More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2487 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2487  transketolase  100 
 
 		 329 aa  660    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.511484  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1596  transketolase central region  88.31 
 
 		 325 aa  578  1e-164  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0994447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6170  Transketolase central region  70.99 
 
 		 334 aa  467  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0762568  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0026  Transketolase central region  72 
 
 		 330 aa  460  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.334429 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04530  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  66.67 
 
 		 344 aa  454  1e-127  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2239  transketolase central region  70.73 
 
 		 334 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0788664  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5002  Transketolase central region  70.06 
 
 		 325 aa  456  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00992852  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2098  transketolase, central region  69.82 
 
 		 334 aa  447  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0340316  normal  0.234627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3192  transketolase, central region  65.36 
 
 		 370 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2904  Transketolase central region  64.78 
 
 		 373 aa  434  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17800  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  60.41 
 
 		 349 aa  394  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0108  transketolase central region  58.13 
 
 		 329 aa  376  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.741994  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0108  transketolase, central region  57.5 
 
 		 329 aa  374  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25390  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  57.5 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0987322  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7268  transketolase central region  57.1 
 
 		 388 aa  364  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.801653  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3331  transketolase central region  57.72 
 
 		 324 aa  366  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.438418 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0057  transketolase  57.41 
 
 		 353 aa  366  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  55.79 
 
 		 329 aa  363  2e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4085  transketolase, central region  58.13 
 
 		 351 aa  360  2e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.331436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0181  putative branched-chain alpha keto acid dehydrogenase E1 beta subunit  56.56 
 
 		 327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2467  Transketolase central region  53.14 
 
 		 342 aa  356  1.9999999999999998e-97  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.773321  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8973  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  56.44 
 
 		 327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5418  Transketolase central region  56.56 
 
 		 326 aa  355  3.9999999999999996e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3966  Transketolase central region  54.97 
 
 		 357 aa  354  1e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.459906 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35860  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  51.27 
 
 		 393 aa  350  2e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.878641  normal  0.147961 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3630  transketolase, central region  57.94 
 
 		 349 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3625  transketolase, central region  57.94 
 
 		 349 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.295636  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3698  transketolase, central region  57.94 
 
 		 349 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.453667  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3381  Transketolase central region  55.69 
 
 		 357 aa  348  5e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.410697  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4857  Transketolase central region  55.35 
 
 		 326 aa  347  1e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1400  Transketolase central region  55.38 
 
 		 336 aa  348  1e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000179702 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4287  Transketolase central region  54.32 
 
 		 327 aa  347  2e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0831123 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5310  Transketolase central region  52.62 
 
 		 335 aa  346  3e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2098  Transketolase central region  57.54 
 
 		 338 aa  346  3e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0092  Transketolase central region  55.84 
 
 		 331 aa  346  4e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0757914 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00420  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  57.28 
 
 		 343 aa  345  7e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.189299  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06810  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  56.25 
 
 		 355 aa  343  2e-93  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.643583  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3854  dehydrogenase E1 component  54.97 
 
 		 706 aa  342  4e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.886533  normal  0.152539 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0032  transketolase, central region  55.95 
 
 		 327 aa  342  5e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1382  transketolase, central region  52.78 
 
 		 336 aa  341  8e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.409709  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6982  Transketolase central region  54.94 
 
 		 340 aa  339  4e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4508  transketolase, central region  54.06 
 
 		 326 aa  339  4e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12518  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit pdhB  54.04 
 
 		 348 aa  338  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000136909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0329  Transketolase central region  54.66 
 
 		 335 aa  338  7e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38870  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  55.25 
 
 		 345 aa  338  7e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.478414 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3222  Transketolase central region  53.44 
 
 		 345 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3817  Transketolase central region  51.23 
 
 		 326 aa  335  7.999999999999999e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4027  transketolase, central region  51.23 
 
 		 326 aa  335  7.999999999999999e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  54.69 
 
 		 339 aa  331  1e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3399  Transketolase central region  56.39 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00806614 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  53.68 
 
 		 325 aa  330  3e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6069  Transketolase central region  52.83 
 
 		 328 aa  329  4e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  52.32 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  52.01 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  52.32 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  51.22 
 
 		 324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  50 
 
 		 342 aa  312  4.999999999999999e-84  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  46.22 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  50.31 
 
 		 332 aa  310  2e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  49.69 
 
 		 336 aa  306  3e-82  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  50 
 
 		 328 aa  306  4.0000000000000004e-82  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  50 
 
 		 322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  49.38 
 
 		 346 aa  305  1.0000000000000001e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2647  transketolase, central region  49.38 
 
 		 326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  48.48 
 
 		 335 aa  302  5.000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  46.88 
 
 		 337 aa  300  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  50.62 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2565  transketolase, central region  47.69 
 
 		 354 aa  300  3e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.430096  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  45.4 
 
 		 320 aa  299  4e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1434  transketolase  48.77 
 
 		 326 aa  296  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  49.07 
 
 		 326 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  50 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  46.22 
 
 		 337 aa  295  9e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1516  hypothetical protein  47.08 
 
 		 324 aa  294  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1467  hypothetical protein  47.38 
 
 		 324 aa  294  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  49.22 
 
 		 326 aa  294  1e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  46.22 
 
 		 337 aa  294  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  48.25 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  48.46 
 
 		 325 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  48.07 
 
 		 337 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2192  Transketolase central region  51.88 
 
 		 323 aa  292  5e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  46.22 
 
 		 337 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  48.01 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  49.39 
 
 		 326 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  47.75 
 
 		 332 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  47.4 
 
 		 320 aa  287  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6076  transketolase central region  48.45 
 
 		 326 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.507877  normal  0.0309873 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0753  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  45.54 
 
 		 326 aa  287  2e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.102585  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0650  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  45.54 
 
 		 326 aa  287  2e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1871  transketolase central region  46.29 
 
 		 337 aa  286  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  46.11 
 
 		 341 aa  286  4e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  46.85 
 
 		 332 aa  285  7e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  44.82 
 
 		 327 aa  285  9e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  47.04 
 
 		 337 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  47.69 
 
 		 324 aa  284  1.0000000000000001e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  47.85 
 
 		 324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  46.27 
 
 		 351 aa  283  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  46.15 
 
 		 338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  45.7 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  47.92 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>