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for query gene DhcVS_1424 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



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Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  100 
 
 
537 aa  1065  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  4.10629e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.75 
 
 
565 aa  455  1e-127  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  3.31464e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1015  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.83 
 
 
561 aa  414  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1939  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.73 
 
 
537 aa  400  1e-110  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.926976  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0326  EmrB/QacA family drug resistance transporter  43.46 
 
 
539 aa  398  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3147  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.36 
 
 
541 aa  392  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.62 
 
 
538 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0695  putative multidrug resistance protein  41.38 
 
 
537 aa  382  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0299481  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4643  putative multidrug resistance protein  40.84 
 
 
537 aa  382  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119486  unclonable  1.52569e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0577  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.84 
 
 
537 aa  379  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0792  putative multidrug resistance protein  40.65 
 
 
537 aa  376  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.49033e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.65 
 
 
537 aa  377  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0573  multidrug-efflux transporter  41.05 
 
 
537 aa  374  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0295676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0720  putative multidrug resistance protein  41.05 
 
 
537 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.55065e-20 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0558  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.09 
 
 
538 aa  372  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  2.22683e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0574  multidrug resistance protein B; sugar (and other) transporter  41.05 
 
 
537 aa  374  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.94 
 
 
672 aa  366  1e-100  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.8 
 
 
607 aa  369  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0630  multidrug-efflux transporter  45.83 
 
 
476 aa  363  6e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0118993  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.27 
 
 
666 aa  352  8e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0237  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  43.4 
 
 
621 aa  352  1e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0740  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.52 
 
 
615 aa  348  2e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  4.46229e-05  decreased coverage  0.00171071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.58 
 
 
539 aa  347  2e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08840  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.08 
 
 
592 aa  347  3e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.54 
 
 
528 aa  347  3e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.07 
 
 
680 aa  345  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.78 
 
 
523 aa  342  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.41 
 
 
569 aa  341  2e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.81 
 
 
558 aa  339  8e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.72 
 
 
528 aa  339  8e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  38.18 
 
 
535 aa  338  1e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.11 
 
 
676 aa  338  1e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.6 
 
 
535 aa  338  2e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.21 
 
 
509 aa  337  3e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.21 
 
 
509 aa  337  3e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2674  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.95 
 
 
684 aa  337  4e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.5 
 
 
678 aa  336  6e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.79 
 
 
522 aa  336  8e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.14 
 
 
682 aa  333  4e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.14 
 
 
682 aa  333  4e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.21 
 
 
504 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.14 
 
 
682 aa  333  5e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8653  Arabinose efflux permease-like protein  38.14 
 
 
666 aa  332  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.87 
 
 
685 aa  331  2e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.89 
 
 
697 aa  330  6e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1147  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.44 
 
 
702 aa  328  2e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.624322  normal  0.188028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.74 
 
 
504 aa  327  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.33 
 
 
504 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.04 
 
 
509 aa  327  4e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.13 
 
 
509 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.78 
 
 
504 aa  325  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0662  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.62 
 
 
525 aa  323  4e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.57 
 
 
504 aa  321  2e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4890  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.84 
 
 
513 aa  321  2e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326454  normal  0.212856 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.7 
 
 
650 aa  319  8e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1779  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  37.77 
 
 
520 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.38448  unclonable  1.16602e-09 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.72 
 
 
504 aa  317  4e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.72 
 
 
504 aa  317  4e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3285  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.17 
 
 
501 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.42 
 
 
525 aa  316  8e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.21 
 
 
641 aa  316  8e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.72 
 
 
504 aa  315  9e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.45 
 
 
530 aa  315  1e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
519 aa  315  1e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  314  2e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  315  2e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  315  2e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.18 
 
 
504 aa  314  3e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3357  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.76 
 
 
505 aa  313  4e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  2.99723e-07 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.79 
 
 
555 aa  313  5e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  42.61 
 
 
685 aa  311  1e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  43.44 
 
 
565 aa  309  7e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2747  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.04 
 
 
500 aa  308  2e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0144  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.75 
 
 
890 aa  304  2e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  5.17573e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0727  major facilitator superfamily MFS_1  40 
 
 
476 aa  303  4e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1928  major facilitator transporter  37.91 
 
 
539 aa  303  5e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00178599  normal  0.278275 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0411  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.11 
 
 
531 aa  302  8e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2703  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.6 
 
 
511 aa  300  3e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445725  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2812  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.56 
 
 
1102 aa  299  9e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.220309 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.89 
 
 
554 aa  298  2e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4105  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  36.77 
 
 
513 aa  298  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00176585  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1134  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  36.77 
 
 
513 aa  297  3e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.14385e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4216  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.76 
 
 
513 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  2.09346e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3910  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.76 
 
 
513 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.0213e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4122  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  37.3 
 
 
513 aa  296  7e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.07671e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3758  multidrug-efflux transporter  37.76 
 
 
513 aa  296  8e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000783495  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4018  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  37.76 
 
 
513 aa  296  8e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.39 
 
 
523 aa  296  9e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3742  multidrug-efflux transporter  37.76 
 
 
513 aa  296  9e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  6.25397e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.76 
 
 
593 aa  295  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4051  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.3 
 
 
513 aa  295  1e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000130909  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1258  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.67 
 
 
485 aa  295  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3829  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.3 
 
 
513 aa  293  6e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000236934  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1179  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.26 
 
 
538 aa  291  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00903391  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  38.2 
 
 
491 aa  290  4e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6564  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.4 
 
 
526 aa  289  7e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569718  normal  0.0165949 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3171  Mdr  33.99 
 
 
507 aa  288  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_3186  drug transport protein, putative  33.72 
 
 
507 aa  287  3e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_2919  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.42 
 
 
508 aa  288  3e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009523  RoseRS_2504  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.63 
 
 
501 aa  287  4e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.300835 
 
 
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