More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0752 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0752  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 168 aa  339  9e-93  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000893397  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0680  translation initiation factor 3  94.9 
 
 		 157 aa  304  5.0000000000000004e-82  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000916638  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_658  translation initiation factor 3 (IF-3)  93.65 
 
 		 126 aa  241  3e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481878  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  56.95 
 
 		 179 aa  182  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  53.89 
 
 		 181 aa  175  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  53.29 
 
 		 154 aa  174  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 		 190 aa  171  5e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  53.55 
 
 		 202 aa  167  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  50.97 
 
 		 225 aa  167  8e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  48.78 
 
 		 238 aa  166  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 164 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  52.67 
 
 		 198 aa  164  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 166 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 186 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 166 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  50.99 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  50.99 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50.66 
 
 		 252 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  48.8 
 
 		 219 aa  160  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 195 aa  160  7e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  51.01 
 
 		 154 aa  159  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  45.96 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  48.34 
 
 		 154 aa  158  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  48.34 
 
 		 165 aa  157  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  49.33 
 
 		 177 aa  157  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  47.06 
 
 		 175 aa  157  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  45.09 
 
 		 207 aa  156  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 		 187 aa  156  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  44.58 
 
 		 227 aa  155  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  45.03 
 
 		 173 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  49.02 
 
 		 175 aa  154  6e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000187486  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  46.91 
 
 		 199 aa  154  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  48.34 
 
 		 164 aa  153  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  45.29 
 
 		 182 aa  153  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  48.34 
 
 		 172 aa  152  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  47.33 
 
 		 198 aa  152  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  49.34 
 
 		 170 aa  152  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000256408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  48 
 
 		 222 aa  152  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  45.7 
 
 		 175 aa  152  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  47.33 
 
 		 179 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  52.26 
 
 		 173 aa  150  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  44.91 
 
 		 195 aa  150  8.999999999999999e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  43.05 
 
 		 173 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  46.71 
 
 		 173 aa  149  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  47.33 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  47.95 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000644552  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  43.05 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  45.7 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  45.03 
 
 		 219 aa  149  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1823  translation initiation factor 3 (bIF-3)  54.3 
 
 		 153 aa  149  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000272282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  43.71 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  45.7 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 		 145 aa  149  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  42.86 
 
 		 168 aa  149  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  43.05 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  48.34 
 
 		 152 aa  148  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  48.23 
 
 		 143 aa  148  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  47.17 
 
 		 170 aa  148  4e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  48.67 
 
 		 177 aa  148  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  44.67 
 
 		 204 aa  147  5e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  44.67 
 
 		 239 aa  147  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  47.55 
 
 		 146 aa  147  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1509  translation initiation factor IF-3  47.74 
 
 		 204 aa  147  8e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00441613  normal  0.913408 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  47.33 
 
 		 225 aa  147  9e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  42.86 
 
 		 186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  43.71 
 
 		 173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  45.33 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  45.83 
 
 		 401 aa  145  2.0000000000000003e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  46.25 
 
 		 174 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1314  translation initiation factor IF-3  45.7 
 
 		 185 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241721  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  42.2 
 
 		 212 aa  145  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  43.56 
 
 		 197 aa  144  4.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 		 253 aa  144  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  41.07 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  42.29 
 
 		 184 aa  144  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  46.05 
 
 		 171 aa  144  6e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  46.36 
 
 		 155 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0724  translation initiation factor IF-3  44 
 
 		 194 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000346718  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  46.67 
 
 		 172 aa  144  8.000000000000001e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.3418400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  43.05 
 
 		 172 aa  143  9e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  44.37 
 
 		 151 aa  143  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  43.05 
 
 		 166 aa  143  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  45.1 
 
 		 194 aa  143  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  46 
 
 		 277 aa  143  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  46 
 
 		 357 aa  143  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  44.38 
 
 		 204 aa  142  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  48 
 
 		 233 aa  142  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  45.7 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  44.05 
 
 		 351 aa  142  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  47.68 
 
 		 232 aa  141  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  47.68 
 
 		 230 aa  141  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  44.97 
 
 		 329 aa  142  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  45.7 
 
 		 173 aa  142  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  42.38 
 
 		 174 aa  141  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  43.05 
 
 		 156 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>