More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4125 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4125  NADH dehydrogenase subunit H  100 
 
 		 335 aa  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3609  NADH dehydrogenase subunit H  94.93 
 
 		 335 aa  649    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1740  NADH dehydrogenase subunit H  100 
 
 		 335 aa  672    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0467697  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3697  NADH dehydrogenase subunit H  96.42 
 
 		 335 aa  636    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1867  NADH dehydrogenase subunit H  96.42 
 
 		 335 aa  636    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0487349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3371  NADH dehydrogenase I, H subunit  93.43 
 
 		 335 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3203  NADH dehydrogenase subunit H  93.13 
 
 		 335 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0243703  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2418  NADH dehydrogenase subunit H  87.73 
 
 		 330 aa  587  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.68011  normal  0.208608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2563  NADH dehydrogenase subunit H  83.18 
 
 		 331 aa  567  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28500  NADH dehydrogenase subunit H  87.42 
 
 		 329 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29930  NADH dehydrogenase subunit H  83.18 
 
 		 331 aa  567  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2826  NADH dehydrogenase subunit H  73.78 
 
 		 325 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.391719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1498  NADH dehydrogenase subunit H  73.48 
 
 		 324 aa  503  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2766  NADH dehydrogenase subunit H  73.17 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2506  NADH dehydrogenase subunit H  73.25 
 
 		 325 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2561  NADH dehydrogenase subunit H  73.25 
 
 		 325 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2461  NADH dehydrogenase subunit H  73.25 
 
 		 325 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2550  NADH dehydrogenase subunit H  73.25 
 
 		 325 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2668  NADH dehydrogenase subunit H  73.25 
 
 		 325 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02207  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1375  NADH dehydrogenase (quinone)  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0103181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1370  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.638509  normal  0.284732 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2431  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3421  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.950674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2436  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2575  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2658  NADH dehydrogenase subunit H  72.95 
 
 		 325 aa  496  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  72.53 
 
 		 322 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3126  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  72.21 
 
 		 328 aa  484  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1460  NADH dehydrogenase subunit H  72.34 
 
 		 325 aa  475  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1566  NADH dehydrogenase subunit H  72.64 
 
 		 325 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1810  NADH dehydrogenase subunit H  72.34 
 
 		 325 aa  475  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.639781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3302  NADH dehydrogenase subunit H  72.34 
 
 		 325 aa  475  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1400  NADH dehydrogenase subunit H  72.34 
 
 		 324 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02167  hypothetical protein  73.05 
 
 		 327 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2544  NADH dehydrogenase subunit H  69.6 
 
 		 324 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.38434  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0375  NADH-quinone oxidoreductase, chain H  63.75 
 
 		 321 aa  434  1e-120  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0590  NADH dehydrogenase subunit H  62.69 
 
 		 347 aa  425  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.148656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0579  NADH dehydrogenase subunit H  62.39 
 
 		 347 aa  424  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.302811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1693  NADH dehydrogenase subunit H  62.54 
 
 		 348 aa  410  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1019  NADH dehydrogenase subunit H  60.39 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1353  NADH dehydrogenase subunit H  60.39 
 
 		 316 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1121  NADH dehydrogenase subunit H  62.67 
 
 		 319 aa  370  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.308781  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1114  NADH dehydrogenase subunit H  58.02 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.787039  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0712  NADH dehydrogenase (quinone)  57.1 
 
 		 318 aa  362  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.272404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3819  NADH dehydrogenase (quinone)  57.05 
 
 		 318 aa  342  5e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2866  NADH dehydrogenase (quinone)  58.33 
 
 		 317 aa  338  7e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.473976  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1353  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.52 
 
 		 319 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.370481  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  45.27 
 
 		 341 aa  292  6e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1332  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.2 
 
 		 319 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4737  NADH dehydrogenase (quinone)  48.14 
 
 		 319 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169777  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0161  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.53 
 
 		 329 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  45.73 
 
 		 329 aa  286  5e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  47.09 
 
 		 329 aa  282  5.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0916  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  44.65 
 
 		 389 aa  282  7.000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0945521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4065  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.7 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0444558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.4 
 
 		 337 aa  279  5e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0106  putative NADH dehydrogenase I chain H  51.57 
 
 		 318 aa  275  6e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.57 
 
 		 318 aa  275  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0161254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0156  NADH dehydrogenase (quinone)  45.26 
 
 		 330 aa  275  8e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.615758 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0174  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  45.26 
 
 		 330 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.76533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1957  NADH dehydrogenase (quinone)  41.59 
 
 		 352 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.206938  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.08 
 
 		 343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  45.85 
 
 		 330 aa  271  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3388  NADH dehydrogenase (quinone)  40.88 
 
 		 390 aa  270  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1941  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.69 
 
 		 331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.552333 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2236  NADH dehydrogenase (quinone)  40.61 
 
 		 391 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.249199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  45.15 
 
 		 338 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1963  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  44.13 
 
 		 339 aa  267  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.787687  normal  0.0372303 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1276  NADH dehydrogenase (quinone)  43.85 
 
 		 415 aa  265  5.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.815883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2558  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  42.73 
 
 		 344 aa  265  8.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.59058  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1870  NADH dehydrogenase (quinone)  42.9 
 
 		 417 aa  263  2e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1156  NADH dehydrogenase (quinone)  42.64 
 
 		 348 aa  261  1e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1695  NADH dehydrogenase (quinone)  51.28 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.0025086  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  43.91 
 
 		 340 aa  260  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1884  NADH dehydrogenase subunit H  43.25 
 
 		 354 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.499476 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2207  NADH dehydrogenase subunit H  43.34 
 
 		 354 aa  260  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1508  NADH dehydrogenase (quinone)  42.41 
 
 		 352 aa  260  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00230102 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1661  NADH dehydrogenase (quinone)  44.75 
 
 		 322 aa  259  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3409  NADH dehydrogenase subunit H  45.02 
 
 		 333 aa  258  7e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3335  NADH dehydrogenase (quinone)  44.06 
 
 		 341 aa  258  8e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214759  normal  0.324573 
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  45.57 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  44.3 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1749  NADH dehydrogenase (quinone)  42.95 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.658277  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3131  NADH dehydrogenase (quinone)  41.49 
 
 		 364 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  45.25 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  45.25 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2055  NADH dehydrogenase subunit H  41.64 
 
 		 354 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.845348  normal  0.111844 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1042  NADH dehydrogenase (quinone)  42 
 
 		 407 aa  256  4e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1758  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.03 
 
 		 337 aa  256  5e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.482564  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0203  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.59 
 
 		 329 aa  255  7e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.746542  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1270  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  41.96 
 
 		 358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0577463  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0553  NADH-quinone oxidoreductase chain H  42.21 
 
 		 340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1610  NADH dehydrogenase (ubiquinone), H subunit  42.21 
 
 		 340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5094  NADH dehydrogenase subunit H  44.52 
 
 		 333 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3815  NADH dehydrogenase subunit H  43.79 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1410  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain H  42.51 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192046 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5421  NADH dehydrogenase subunit H  44.18 
 
 		 333 aa  253  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5146  NADH dehydrogenase subunit H  44.18 
 
 		 333 aa  253  3e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5387  NADH dehydrogenase subunit H  44.18 
 
 		 333 aa  253  3e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14052e-18 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>