201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3191 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  100 
 
 
302 aa  593  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  98.68 
 
 
302 aa  588  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  73.51 
 
 
302 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  72.52 
 
 
302 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0891  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  75.17 
 
 
302 aa  425  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2557  NAD-dependent dehydrogenase subunit  75.17 
 
 
303 aa  419  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  69.21 
 
 
302 aa  414  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0740  NAD-dependent dehydrogenase subunit  78.55 
 
 
302 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.618786  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  60.14 
 
 
302 aa  326  3e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  59.43 
 
 
302 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  59.43 
 
 
302 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3782  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  60.42 
 
 
303 aa  305  7e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0166339  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0777  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  54.3 
 
 
313 aa  268  7e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.289576  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2619  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.69 
 
 
301 aa  223  4e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0721168  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0942  hydrogenase, component C-formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  39.53 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.121502  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2457  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.41 
 
 
349 aa  215  8e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.112935  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  37.76 
 
 
305 aa  192  5e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.81 
 
 
312 aa  189  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.07 
 
 
316 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.07 
 
 
316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  39.56 
 
 
316 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.55 
 
 
311 aa  179  7e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  36.51 
 
 
313 aa  177  1e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  41.36 
 
 
314 aa  178  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  39.86 
 
 
318 aa  176  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3277  NAD-dependent dehydrogenase subunit  41.18 
 
 
308 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  40.94 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  41.26 
 
 
316 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  39.93 
 
 
313 aa  169  4e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.87 
 
 
299 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  38.3 
 
 
318 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  37.46 
 
 
307 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.23 
 
 
313 aa  159  4e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1141  hydrogenase subunit  36.27 
 
 
312 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.887658  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.67 
 
 
315 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  36.67 
 
 
328 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2986  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.23 
 
 
316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.045877  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  35.12 
 
 
313 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  35.12 
 
 
313 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.62 
 
 
316 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0167  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  38.24 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440005  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  35.31 
 
 
316 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314852  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  31.33 
 
 
315 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0328  formate hydrogenlyase subunit 4  33.92 
 
 
316 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.346135  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6066  formate hydrogenlyase subunit 4  33.93 
 
 
316 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.214804  hitchhiker  0.000633847 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1616  putative hydrogenase, membrane subunit  33.1 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1531  putative hydrogenase, membrane subunit  33.1 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1262  formate hydrogenlyase subunit 4  32.98 
 
 
316 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0178  formate hydrogenlyase subunit 4  31.9 
 
 
316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0110  formate hydrogenlyase subunit 4  32.99 
 
 
975 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.85 
 
 
315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0603  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29.8 
 
 
317 aa  126  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.47269  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.2 
 
 
315 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  30.21 
 
 
307 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1432  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  27.6 
 
 
313 aa  124  2e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  29.86 
 
 
307 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.86 
 
 
307 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.86 
 
 
307 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  29.86 
 
 
307 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0778  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  31.38 
 
 
319 aa  124  3e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.24219  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  29.86 
 
 
307 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  29.86 
 
 
307 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  29.86 
 
 
307 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  29.86 
 
 
307 aa  122  8e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.1 
 
 
314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.99 
 
 
307 aa  119  9e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.08 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4468  putative formate hydrogenlyase HycD (FHL)  31.65 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  30.25 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  30.25 
 
 
307 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  30.25 
 
 
307 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  30.25 
 
 
307 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  30.25 
 
 
307 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3214  hypothetical protein  38.17 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.97087  normal  0.0411002 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3433  hypothetical protein  38.17 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.845767  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0731  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.9 
 
 
320 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0127528  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  26.62 
 
 
317 aa  109  5e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  31.05 
 
 
315 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  31.05 
 
 
315 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.77 
 
 
315 aa  102  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.33 
 
 
311 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  30.54 
 
 
314 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  30.54 
 
 
314 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.96 
 
 
312 aa  95.5  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.48 
 
 
300 aa  94.7  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  27.15 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.74 
 
 
303 aa  93.2  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.74 
 
 
303 aa  93.2  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  25.27 
 
 
306 aa  92.8  7e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  30.65 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  24.91 
 
 
306 aa  91.3  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  24.4 
 
 
306 aa  90.1  4e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.29 
 
 
312 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.6 
 
 
308 aa  87.8  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.05 
 
 
338 aa  86.3  6e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.89 
 
 
319 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  30.26 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  25.17 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0151  ech hydrogenase subunit B  24 
 
 
287 aa  69.7  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  25.67 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>