More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1731 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1731  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  100 
 
 
286 aa  566  1e-160  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0032732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3023  ech hydrogenase subunit B  68.57 
 
 
291 aa  421  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0539405  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2725  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  54.51 
 
 
285 aa  322  4e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144854  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0363  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  54.12 
 
 
292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.631394  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13350  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  54.04 
 
 
939 aa  310  1e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0025  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  55.47 
 
 
285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.610569  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07230  ech hydrogenase subunit B  52.48 
 
 
290 aa  297  1e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00126519  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50 
 
 
282 aa  292  4e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.34586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2652  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  52.87 
 
 
293 aa  288  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1623  ech hydrogenase subunit B  50.18 
 
 
289 aa  286  4e-76  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4115  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  51.99 
 
 
307 aa  284  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1571  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  51.08 
 
 
289 aa  281  7.000000000000001e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.165543 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3370  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  50.98 
 
 
283 aa  261  1e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0151  ech hydrogenase subunit B  45.85 
 
 
287 aa  255  4e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2502  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.36 
 
 
282 aa  246  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1083  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  49.45 
 
 
286 aa  245  6.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0148591  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1519  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  46.32 
 
 
282 aa  241  7e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1672  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  48.18 
 
 
283 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1099  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.02 
 
 
290 aa  229  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.457086  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0550  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  42.7 
 
 
288 aa  216  5e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0779  ech hydrogenase subunit B  44.57 
 
 
282 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.928258  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_764  hydrogenase, EchB subunit  44.19 
 
 
282 aa  209  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0861  hydrogenase, EchB subunit, putative  43.45 
 
 
282 aa  198  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.53 
 
 
343 aa  106  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.62 
 
 
303 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.62 
 
 
303 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  28.36 
 
 
322 aa  104  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.93 
 
 
338 aa  103  4e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.07 
 
 
313 aa  103  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  30.04 
 
 
307 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  30.04 
 
 
307 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  30.04 
 
 
307 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  30.04 
 
 
307 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  30.04 
 
 
307 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.31 
 
 
300 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  29.21 
 
 
333 aa  100  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  28.62 
 
 
307 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  28.62 
 
 
307 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.27 
 
 
307 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  28.27 
 
 
307 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  28.27 
 
 
307 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.27 
 
 
307 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.33 
 
 
315 aa  97.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  28.27 
 
 
307 aa  97.4  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  27.92 
 
 
307 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.21 
 
 
313 aa  95.1  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.02 
 
 
307 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  25.24 
 
 
306 aa  94.7  1e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  27.56 
 
 
307 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.72 
 
 
332 aa  92.4  8e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.01 
 
 
319 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  27.59 
 
 
328 aa  91.7  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.84 
 
 
311 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  26.71 
 
 
329 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1218  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.34 
 
 
293 aa  88.6  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0378  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.61 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000246514  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1605  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.84 
 
 
293 aa  88.6  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  25.93 
 
 
309 aa  87.8  2e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.58 
 
 
315 aa  87  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0161  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.71 
 
 
329 aa  87  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  27.1 
 
 
353 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  24.84 
 
 
329 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  28.47 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25.44 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.52 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  29.49 
 
 
315 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.49 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  25.64 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  28.31 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  28.99 
 
 
314 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.47 
 
 
312 aa  80.5  0.00000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1209  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.8 
 
 
349 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000168928  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  26.37 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1957  NADH dehydrogenase (quinone)  26.49 
 
 
352 aa  79  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.206938  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  26.13 
 
 
353 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  26.13 
 
 
353 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4468  putative formate hydrogenlyase HycD (FHL)  28.91 
 
 
316 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  31 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0881  NADH dehydrogenase (quinone)  24.51 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000223152  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  28.39 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  28.02 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1740  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  24.71 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.367241  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.7 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  25.33 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1073  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.3 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.781085  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  30.13 
 
 
316 aa  75.9  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  25.17 
 
 
340 aa  75.5  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  24.84 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0174  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  24.32 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.76533  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  30.65 
 
 
315 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0156  NADH dehydrogenase (quinone)  24.32 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.615758 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29.79 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  23.59 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.31 
 
 
312 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.44 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2558  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.62 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.59058  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.7 
 
 
316 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0968  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  23.78 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.8 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1630  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  26.69 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>