More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0661 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
210 aa  423  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  5.86581e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  75.24 
 
 
206 aa  321  6e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.29639e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  75.73 
 
 
206 aa  319  2e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  73.79 
 
 
206 aa  312  2e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 
206 aa  245  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  56.1 
 
 
206 aa  231  6e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  3.84651e-12  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
206 aa  189  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  185  5e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  47.8 
 
 
207 aa  183  2e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  182  4e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  181  5e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  42.57 
 
 
207 aa  181  5e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  45.05 
 
 
206 aa  181  7e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.85 
 
 
206 aa  180  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
206 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  44.33 
 
 
207 aa  178  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  43 
 
 
208 aa  171  7e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 
206 aa  170  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.69503e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  43.35 
 
 
207 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  39.81 
 
 
206 aa  166  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 
207 aa  166  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  42.51 
 
 
208 aa  166  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  44.72 
 
 
207 aa  166  3e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  43.63 
 
 
208 aa  166  3e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  3.6372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  45.32 
 
 
207 aa  164  8e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  45.32 
 
 
207 aa  164  8e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  42.36 
 
 
207 aa  164  9e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  38.35 
 
 
207 aa  163  2e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  44.33 
 
 
206 aa  162  2e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  40.89 
 
 
207 aa  163  2e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 
207 aa  163  2e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.35339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 
206 aa  163  2e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  37.68 
 
 
207 aa  161  5e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  39.32 
 
 
220 aa  160  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.30014e-06  hitchhiker  3.1805e-13 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  38.83 
 
 
207 aa  159  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.35 
 
 
207 aa  158  6e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
205 aa  157  8e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  42.78 
 
 
207 aa  157  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  42.36 
 
 
207 aa  157  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.14 
 
 
209 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  40.78 
 
 
207 aa  157  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  3.92239e-05  decreased coverage  1.22182e-05 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  47.67 
 
 
206 aa  155  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  38.61 
 
 
207 aa  156  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  40.39 
 
 
207 aa  155  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  44.83 
 
 
206 aa  155  5e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  42.08 
 
 
208 aa  154  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  41.75 
 
 
208 aa  154  8e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 
204 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1934  50S ribosomal protein L4  44.33 
 
 
206 aa  153  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  41.01 
 
 
221 aa  153  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3327  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 
207 aa  152  3e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.78315e-16 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  38.05 
 
 
204 aa  152  3e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  37.86 
 
 
207 aa  152  3e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  5.21211e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  40.7 
 
 
223 aa  152  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  41.84 
 
 
206 aa  151  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  37.93 
 
 
205 aa  150  1e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  4.72593e-05  unclonable  1.97161e-28 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  39.9 
 
 
207 aa  150  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  41.33 
 
 
206 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 
208 aa  150  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  3.40203e-05  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  42.08 
 
 
208 aa  149  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  42.23 
 
 
210 aa  149  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  39.9 
 
 
207 aa  149  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1293  50S ribosomal protein L4  43 
 
 
210 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  2.05733e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 
208 aa  149  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.69782e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  35.89 
 
 
209 aa  147  8e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  42.35 
 
 
206 aa  147  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  35.96 
 
 
207 aa  147  1e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.51414e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  37.13 
 
 
205 aa  146  2e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 
212 aa  145  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 
210 aa  144  8e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  39.34 
 
 
215 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  39.02 
 
 
208 aa  144  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  40.59 
 
 
208 aa  143  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  40.69 
 
 
206 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  41.54 
 
 
206 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  40.51 
 
 
206 aa  143  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  35.48 
 
 
221 aa  142  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  40.29 
 
 
214 aa  142  3e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  37.13 
 
 
205 aa  142  3e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  37.78 
 
 
223 aa  142  4e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.24266e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  38.27 
 
 
206 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  38.57 
 
 
212 aa  142  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  40.51 
 
 
206 aa  140  1e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  41.58 
 
 
208 aa  140  1e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  40.4 
 
 
206 aa  140  1e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  36.71 
 
 
209 aa  140  2e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  39.9 
 
 
207 aa  139  2e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  4.5126e-06  hitchhiker  1.48432e-09 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  40.72 
 
 
206 aa  139  2e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0251  50S ribosomal protein L4  39.52 
 
 
211 aa  140  2e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  40.72 
 
 
206 aa  139  2e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0248  50S ribosomal protein L4  39.52 
 
 
211 aa  140  2e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.890563  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>