More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0161 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0161  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
100 aa  203  7e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  98 
 
 
100 aa  201  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  66 
 
 
100 aa  149  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3238  Rieske 2Fe-2S family protein  65.66 
 
 
99 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00145958  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3194  Rieske (2Fe-2S) region  68.04 
 
 
100 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.5117e-17  hitchhiker  4.2038099999999998e-22 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0845  Rieske 2Fe-2S family protein  54.64 
 
 
103 aa  121  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  51 
 
 
99 aa  117  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  50 
 
 
98 aa  113  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5415  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44 
 
 
521 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.792379  normal  0.597511 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.18 
 
 
101 aa  72  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.62 
 
 
509 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529445  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.53 
 
 
129 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349012 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2392  protein of unknown function DUF59  40 
 
 
238 aa  64.3  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3700  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.36 
 
 
129 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3687  Rieske (2Fe-2S) region  30.36 
 
 
129 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3760  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.36 
 
 
129 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.63 
 
 
129 aa  62  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1251  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.34 
 
 
289 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1282  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.34 
 
 
289 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1739  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.74 
 
 
101 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.69 
 
 
123 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5690  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.9 
 
 
104 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0215436 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2251  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
104 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.322428  normal  0.209318 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3799  NifU domain-containing protein  29.35 
 
 
291 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0716  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.02 
 
 
105 aa  60.1  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.025133  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01479  dioxygenase, ferredoxin reductase component, putative  41.18 
 
 
559 aa  60.1  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3443  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.775174 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5285  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40 
 
 
521 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3120  pyruvate oxidase  36.73 
 
 
656 aa  58.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.777401  normal  0.194873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2815  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.67 
 
 
107 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717991 
 
 
-
 
NC_006685  CNC03310  conserved hypothetical protein  46.03 
 
 
585 aa  58.5  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1329  putative dioxygenase, ferredoxin reductase component  37.89 
 
 
521 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0248077 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  31.58 
 
 
311 aa  58.2  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  29.03 
 
 
112 aa  58.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00226382  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5838  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40 
 
 
148 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.592792  hitchhiker  0.000871266 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5579  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.67 
 
 
594 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0589  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.4 
 
 
112 aa  57.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2068  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.52 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.360129  normal  0.200679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3347  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  33.67 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.14 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.165892 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03296  conserved hypothetical protein  36.84 
 
 
162 aa  56.2  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0596852 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2796  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.85 
 
 
108 aa  56.2  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.654028  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4721  Rieske (2Fe-2S) region  38.38 
 
 
104 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  26.88 
 
 
110 aa  56.6  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1996  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.88 
 
 
100 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.664018  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2308  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  25.26 
 
 
110 aa  56.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619497  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4522  Rieske (2Fe-2S) region  28.04 
 
 
116 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0311  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.98 
 
 
105 aa  55.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.021793 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.79 
 
 
101 aa  56.2  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.705451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0469  putative nitrogen-fixing NifU, Rieske (2Fe-2S) region  31.25 
 
 
289 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.483541  normal  0.014762 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5395  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.49 
 
 
105 aa  56.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.04 
 
 
106 aa  55.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6713  putative ferredoxin  35.56 
 
 
96 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491449  normal  0.188584 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1433  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  34.04 
 
 
604 aa  55.1  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3870  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  27.37 
 
 
270 aa  55.1  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1813  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
309 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1967  Rieske (2Fe-2S) region  34.38 
 
 
96 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0966264  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2057  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.69 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09103  apoptosis-inducing factor (Eurofung)  33.64 
 
 
561 aa  54.3  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0266985  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2964  hypothetical protein  25.89 
 
 
117 aa  54.3  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1911  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.88 
 
 
100 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4533  Rieske (2Fe-2S) domain protein  50.91 
 
 
294 aa  54.3  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.441672  normal  0.86514 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6175  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
593 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659991  hitchhiker  0.00257919 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1196  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.52 
 
 
289 aa  53.9  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0914  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.61 
 
 
518 aa  53.9  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0653376  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3462  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.07 
 
 
116 aa  52.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3052  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.84 
 
 
135 aa  53.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.279296  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.43 
 
 
158 aa  52.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.94 
 
 
102 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3342  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.84 
 
 
131 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.139334  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2383  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  32.69 
 
 
122 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  34.94 
 
 
102 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2066  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.42 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3228  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  33.33 
 
 
289 aa  52.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.769303  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.94 
 
 
102 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3755  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.93 
 
 
290 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3441  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.29 
 
 
599 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2814  hypothetical protein  25.23 
 
 
117 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.76 
 
 
96 aa  52  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1001  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  28.26 
 
 
116 aa  52  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  29.29 
 
 
971 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1393  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  37.04 
 
 
117 aa  52.8  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.982143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3175  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.68 
 
 
506 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0759164  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.69 
 
 
107 aa  52  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  35.87 
 
 
125 aa  52  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1307  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.79 
 
 
116 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1335  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.79 
 
 
116 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000656447 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  23.66 
 
 
111 aa  51.6  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2541  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.58 
 
 
506 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.31 
 
 
137 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0816  benzene/toluene monooxygenase ferredoxin subunit  34.74 
 
 
111 aa  51.2  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0213  Rieske (2Fe-2S) protein  36.46 
 
 
126 aa  51.2  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.225427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2486  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.63 
 
 
112 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2135  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.67 
 
 
116 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3818  Rieske (2Fe-2S) region  36.14 
 
 
111 aa  51.2  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0794094  normal  0.0599225 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4335  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  29 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1142  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.54 
 
 
114 aa  50.8  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209918  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0162  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
98 aa  50.8  0.000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000163908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0893  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.16 
 
 
504 aa  50.8  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>