More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5449 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
94 aa  191  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.1 
 
 
67 aa  113  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  110  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
68 aa  105  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  70.15 
 
 
67 aa  104  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
67 aa  104  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  103  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  103  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.33 
 
 
92 aa  102  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  102  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  102  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  100  5e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  100  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 
69 aa  100  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  99  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 
67 aa  98.6  3e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  98.2  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
65 aa  97.8  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  66.15 
 
 
69 aa  98.2  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
68 aa  98.2  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  97.4  5e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  70.31 
 
 
70 aa  97.1  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 
69 aa  97.1  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 
67 aa  96.7  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  96.7  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
69 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
68 aa  96.7  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  65.62 
 
 
69 aa  96.7  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
65 aa  96.7  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 
67 aa  96.7  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
70 aa  95.5  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  67.74 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  64.06 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  94.7  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  94.4  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  65.15 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  70.49 
 
 
70 aa  94.4  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  65.15 
 
 
70 aa  94  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 
67 aa  94  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  66.67 
 
 
69 aa  94  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  94  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  93.6  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  94  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  63.64 
 
 
70 aa  94  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  94  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  65.08 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  65.62 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  92.8  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  92  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  67.19 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  67.16 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  66.67 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  62.69 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  70.31 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 
77 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>