133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_B0045 on replicon NC_004632
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0045  PbsX family transcriptional regulator  100 
 
 		 117 aa  238  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108741  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 111 aa  155  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 359 aa  50.1  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 152 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  33.72 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 466 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 115 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 188 aa  47.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 152 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  39.19 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.97 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5234  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000302998 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 191 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 256 aa  45.1  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  38.81 
 
 		 68 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0070  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 142 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  37.18 
 
 		 141 aa  45.1  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0075  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 73 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 76 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 		 321 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 97 aa  43.9  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 163 aa  43.9  0.0007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 97 aa  43.9  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 83 aa  43.9  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 206 aa  43.5  0.0008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 81 aa  43.9  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2543  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 104 aa  43.5  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0592097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  40.74 
 
 		 349 aa  43.5  0.0009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  36.84 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  35 
 
 		 347 aa  43.5  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 100 aa  42.7  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  30.95 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 204 aa  43.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  36.36 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 186 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.38 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 118 aa  42  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  33.87 
 
 		 259 aa  42.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  34.44 
 
 		 475 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  31.68 
 
 		 482 aa  42.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6276  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 222 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.348728  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1077  hypothetical protein  30.77 
 
 		 84 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 83 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1039  hypothetical protein  32.31 
 
 		 84 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 183 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 139 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  33.85 
 
 		 72 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 110 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 394 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  34.43 
 
 		 302 aa  41.6  0.004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 191 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  38.89 
 
 		 240 aa  41.6  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  39.34 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 79 aa  41.2  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  35 
 
 		 139 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 334 aa  41.2  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 528 aa  41.2  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>