More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1516 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
172 aa  349  1e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  80.12 
 
 
173 aa  266  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  89.51 
 
 
143 aa  263  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  73.38 
 
 
154 aa  247  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  62.2 
 
 
171 aa  223  9e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 
173 aa  209  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2627  translation initiation factor IF-3  81.62 
 
 
138 aa  209  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350049  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  58.54 
 
 
173 aa  206  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1991  translation initiation factor IF-3  77.94 
 
 
138 aa  206  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.386988  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1870  translation initiation factor IF-3  74.36 
 
 
157 aa  203  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000408645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  58.64 
 
 
202 aa  202  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  57.83 
 
 
238 aa  202  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 
173 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  55.9 
 
 
207 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  56.79 
 
 
164 aa  197  7e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  56.63 
 
 
225 aa  196  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  55.76 
 
 
178 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  56.97 
 
 
190 aa  195  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  55.28 
 
 
197 aa  195  2.0000000000000003e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  57.41 
 
 
187 aa  195  3e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 
252 aa  193  8.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  56.41 
 
 
156 aa  193  8.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 
166 aa  192  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 
166 aa  192  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
166 aa  193  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  55.81 
 
 
176 aa  193  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
195 aa  192  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
195 aa  192  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
195 aa  192  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
195 aa  192  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
186 aa  192  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
166 aa  192  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
166 aa  192  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  53.61 
 
 
174 aa  191  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
233 aa  191  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  55.9 
 
 
198 aa  190  6e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  57.79 
 
 
154 aa  190  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
230 aa  190  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  60.12 
 
 
232 aa  190  8e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
195 aa  190  8e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  57.23 
 
 
177 aa  189  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  50.9 
 
 
219 aa  189  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 
169 aa  189  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 
173 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  61.38 
 
 
146 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  50.88 
 
 
183 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  56.13 
 
 
184 aa  188  4e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  54.22 
 
 
172 aa  188  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  50.88 
 
 
177 aa  187  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  50.88 
 
 
183 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  50.88 
 
 
183 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  55.97 
 
 
174 aa  187  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  58.75 
 
 
229 aa  187  9e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
169 aa  187  9e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 
198 aa  186  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  53.61 
 
 
166 aa  186  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  55.77 
 
 
156 aa  185  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  50.31 
 
 
179 aa  185  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  54.94 
 
 
190 aa  185  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  56.21 
 
 
176 aa  184  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000720798  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  56.79 
 
 
175 aa  184  6e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  59.33 
 
 
154 aa  184  7e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
202 aa  183  9e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  50.61 
 
 
186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  55.56 
 
 
154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 
205 aa  182  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  57.42 
 
 
155 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  53.94 
 
 
225 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 
182 aa  181  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  60.14 
 
 
145 aa  181  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  53.33 
 
 
170 aa  181  3e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000256408  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 
250 aa  182  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  56.86 
 
 
165 aa  181  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  54.09 
 
 
179 aa  181  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 
194 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  52.8 
 
 
222 aa  181  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  55.13 
 
 
156 aa  180  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  55.13 
 
 
156 aa  180  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  55.13 
 
 
156 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  55.13 
 
 
156 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  51.23 
 
 
164 aa  180  8.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  55.13 
 
 
156 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  55.13 
 
 
156 aa  180  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 
182 aa  180  8.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  53.85 
 
 
156 aa  179  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  54.66 
 
 
192 aa  179  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  52.05 
 
 
177 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  54.25 
 
 
182 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  52.05 
 
 
177 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000118732  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  59.73 
 
 
153 aa  179  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  53.21 
 
 
156 aa  179  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  51.46 
 
 
177 aa  179  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  52.63 
 
 
177 aa  179  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000259634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  53.46 
 
 
173 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
219 aa  179  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  53.55 
 
 
159 aa  179  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>