More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4574 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  100 
 
 
312 aa  607  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  54.6 
 
 
315 aa  343  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  51.46 
 
 
309 aa  330  2e-89  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  53.65 
 
 
315 aa  311  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  52.54 
 
 
307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  52.54 
 
 
307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  52.54 
 
 
307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  52.54 
 
 
307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  52.54 
 
 
307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  54.24 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  54.24 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  54.24 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  54.24 
 
 
307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  52.2 
 
 
307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  52.2 
 
 
307 aa  302  6.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  53.9 
 
 
307 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  52.2 
 
 
307 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  52.2 
 
 
307 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  52.46 
 
 
311 aa  294  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  51.63 
 
 
315 aa  288  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  51.63 
 
 
315 aa  288  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  52.45 
 
 
307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  50.98 
 
 
315 aa  285  5.999999999999999e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.03 
 
 
313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  50.98 
 
 
314 aa  280  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  51.31 
 
 
314 aa  279  4e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  51.82 
 
 
315 aa  268  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  36.55 
 
 
306 aa  178  8e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  33.77 
 
 
306 aa  176  4e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  33.66 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.14 
 
 
308 aa  160  4e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.48 
 
 
312 aa  151  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.79 
 
 
299 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  33.45 
 
 
318 aa  149  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  31.8 
 
 
313 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.68 
 
 
305 aa  143  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  34.74 
 
 
314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  35.22 
 
 
316 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  32 
 
 
313 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  34.07 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  31.82 
 
 
316 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.35 
 
 
316 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  30.84 
 
 
313 aa  135  9e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.34 
 
 
311 aa  132  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2986  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.73 
 
 
316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.045877  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.43 
 
 
316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.99 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.99 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.59 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.9 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.74 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  35.17 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314852  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.67 
 
 
312 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0167  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.96 
 
 
317 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440005  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  33.78 
 
 
328 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.71 
 
 
302 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.06 
 
 
319 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0731  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.2 
 
 
320 aa  122  5e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0127528  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  29.79 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.27 
 
 
316 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  29.79 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1141  hydrogenase subunit  32.39 
 
 
312 aa  119  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.887658  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.75 
 
 
302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.6 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.47 
 
 
302 aa  116  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.11 
 
 
315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  30.87 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0603  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  29.67 
 
 
317 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.47269  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0328  formate hydrogenlyase subunit 4  28.41 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.346135  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.85 
 
 
302 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.85 
 
 
302 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6066  formate hydrogenlyase subunit 4  27.68 
 
 
316 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.214804  hitchhiker  0.000633847 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0891  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  31.93 
 
 
302 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2557  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.19 
 
 
303 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1531  putative hydrogenase, membrane subunit  30.26 
 
 
316 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1616  putative hydrogenase, membrane subunit  30.26 
 
 
316 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0178  formate hydrogenlyase subunit 4  28.78 
 
 
316 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.85 
 
 
302 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.66 
 
 
302 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1262  formate hydrogenlyase subunit 4  29.52 
 
 
316 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  32.11 
 
 
323 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0740  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.36 
 
 
302 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.618786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  30.6 
 
 
313 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3023  ech hydrogenase subunit B  27.62 
 
 
291 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0539405  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.85 
 
 
313 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0942  hydrogenase, component C-formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  28.48 
 
 
304 aa  100  3e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.121502  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0151  ech hydrogenase subunit B  27.27 
 
 
287 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.72 
 
 
332 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.5 
 
 
323 aa  99.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0110  formate hydrogenlyase subunit 4  30.45 
 
 
975 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.39 
 
 
338 aa  96.3  6e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0778  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  29.47 
 
 
319 aa  95.9  8e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.24219  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.3 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.34586 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  30.17 
 
 
333 aa  94.4  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  28.04 
 
 
322 aa  94  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.97 
 
 
343 aa  93.2  5e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1432  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  28.87 
 
 
313 aa  93.2  6e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  29.67 
 
 
317 aa  92.8  7e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1731  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  25.09 
 
 
286 aa  87.4  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0032732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>