More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4505 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  100 
 
 
319 aa  613  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  75.71 
 
 
323 aa  477  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  54.28 
 
 
332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0968  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  58.54 
 
 
321 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  51.55 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.02 
 
 
338 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  36.91 
 
 
343 aa  159  4e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  37.19 
 
 
328 aa  150  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.78 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.87 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  33.44 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  30.72 
 
 
322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0378  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.92 
 
 
321 aa  132  6e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000246514  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.93 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.67 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  34.67 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  34.67 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.67 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  34.67 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  33.94 
 
 
307 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1626  NADH dehydrogenase (quinone)  30.84 
 
 
440 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0675277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  34.67 
 
 
307 aa  125  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  34.67 
 
 
307 aa  125  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.2 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  33.58 
 
 
307 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1073  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.11 
 
 
322 aa  125  1e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.781085  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28500  NADH dehydrogenase subunit H  30.14 
 
 
329 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.72 
 
 
303 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.72 
 
 
303 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.21 
 
 
312 aa  123  5e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  33.46 
 
 
307 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3609  NADH dehydrogenase subunit H  30.29 
 
 
335 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339444  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  34.78 
 
 
311 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  33.46 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  33.46 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  33.46 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  33.46 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1218  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.83 
 
 
293 aa  120  3e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4125  NADH dehydrogenase subunit H  29.97 
 
 
335 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1605  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.32 
 
 
293 aa  119  6e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.81 
 
 
337 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1740  NADH dehydrogenase subunit H  29.97 
 
 
335 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0467697  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.17 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3371  NADH dehydrogenase I, H subunit  29.32 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3203  NADH dehydrogenase subunit H  28.99 
 
 
335 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0243703  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2418  NADH dehydrogenase subunit H  31.52 
 
 
330 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.68011  normal  0.208608 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.46 
 
 
315 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3697  NADH dehydrogenase subunit H  29.32 
 
 
335 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116468  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1867  NADH dehydrogenase subunit H  29.32 
 
 
335 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0487349 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1610  NADH dehydrogenase (ubiquinone), H subunit  32.45 
 
 
340 aa  116  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0553  NADH-quinone oxidoreductase chain H  32.45 
 
 
340 aa  116  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2826  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.391719  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  32.7 
 
 
340 aa  115  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  32.14 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  31.88 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2766  NADH dehydrogenase subunit H  32.1 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4985  NADH dehydrogenase (quinone)  29.63 
 
 
413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.101143  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2550  NADH dehydrogenase subunit H  31.82 
 
 
325 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  32.68 
 
 
340 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2506  NADH dehydrogenase subunit H  31.82 
 
 
325 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  32.34 
 
 
330 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2668  NADH dehydrogenase subunit H  31.82 
 
 
325 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2561  NADH dehydrogenase subunit H  31.82 
 
 
325 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7684  NADH dehydrogenase (quinone)  33.22 
 
 
472 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2461  NADH dehydrogenase subunit H  31.82 
 
 
325 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.13 
 
 
343 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1498  NADH dehydrogenase subunit H  32.1 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02207  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1375  NADH dehydrogenase (quinone)  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0103181  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2436  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  31.83 
 
 
322 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2431  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3421  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.950674  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2658  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2575  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29930  NADH dehydrogenase subunit H  30.38 
 
 
331 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1370  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  113  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.638509  normal  0.284732 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02167  hypothetical protein  31.71 
 
 
327 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2563  NADH dehydrogenase subunit H  30.03 
 
 
331 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1460  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1810  NADH dehydrogenase subunit H  31.71 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.639781 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  32.67 
 
 
341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1400  NADH dehydrogenase subunit H  31.48 
 
 
324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2002  NADH dehydrogenase subunit H  32.29 
 
 
354 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.4994  normal  0.0583966 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3302  NADH dehydrogenase subunit H  31.34 
 
 
325 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1566  NADH dehydrogenase subunit H  31.36 
 
 
325 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1035  NADH dehydrogenase subunit H  31.49 
 
 
355 aa  109  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.262933  normal  0.291469 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  33.84 
 
 
329 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0889  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.53 
 
 
300 aa  109  8.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497828  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1878  NADH dehydrogenase subunit H  30.67 
 
 
411 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.349775  normal  0.979867 
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  30.87 
 
 
353 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6675  NADH dehydrogenase subunit H  32.36 
 
 
447 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1740  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.72 
 
 
291 aa  108  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.367241  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0370  NADH dehydrogenase (quinone)  30.35 
 
 
420 aa  108  2e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.455618  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2581  NADH dehydrogenase subunit H  31.7 
 
 
341 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  31.31 
 
 
353 aa  108  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4397  NADH dehydrogenase subunit H  31.32 
 
 
340 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1957  NADH dehydrogenase (quinone)  30.38 
 
 
352 aa  108  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.206938  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  33.22 
 
 
329 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0375  NADH-quinone oxidoreductase, chain H  30.41 
 
 
321 aa  106  4e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>