177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3041 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 135 aa  270  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  73.33 
 
 		 138 aa  199  7e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  73.08 
 
 		 131 aa  197  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  61.48 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  65.6 
 
 		 165 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  61.94 
 
 		 137 aa  169  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  64 
 
 		 140 aa  167  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  54.33 
 
 		 135 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 		 139 aa  133  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  54.69 
 
 		 142 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  51.94 
 
 		 145 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  51.94 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  51.94 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  47.33 
 
 		 138 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  46.92 
 
 		 141 aa  121  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  50.41 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  48.84 
 
 		 137 aa  120  8e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  45.52 
 
 		 135 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  45.93 
 
 		 136 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  48 
 
 		 146 aa  116  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  44.36 
 
 		 155 aa  114  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  48 
 
 		 137 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  51.2 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  53.64 
 
 		 151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 164 aa  99.4  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  43.07 
 
 		 150 aa  99  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  44.27 
 
 		 150 aa  97.8  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  44.27 
 
 		 197 aa  97.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 136 aa  97.1  7e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 134 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  42.64 
 
 		 137 aa  94.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  46.34 
 
 		 145 aa  92.8  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  41.13 
 
 		 134 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  44.07 
 
 		 133 aa  91.3  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  42.52 
 
 		 140 aa  89.4  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  38.85 
 
 		 164 aa  88.6  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 132 aa  87.4  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  38.21 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  39.42 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  26.83 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36.8 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  37.11 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  38.54 
 
 		 121 aa  57.4  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  33 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  33 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8062  predicted protein  33.77 
 
 		 171 aa  53.9  0.0000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00519858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  32.5 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  30.58 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  27.1 
 
 		 117 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  28.97 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  27.93 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  28.83 
 
 		 114 aa  50.8  0.000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  30.93 
 
 		 118 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 117 aa  50.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  29.9 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  29.27 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  29.9 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  27.43 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  29.9 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  27.97 
 
 		 118 aa  49.7  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  27.97 
 
 		 118 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  29 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  27.43 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  30.61 
 
 		 136 aa  48.9  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  29.01 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  29.57 
 
 		 131 aa  48.1  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  29.9 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  29.9 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 131 aa  48.9  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  38 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 127 aa  48.9  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 		 156 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2416  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  36.46 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  27.03 
 
 		 136 aa  47.4  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  27.12 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  27.12 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  33.68 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  27.12 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>