More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2964 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
88 aa  181  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  76.14 
 
 
88 aa  143  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  69.32 
 
 
88 aa  133  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  72.41 
 
 
89 aa  130  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  80.52 
 
 
88 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  67.44 
 
 
87 aa  122  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  65.91 
 
 
88 aa  120  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  62.5 
 
 
88 aa  120  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  63.64 
 
 
88 aa  117  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  64.37 
 
 
90 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  68.24 
 
 
86 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  67.95 
 
 
89 aa  110  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  56.82 
 
 
87 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  58.75 
 
 
91 aa  107  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  56.47 
 
 
85 aa  104  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  52.87 
 
 
87 aa  102  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  53.41 
 
 
123 aa  100  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 
92 aa  100  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  65 
 
 
107 aa  100  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  56.41 
 
 
83 aa  98.2  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
148 aa  97.4  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  51.76 
 
 
90 aa  97.1  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  55.56 
 
 
146 aa  96.7  9e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
176 aa  96.3  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
101 aa  96.3  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
150 aa  95.5  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  58.54 
 
 
103 aa  95.5  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  48.86 
 
 
151 aa  95.5  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  50.57 
 
 
122 aa  95.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  49.43 
 
 
175 aa  94.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  55.29 
 
 
99 aa  94.7  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
152 aa  94.4  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
181 aa  93.6  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  48.86 
 
 
140 aa  93.2  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
81 aa  92.8  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 
101 aa  92  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  48.28 
 
 
176 aa  92.4  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  53.85 
 
 
85 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
137 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  47.13 
 
 
89 aa  91.7  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  45.45 
 
 
134 aa  92  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
121 aa  91.3  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
121 aa  90.9  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 
90 aa  90.1  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
149 aa  90.1  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  54.43 
 
 
98 aa  89.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  55.7 
 
 
111 aa  89.4  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
82 aa  89.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  56.96 
 
 
103 aa  90.1  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
110 aa  89.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  51.9 
 
 
114 aa  89.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 
160 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 
103 aa  89  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  53.66 
 
 
109 aa  89  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
89 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
124 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  51.19 
 
 
97 aa  88.6  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  47.67 
 
 
162 aa  88.6  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  45.98 
 
 
155 aa  88.2  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  53.66 
 
 
102 aa  87.8  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
94 aa  88.2  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  56.96 
 
 
105 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  54.22 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
103 aa  87.8  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  51.9 
 
 
82 aa  87  8e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  44.94 
 
 
90 aa  87  8e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  50 
 
 
97 aa  86.7  9e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  49.41 
 
 
143 aa  86.7  9e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  54.43 
 
 
102 aa  86.7  9e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  49.4 
 
 
84 aa  85.9  1e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
104 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
96 aa  86.3  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  54.76 
 
 
95 aa  86.7  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  48.78 
 
 
160 aa  85.1  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 
98 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  46.99 
 
 
125 aa  84.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  51.22 
 
 
116 aa  84.3  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  55.7 
 
 
94 aa  84.3  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  50.59 
 
 
196 aa  84  6e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
152 aa  84  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
90 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  44.71 
 
 
90 aa  84  7e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
101 aa  83.6  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
155 aa  83.6  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
156 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  47.62 
 
 
112 aa  83.2  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  50 
 
 
149 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  48.24 
 
 
250 aa  81.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  48.24 
 
 
250 aa  81.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
151 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  51.32 
 
 
151 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  48.78 
 
 
89 aa  81.6  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 
90 aa  80.9  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
154 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>