 aa  236  4e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 412 aa  236  4e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 412 aa  236  4e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  37.61 
 
 		 354 aa  236  4e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 412 aa  236  4e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  36.5 
 
 		 419 aa  236  4e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  36.91 
 
 		 423 aa  237  4e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 412 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.91 
 
 		 414 aa  236  7e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  36.08 
 
 		 412 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  36.1 
 
 		 417 aa  235  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  39.53 
 
 		 408 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  38.38 
 
 		 414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  39.53 
 
 		 383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  38.89 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  39.53 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  36.83 
 
 		 385 aa  233  3e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  38.06 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  37.35 
 
 		 360 aa  233  6e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  35.35 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 		 390 aa  231  1e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  39.77 
 
 		 374 aa  231  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  39.65 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 358 aa  230  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  40.35 
 
 		 381 aa  230  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  33.85 
 
 		 425 aa  229  6e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  35.14 
 
 		 391 aa  229  8e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.29 
 
 		 390 aa  229  9e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  34.88 
 
 		 412 aa  228  1e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  38.79 
 
 		 396 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  33.5 
 
 		 431 aa  228  2e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  35.37 
 
 		 421 aa  227  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  37.64 
 
 		 367 aa  227  3e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>