More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0714 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  100 
 
 		 216 aa  432  1e-120  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  66.03 
 
 		 210 aa  301  6.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  66.03 
 
 		 211 aa  301  6.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  66.03 
 
 		 211 aa  300  8.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  66.51 
 
 		 210 aa  300  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  64.32 
 
 		 211 aa  298  6e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  64.79 
 
 		 211 aa  295  3e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  65.55 
 
 		 210 aa  292  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 210 aa  291  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  65.07 
 
 		 233 aa  285  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  63.33 
 
 		 210 aa  285  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 		 219 aa  284  8e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  63.51 
 
 		 219 aa  283  1.0000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  64.15 
 
 		 213 aa  282  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  62.26 
 
 		 213 aa  280  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000614716  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  63.68 
 
 		 212 aa  280  1e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  59.53 
 
 		 221 aa  279  3e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  62.26 
 
 		 213 aa  278  7e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0085  30S ribosomal protein S3  62.26 
 
 		 213 aa  277  8e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0561951 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  60.77 
 
 		 224 aa  275  3e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  60.77 
 
 		 224 aa  275  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  60.77 
 
 		 224 aa  275  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  60.77 
 
 		 224 aa  275  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 223 aa  273  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  57.14 
 
 		 220 aa  272  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  60.95 
 
 		 220 aa  270  2e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 212 aa  269  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000286487  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  61.32 
 
 		 225 aa  268  5e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  59.43 
 
 		 223 aa  267  8e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  60.85 
 
 		 225 aa  266  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  58.1 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  57.62 
 
 		 222 aa  266  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  58.49 
 
 		 218 aa  265  4e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 249 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  58.41 
 
 		 218 aa  264  7e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  58.96 
 
 		 214 aa  264  7e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 240 aa  264  7e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 228 aa  263  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 236 aa  263  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 236 aa  263  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  62.56 
 
 		 231 aa  263  1e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 220 aa  263  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178065  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  62.38 
 
 		 241 aa  263  2e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  58.6 
 
 		 280 aa  263  2e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  55.35 
 
 		 226 aa  262  4e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 		 218 aa  261  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 228 aa  261  6.999999999999999e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 232 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 233 aa  261  8e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 231 aa  260  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 252 aa  260  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  56.87 
 
 		 229 aa  260  1e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 233 aa  260  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  58.57 
 
 		 275 aa  260  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  59.13 
 
 		 279 aa  259  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 274 aa  260  1e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  58.69 
 
 		 236 aa  259  2e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  58.14 
 
 		 278 aa  259  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 235 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  58.14 
 
 		 272 aa  259  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 287 aa  259  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  60.09 
 
 		 231 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 287 aa  259  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2708  30S ribosomal protein S3  56.54 
 
 		 222 aa  259  2e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2393  30S ribosomal protein S3  56.54 
 
 		 222 aa  259  2e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  60.95 
 
 		 235 aa  259  2e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  60.56 
 
 		 236 aa  259  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  58.69 
 
 		 236 aa  259  2e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  61.14 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 		 287 aa  259  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000585037  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 236 aa  258  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 243 aa  258  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 237 aa  258  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  60 
 
 		 229 aa  258  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  60.56 
 
 		 251 aa  257  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  58.22 
 
 		 243 aa  258  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 232 aa  258  7e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  60.95 
 
 		 233 aa  257  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  60.95 
 
 		 233 aa  257  8e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 272 aa  257  9e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 237 aa  257  9e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  56.67 
 
 		 286 aa  257  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  58.77 
 
 		 223 aa  257  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  60.56 
 
 		 252 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 232 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 235 aa  257  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  59.52 
 
 		 226 aa  256  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  59.72 
 
 		 232 aa  257  1e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  60.48 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>