More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2247 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 
119 aa  243  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  89.08 
 
 
120 aa  217  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  32.17 
 
 
115 aa  70.9  6e-12  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  4.16248e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  38.32 
 
 
117 aa  65.5  2e-10  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  51.35 
 
 
133 aa  64.3  6e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  33.02 
 
 
132 aa  60.8  6e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  8.30973e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 
147 aa  58.9  3e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
83 aa  58.5  3e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6835  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 
144 aa  57.4  7e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0677  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 
70 aa  55.5  2e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 
152 aa  56.2  2e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2893  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 
70 aa  54.7  4e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0147391  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0579  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 
70 aa  54.7  4e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00759938  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0731  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 
70 aa  54.3  5e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.228536  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 
140 aa  53.9  8e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 
137 aa  53.1  1e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
71 aa  52.4  2e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 
79 aa  52.4  2e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 
99 aa  52  3e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
99 aa  51.6  3e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
99 aa  52  3e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  36.07 
 
 
99 aa  52  3e-06  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 
101 aa  51.6  4e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6836  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 
199 aa  51.2  5e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
79 aa  50.8  5e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  36.07 
 
 
101 aa  50.8  6e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 
210 aa  50.8  6e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
99 aa  50.4  7e-06  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2822  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
80 aa  50.4  8e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.161107  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  37.5 
 
 
69 aa  50.4  8e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 
104 aa  50.4  8e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
99 aa  49.7  1e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 
76 aa  50.1  1e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  36.51 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555e-25 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  36.36 
 
 
80 aa  48.9  2e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  36.51 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  36.51 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 
108 aa  49.3  2e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6461  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 
137 aa  48.9  2e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  36.51 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  36.51 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
95 aa  49.3  2e-05  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  36.51 
 
 
69 aa  48.9  2e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 
114 aa  48.9  2e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
152 aa  49.3  2e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  37.33 
 
 
104 aa  48.9  2e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 
79 aa  49.3  2e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
97 aa  48.5  3e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 
104 aa  48.5  3e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 
134 aa  48.5  3e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  35.96 
 
 
229 aa  48.5  3e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
97 aa  48.5  3e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 
361 aa  48.5  3e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1271  DNA-binding protein  37.1 
 
 
65 aa  48.5  3e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  38.95 
 
 
233 aa  48.1  4e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 
122 aa  48.1  4e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.61389e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 
119 aa  48.1  4e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  38.46 
 
 
233 aa  48.1  4e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 
139 aa  47.8  5e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 
118 aa  47.8  5e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  6.79525e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 
97 aa  47.8  5e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  37.5 
 
 
229 aa  47.8  6e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 
134 aa  47.8  6e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  37.5 
 
 
229 aa  47.8  6e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
79 aa  47.8  6e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
135 aa  47.8  6e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  38.95 
 
 
233 aa  47.4  7e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 
98 aa  47.4  7e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
76 aa  47  9e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  33.82 
 
 
107 aa  47  9e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.26154e-15  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  35.29 
 
 
94 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  35.29 
 
 
94 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  35.29 
 
 
94 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
107 aa  46.6  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  35.29 
 
 
94 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 
94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  38.2 
 
 
131 aa  47  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 
109 aa  46.2  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  35.29 
 
 
94 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  35.29 
 
 
94 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02550  predicted transcriptional regulator  34.43 
 
 
67 aa  45.4  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.596606  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0464  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 
99 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
116 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  32.89 
 
 
81 aa  45.4  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 
105 aa  45.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
106 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
209 aa  46.2  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  39.47 
 
 
131 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  36.36 
 
 
72 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
252 aa  45.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 
143 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0045  PbsX family transcriptional regulator  35 
 
 
117 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108741  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  35 
 
 
240 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  35 
 
 
240 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1717  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 
141 aa  45.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.123728  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
217 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 
106 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 
114 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2542  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
116 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.054294  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>