More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1284 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  100 
 
 
315 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  87.94 
 
 
315 aa  550  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  65.69 
 
 
315 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  65.36 
 
 
315 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  66.34 
 
 
315 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  65.03 
 
 
314 aa  363  1e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  65.36 
 
 
314 aa  363  2e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  61 
 
 
307 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  61 
 
 
307 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  61 
 
 
307 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  61 
 
 
307 aa  351  8.999999999999999e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  60.67 
 
 
307 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  59.46 
 
 
307 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  59.46 
 
 
307 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  59.12 
 
 
307 aa  344  8.999999999999999e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  59.12 
 
 
307 aa  344  8.999999999999999e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  59.12 
 
 
307 aa  344  8.999999999999999e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  59.12 
 
 
307 aa  344  8.999999999999999e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  58.78 
 
 
307 aa  343  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  58.78 
 
 
307 aa  343  2e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  65.03 
 
 
315 aa  341  7e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  58.45 
 
 
307 aa  341  8e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  60.34 
 
 
307 aa  333  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  60.92 
 
 
311 aa  331  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  55.92 
 
 
313 aa  325  6e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  50 
 
 
309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  54.79 
 
 
312 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  39.42 
 
 
306 aa  195  9e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  38.78 
 
 
306 aa  192  5e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  36.88 
 
 
306 aa  191  2e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  38.37 
 
 
308 aa  169  7e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  38.46 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.91 
 
 
312 aa  163  3e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.9 
 
 
305 aa  160  3e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.41 
 
 
316 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.14 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.19 
 
 
311 aa  149  4e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  35.42 
 
 
315 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  34.98 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.74 
 
 
316 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.8 
 
 
307 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.21 
 
 
316 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.74 
 
 
299 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.21 
 
 
315 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  32.39 
 
 
313 aa  142  6e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2986  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.3 
 
 
316 aa  142  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.045877  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6066  formate hydrogenlyase subunit 4  33.21 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.214804  hitchhiker  0.000633847 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0328  formate hydrogenlyase subunit 4  32.83 
 
 
316 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.346135  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0178  formate hydrogenlyase subunit 4  33.58 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  36.21 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314852  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.56 
 
 
312 aa  136  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  35.91 
 
 
328 aa  136  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.99 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.71 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  33.46 
 
 
313 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  33.46 
 
 
313 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.15 
 
 
303 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.15 
 
 
303 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1531  putative hydrogenase, membrane subunit  33.21 
 
 
316 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1616  putative hydrogenase, membrane subunit  33.21 
 
 
316 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1262  formate hydrogenlyase subunit 4  32.83 
 
 
316 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  34.21 
 
 
318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1141  hydrogenase subunit  33.87 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.887658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.82 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.82 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.82 
 
 
302 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.03 
 
 
314 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0110  formate hydrogenlyase subunit 4  33.46 
 
 
975 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0778  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  33.33 
 
 
319 aa  122  7e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.24219  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0167  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.95 
 
 
317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440005  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.96 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0603  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29.43 
 
 
317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.47269  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0731  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.38 
 
 
320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0127528  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  29.37 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  28.67 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0740  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.77 
 
 
302 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.618786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.88 
 
 
302 aa  112  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0891  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  32.62 
 
 
302 aa  112  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.91 
 
 
319 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  30.94 
 
 
322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  34.02 
 
 
323 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.56 
 
 
313 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  29.88 
 
 
317 aa  107  3e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.9 
 
 
302 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.9 
 
 
302 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1432  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  27 
 
 
313 aa  106  5e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.54 
 
 
332 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0777  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.34 
 
 
313 aa  105  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.289576  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2557  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.7 
 
 
303 aa  105  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.5 
 
 
302 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.27 
 
 
343 aa  104  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  30.41 
 
 
333 aa  103  3e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.93 
 
 
323 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.38 
 
 
338 aa  100  3e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3023  ech hydrogenase subunit B  26.32 
 
 
291 aa  99  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0539405  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.18 
 
 
313 aa  97.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.59 
 
 
282 aa  94.7  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.34586 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3782  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.31 
 
 
303 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0166339  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1731  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.82 
 
 
286 aa  90.1  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0032732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>