More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4376 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  99.71 
 
 
343 aa  704  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 
341 aa  705  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  99.71 
 
 
343 aa  704  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 
330 aa  683  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 
341 aa  705  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
341 aa  705  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  100 
 
 
341 aa  705  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  100 
 
 
341 aa  705  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  100 
 
 
341 aa  705  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  87.1 
 
 
341 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  87.1 
 
 
341 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  87.1 
 
 
341 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  87.1 
 
 
341 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  87.1 
 
 
341 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  85.88 
 
 
341 aa  609  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  74.34 
 
 
342 aa  538  1e-152  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 
342 aa  521  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.39 
 
 
342 aa  521  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  71.68 
 
 
347 aa  514  1e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  70.5 
 
 
347 aa  508  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  69.32 
 
 
356 aa  476  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  67.45 
 
 
356 aa  474  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  65.44 
 
 
335 aa  464  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  65.44 
 
 
335 aa  462  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  63.25 
 
 
335 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  61.59 
 
 
335 aa  452  1e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0115  transcriptional repressor  73.13 
 
 
238 aa  362  4e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.47 
 
 
342 aa  285  6e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  41.9 
 
 
337 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  40.66 
 
 
335 aa  264  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  42.04 
 
 
349 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  41.57 
 
 
335 aa  259  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  40.91 
 
 
335 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  42.68 
 
 
332 aa  255  1e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  42.64 
 
 
352 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  39.63 
 
 
344 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  41.02 
 
 
337 aa  251  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  40.24 
 
 
334 aa  248  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  40.43 
 
 
332 aa  247  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  38.11 
 
 
335 aa  245  7e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  1.06518e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.06 
 
 
339 aa  245  9e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  40.37 
 
 
334 aa  243  4e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 
330 aa  243  5e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.79 
 
 
339 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  42.6 
 
 
335 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  38.3 
 
 
335 aa  241  2e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  37.58 
 
 
332 aa  239  6e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  1.52618e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 
339 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  37.27 
 
 
332 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  232  5e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  232  8e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  232  8e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  231  9e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  231  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.37 
 
 
331 aa  229  4e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  229  4e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  36.97 
 
 
332 aa  229  5e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  35.33 
 
 
333 aa  228  8e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.47 
 
 
348 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  6.57853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.28 
 
 
330 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 
342 aa  226  6e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  9.20501e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 
335 aa  225  7e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  36.97 
 
 
338 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  38.84 
 
 
338 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 
359 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 
335 aa  223  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 
337 aa  222  8e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 
338 aa  222  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  37.96 
 
 
323 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.06 
 
 
338 aa  219  5e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  1.74135e-05 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 
336 aa  219  6e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.08 
 
 
333 aa  219  6e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 
348 aa  218  8e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  37.54 
 
 
341 aa  218  9e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.26079e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 
353 aa  218  9e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  37.7 
 
 
332 aa  218  9e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 
336 aa  218  9e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.91 
 
 
331 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.6163e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  35.48 
 
 
341 aa  216  3e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.81496e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.203e-08  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.94316e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  37.22 
 
 
341 aa  217  3e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 
333 aa  216  4e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  1.8406e-05 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  35.03 
 
 
334 aa  215  7e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  35.12 
 
 
328 aa  215  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 
327 aa  214  2e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  36.06 
 
 
341 aa  213  4e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  6.5632e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 
343 aa  213  4e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  36.06 
 
 
341 aa  213  4e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.85436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.23 
 
 
334 aa  212  6e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.5 
 
 
332 aa  212  7e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.95 
 
 
341 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.76 
 
 
341 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>