More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3193 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  100 
 
 
332 aa  640    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0968  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  75.72 
 
 
321 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  68.85 
 
 
323 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  52.65 
 
 
323 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  53 
 
 
319 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  38.41 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  34.52 
 
 
333 aa  167  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  36.28 
 
 
343 aa  166  5e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  35.58 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.58 
 
 
313 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  36.6 
 
 
328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.85 
 
 
313 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0378  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.67 
 
 
321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000246514  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  38.36 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1605  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.97 
 
 
293 aa  124  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  36.05 
 
 
303 aa  123  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  36.05 
 
 
303 aa  123  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0889  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.87 
 
 
300 aa  122  9e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497828  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  37.29 
 
 
307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1073  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.16 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.781085  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.82 
 
 
312 aa  119  6e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  37.29 
 
 
307 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  37.29 
 
 
307 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  37.29 
 
 
307 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  37.29 
 
 
307 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1209  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.8 
 
 
349 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000168928  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  36.55 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  33.92 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  36.55 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.54 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  36.55 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  36.55 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.79 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  33.92 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  36.55 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  36.13 
 
 
307 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  36.13 
 
 
307 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1626  NADH dehydrogenase (quinone)  28.24 
 
 
440 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0675277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0203  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.97 
 
 
329 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.746542  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  31.23 
 
 
338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.91 
 
 
313 aa  109  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  36.69 
 
 
315 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1218  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.52 
 
 
293 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  37.39 
 
 
315 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.65 
 
 
311 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  37.39 
 
 
315 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2418  NADH dehydrogenase subunit H  28.85 
 
 
330 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.68011  normal  0.208608 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.06 
 
 
307 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  31.31 
 
 
330 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  36.59 
 
 
314 aa  106  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  28.96 
 
 
353 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.07 
 
 
337 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1740  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.12 
 
 
291 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.367241  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  28.26 
 
 
322 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  36.03 
 
 
314 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1630  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.6 
 
 
331 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4985  NADH dehydrogenase (quinone)  28.57 
 
 
413 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.101143  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2502  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.46 
 
 
282 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  28.48 
 
 
353 aa  103  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3609  NADH dehydrogenase subunit H  26.89 
 
 
335 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339444  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  28.48 
 
 
353 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1035  NADH dehydrogenase subunit H  29.02 
 
 
355 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.262933  normal  0.291469 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3697  NADH dehydrogenase subunit H  27.45 
 
 
335 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116468  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1867  NADH dehydrogenase subunit H  27.45 
 
 
335 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0487349 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3409  NADH dehydrogenase subunit H  29.73 
 
 
333 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1870  NADH dehydrogenase (quinone)  30.36 
 
 
417 aa  102  9e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2766  NADH dehydrogenase subunit H  28.35 
 
 
324 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4125  NADH dehydrogenase subunit H  26.89 
 
 
335 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3203  NADH dehydrogenase subunit H  26.56 
 
 
335 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0243703  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1740  NADH dehydrogenase subunit H  26.89 
 
 
335 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0467697  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28500  NADH dehydrogenase subunit H  27.46 
 
 
329 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3371  NADH dehydrogenase I, H subunit  26.56 
 
 
335 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.37 
 
 
305 aa  101  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5570  NADH dehydrogenase subunit H  29.02 
 
 
355 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2042  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.99 
 
 
349 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268939  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  29.82 
 
 
329 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.63 
 
 
315 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1276  NADH dehydrogenase (quinone)  31.94 
 
 
415 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.815883  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1078  NADH dehydrogenase subunit H  31.58 
 
 
340 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.425523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1207  NADH dehydrogenase subunit H  31.58 
 
 
340 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1519  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.36 
 
 
282 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1360  NADH dehydrogenase subunit H  32.09 
 
 
347 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0549439  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1630  NADH dehydrogenase subunit H  28.67 
 
 
355 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2266  NADH dehydrogenase subunit H  28.67 
 
 
355 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.553652  normal  0.191599 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2242  NADH dehydrogenase subunit H  28.67 
 
 
355 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.86 
 
 
343 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2159  NADH dehydrogenase subunit H  28.67 
 
 
355 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367995  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2280  NADH dehydrogenase subunit H  28.67 
 
 
355 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421689  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0897  NADH dehydrogenase subunit H  30.34 
 
 
347 aa  99.8  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.135331  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2925  NADH dehydrogenase subunit H  30.66 
 
 
342 aa  99.8  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3131  NADH dehydrogenase (quinone)  29.9 
 
 
364 aa  99.4  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.66 
 
 
311 aa  99.4  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  36.69 
 
 
315 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1268  NADH dehydrogenase subunit H  31.42 
 
 
347 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.279404  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0422  NADH dehydrogenase subunit H  24.18 
 
 
369 aa  99.4  8e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00267889  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2558  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.68 
 
 
344 aa  99.4  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.59058  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2052  NADH dehydrogenase subunit H  30.93 
 
 
340 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0871855  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2093  NADH dehydrogenase (quinone)  28.57 
 
 
452 aa  99.4  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1610  NADH dehydrogenase (ubiquinone), H subunit  28.87 
 
 
340 aa  99  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0553  NADH-quinone oxidoreductase chain H  28.87 
 
 
340 aa  99  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>