296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1666 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  42.84 
 
 		 870 aa  705    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  42.89 
 
 		 869 aa  696    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  43.79 
 
 		 866 aa  721    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01463  hypothetical protein  98.17 
 
 		 382 aa  775    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.559549  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  57.54 
 
 		 878 aa  1064    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2141  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  98.17 
 
 		 382 aa  775    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000830223  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.9 
 
 		 866 aa  723    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.77 
 
 		 869 aa  694    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.59 
 
 		 867 aa  688    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  57.42 
 
 		 878 aa  1061    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  42.89 
 
 		 869 aa  696    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  44.85 
 
 		 888 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  44.02 
 
 		 866 aa  726    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  43.9 
 
 		 866 aa  717    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.62 
 
 		 876 aa  728    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  57.42 
 
 		 863 aa  1059    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  100 
 
 		 871 aa  1788    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  42.77 
 
 		 869 aa  692    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  43.79 
 
 		 866 aa  721    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  45.08 
 
 		 873 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  42.54 
 
 		 869 aa  689    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  57.54 
 
 		 878 aa  1064    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2152  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  97.91 
 
 		 382 aa  749    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  42.56 
 
 		 870 aa  702    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  42.77 
 
 		 869 aa  691    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  57.77 
 
 		 856 aa  1052    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1589  fimbrial usher family protein  98.17 
 
 		 382 aa  775    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  57.66 
 
 		 878 aa  1063    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  42.49 
 
 		 870 aa  699    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  43.42 
 
 		 866 aa  718    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  45.08 
 
 		 888 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  42.73 
 
 		 870 aa  702    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  45.08 
 
 		 888 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  44.96 
 
 		 888 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  43.9 
 
 		 866 aa  724    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01475  hypothetical protein  98.17 
 
 		 382 aa  775    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.690608  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.13 
 
 		 833 aa  717    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.79 
 
 		 877 aa  783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  98.24 
 
 		 740 aa  1495    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  42.73 
 
 		 870 aa  702    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.6 
 
 		 837 aa  622  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  39.86 
 
 		 842 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  39.84 
 
 		 842 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.48 
 
 		 840 aa  617  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  39.86 
 
 		 842 aa  618  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  39.62 
 
 		 851 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  38.32 
 
 		 839 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  38.08 
 
 		 840 aa  572  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  36.81 
 
 		 844 aa  550  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.7 
 
 		 851 aa  540  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  38.06 
 
 		 848 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.23 
 
 		 871 aa  538  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  38.06 
 
 		 848 aa  539  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  38.06 
 
 		 848 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  38.06 
 
 		 848 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  37.72 
 
 		 848 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  38.5 
 
 		 809 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  38.5 
 
 		 809 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  38.62 
 
 		 809 aa  524  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  38.5 
 
 		 809 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  38.38 
 
 		 809 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  37.31 
 
 		 863 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.31 
 
 		 838 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  37.53 
 
 		 838 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  37.69 
 
 		 838 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  37.46 
 
 		 838 aa  505  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  37.46 
 
 		 838 aa  505  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.22 
 
 		 838 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.81 
 
 		 859 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.22 
 
 		 861 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.01 
 
 		 901 aa  491  1e-137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  35.01 
 
 		 901 aa  491  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.85 
 
 		 1040 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  34.03 
 
 		 870 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.87 
 
 		 870 aa  465  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.21 
 
 		 850 aa  465  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.04 
 
 		 866 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  34.29 
 
 		 836 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.05 
 
 		 880 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  34.02 
 
 		 836 aa  462  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.09 
 
 		 872 aa  458  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.29 
 
 		 875 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.08 
 
 		 844 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.29 
 
 		 875 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  34.52 
 
 		 836 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.31 
 
 		 839 aa  452  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  33.3 
 
 		 839 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  34.17 
 
 		 836 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.73 
 
 		 963 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.4 
 
 		 884 aa  445  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.75 
 
 		 852 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.76 
 
 		 867 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  32.38 
 
 		 850 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.79 
 
 		 853 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  32.13 
 
 		 833 aa  436  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.85 
 
 		 886 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  32.01 
 
 		 833 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.84 
 
 		 852 aa  436  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  32.37 
 
 		 833 aa  435  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.51 
 
 		 852 aa  432  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>