More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1519 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1519  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  100 
 
 
282 aa  560  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2502  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  86.17 
 
 
282 aa  496  1e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1672  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  67.84 
 
 
283 aa  363  2e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3370  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  48.29 
 
 
283 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2725  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  47.69 
 
 
285 aa  264  1e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144854  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0363  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50 
 
 
292 aa  258  6e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.631394  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1083  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  46.95 
 
 
286 aa  256  3e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0148591  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1099  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.95 
 
 
290 aa  256  4e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.457086  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0151  ech hydrogenase subunit B  45.04 
 
 
287 aa  250  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0025  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.15 
 
 
285 aa  241  1e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.610569  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1731  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  45.72 
 
 
286 aa  235  5.0000000000000005e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0032732  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0779  ech hydrogenase subunit B  49.62 
 
 
282 aa  235  7e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.928258  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4115  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  45.13 
 
 
307 aa  231  7.000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_764  hydrogenase, EchB subunit  48.48 
 
 
282 aa  229  5e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0550  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  48.56 
 
 
288 aa  228  1e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3023  ech hydrogenase subunit B  41.43 
 
 
291 aa  226  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0539405  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2652  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.31 
 
 
293 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1571  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  44.06 
 
 
289 aa  223  4e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.165543 
 
 
-
 
NC_002936  DET0861  hydrogenase, EchB subunit, putative  48.85 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07230  ech hydrogenase subunit B  43.31 
 
 
290 aa  217  2e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00126519  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  42.45 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.34586 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13350  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  42.24 
 
 
939 aa  213  2.9999999999999995e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1623  ech hydrogenase subunit B  39.86 
 
 
289 aa  203  2e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  33.08 
 
 
323 aa  102  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.92 
 
 
300 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.75 
 
 
319 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  32.6 
 
 
333 aa  100  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.08 
 
 
303 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.08 
 
 
303 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.57 
 
 
332 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.08 
 
 
338 aa  99.8  4e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.07 
 
 
343 aa  96.7  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1605  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.6 
 
 
293 aa  96.7  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.89 
 
 
323 aa  95.9  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  30.11 
 
 
306 aa  91.3  1e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.94 
 
 
315 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  31.84 
 
 
307 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  33.48 
 
 
315 aa  89  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  32.38 
 
 
322 aa  89  8e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  31.39 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  31.39 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  31.39 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  31.39 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0968  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.63 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  33.94 
 
 
315 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.49 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.49 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  30.49 
 
 
307 aa  87  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  30.49 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  30.49 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  33.64 
 
 
314 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  30.49 
 
 
307 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  30.49 
 
 
307 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  30.04 
 
 
307 aa  85.5  8e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.63 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  31.56 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.28 
 
 
312 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0378  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.43 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000246514  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  32.72 
 
 
314 aa  82  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  32.39 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0889  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.89 
 
 
300 aa  79.3  0.00000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497828  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  32 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2101  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.39 
 
 
280 aa  75.9  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.614547  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1218  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.84 
 
 
293 aa  75.9  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  28.47 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.43 
 
 
313 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  28.45 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  28.57 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.06 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  24.89 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.39 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0161  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.83 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  26.61 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0568  hypothetical protein  31.37 
 
 
285 aa  73.2  0.000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.949446  hitchhiker  0.00210733 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  27.12 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  28.88 
 
 
329 aa  72  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.36 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  23.36 
 
 
308 aa  72  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  28.14 
 
 
313 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1941  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.83 
 
 
331 aa  71.6  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.552333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.25 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  26.89 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.24 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.27 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25.73 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.67 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  27.85 
 
 
340 aa  70.5  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.41 
 
 
316 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0702  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.9 
 
 
286 aa  70.1  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1019  NADH dehydrogenase subunit H  27.6 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  27.4 
 
 
340 aa  69.7  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25.97 
 
 
316 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1209  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  24.89 
 
 
349 aa  69.3  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000168928  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.85 
 
 
311 aa  69.7  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  27.52 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.67 
 
 
313 aa  68.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0156  NADH dehydrogenase (quinone)  28.45 
 
 
330 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.615758 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1216  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.9 
 
 
286 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0121  energy conserving hydrogenase A integral membrane subunit  29.92 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.42064  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1630  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>