More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1421 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  100 
 
 
323 aa  628  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  75.71 
 
 
319 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  53.59 
 
 
332 aa  321  9.000000000000001e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0968  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  56.56 
 
 
321 aa  306  3e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  48.15 
 
 
323 aa  295  8e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.44 
 
 
338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.62 
 
 
343 aa  160  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  34.82 
 
 
333 aa  151  1e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  38.92 
 
 
328 aa  150  4e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.09 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.33 
 
 
313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0378  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.66 
 
 
321 aa  132  9e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000246514  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  30.46 
 
 
322 aa  130  3e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.02 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1626  NADH dehydrogenase (quinone)  31.48 
 
 
440 aa  119  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0675277 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.33 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1605  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.56 
 
 
293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.35 
 
 
307 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.06 
 
 
311 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0889  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.57 
 
 
300 aa  112  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.21 
 
 
315 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4985  NADH dehydrogenase (quinone)  29.62 
 
 
413 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.101143  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  31.25 
 
 
307 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  31.25 
 
 
307 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  31.25 
 
 
307 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  31.25 
 
 
307 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  31.25 
 
 
307 aa  109  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  30.69 
 
 
307 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  31.88 
 
 
309 aa  109  8.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  30.29 
 
 
307 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.69 
 
 
307 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  29.47 
 
 
307 aa  108  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  30.69 
 
 
307 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  30.69 
 
 
307 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.69 
 
 
307 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.69 
 
 
303 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.69 
 
 
303 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  30.69 
 
 
307 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  30.69 
 
 
307 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1740  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.8 
 
 
291 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.367241  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.33 
 
 
312 aa  107  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1073  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.58 
 
 
322 aa  106  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.781085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  30.88 
 
 
338 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0550  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.23 
 
 
288 aa  102  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1519  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.08 
 
 
282 aa  102  8e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1218  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.48 
 
 
293 aa  102  9e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  30.49 
 
 
353 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3335  NADH dehydrogenase (quinone)  31.23 
 
 
341 aa  101  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214759  normal  0.324573 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.09 
 
 
316 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.22 
 
 
315 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1035  NADH dehydrogenase subunit H  31.58 
 
 
355 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.262933  normal  0.291469 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  32.22 
 
 
315 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  29.1 
 
 
353 aa  101  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28500  NADH dehydrogenase subunit H  27.21 
 
 
329 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.61 
 
 
315 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2502  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.98 
 
 
282 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0370  NADH dehydrogenase (quinone)  31.01 
 
 
420 aa  100  3e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.455618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  32.22 
 
 
315 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3370  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.56 
 
 
283 aa  99.8  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4397  NADH dehydrogenase subunit H  29.58 
 
 
340 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2159  NADH dehydrogenase subunit H  31.58 
 
 
355 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367995  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2280  NADH dehydrogenase subunit H  31.58 
 
 
355 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421689  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0553  NADH-quinone oxidoreductase chain H  30.21 
 
 
340 aa  99  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1610  NADH dehydrogenase (ubiquinone), H subunit  30.21 
 
 
340 aa  99  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.1 
 
 
337 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  30.82 
 
 
353 aa  99  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  31.49 
 
 
330 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.47 
 
 
316 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1209  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.15 
 
 
349 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000168928  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2725  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30 
 
 
285 aa  97.8  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144854  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2266  NADH dehydrogenase subunit H  31.16 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.553652  normal  0.191599 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0422  NADH dehydrogenase subunit H  29.58 
 
 
369 aa  97.4  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00267889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3609  NADH dehydrogenase subunit H  27.18 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339444  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1630  NADH dehydrogenase subunit H  31.16 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2242  NADH dehydrogenase subunit H  31.16 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5570  NADH dehydrogenase subunit H  30.92 
 
 
355 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0617  NADH dehydrogenase subunit H  30.14 
 
 
367 aa  97.1  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00942155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.21 
 
 
316 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1630  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.39 
 
 
331 aa  96.7  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0363  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.2 
 
 
292 aa  96.7  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.631394  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  31.91 
 
 
314 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  31.38 
 
 
314 aa  96.3  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3302  NADH dehydrogenase subunit H  31.13 
 
 
325 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1044  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.55 
 
 
357 aa  94.7  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1068  NADH dehydrogenase subunit H  30.92 
 
 
354 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393482  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2581  NADH dehydrogenase subunit H  32.06 
 
 
341 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1290  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.95 
 
 
426 aa  94.4  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.673572  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  31.96 
 
 
314 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1306  NADH dehydrogenase subunit H  30.59 
 
 
354 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310295  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  29.01 
 
 
322 aa  94.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3371  NADH dehydrogenase I, H subunit  26.48 
 
 
335 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1822  NADH dehydrogenase subunit H  30.59 
 
 
354 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3203  NADH dehydrogenase subunit H  26.53 
 
 
335 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0243703  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1297  NADH dehydrogenase subunit H  30.59 
 
 
354 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2207  NADH dehydrogenase subunit H  29.79 
 
 
354 aa  93.6  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2055  NADH dehydrogenase subunit H  29.45 
 
 
354 aa  93.6  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.845348  normal  0.111844 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1442  NADH dehydrogenase subunit H  30.48 
 
 
333 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.583863  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  31.18 
 
 
306 aa  93.6  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1884  NADH dehydrogenase subunit H  29.79 
 
 
354 aa  93.6  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.499476 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0420  NADH dehydrogenase subunit H  30.59 
 
 
352 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>