More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1316 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
351 aa  669    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  86.89 
 
 
329 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1103  translation initiation factor IF-3  83.52 
 
 
233 aa  317  2e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0433779  normal  0.928932 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1624  translation initiation factor IF-3  81.22 
 
 
415 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.640548 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  51.02 
 
 
401 aa  289  7e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  80.72 
 
 
277 aa  285  5.999999999999999e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  78.41 
 
 
199 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  73.22 
 
 
212 aa  276  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  79.39 
 
 
222 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  74.29 
 
 
243 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  74.01 
 
 
250 aa  273  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  49.4 
 
 
396 aa  273  3e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  71.26 
 
 
356 aa  269  5e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000187235 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2385  translation initiation factor IF-3  78.53 
 
 
192 aa  266  4e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.157849  normal  0.289584 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  75.15 
 
 
182 aa  265  7e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  75.58 
 
 
227 aa  265  8e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  75.29 
 
 
225 aa  265  1e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  72.46 
 
 
205 aa  262  6.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21910  translation initiation factor 3  71.11 
 
 
208 aa  259  4e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.559617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  76.36 
 
 
179 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  80.89 
 
 
177 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  67.03 
 
 
253 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  74.25 
 
 
204 aa  254  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  72.73 
 
 
201 aa  253  3e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  70.91 
 
 
182 aa  252  7e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  72.12 
 
 
238 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  72.12 
 
 
238 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  71.52 
 
 
243 aa  251  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  72.12 
 
 
238 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  73.17 
 
 
239 aa  249  4e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  69.27 
 
 
196 aa  249  6e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  70.06 
 
 
195 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  72.67 
 
 
204 aa  243  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  74.84 
 
 
168 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0232  translation initiation factor 3  66.04 
 
 
211 aa  223  4e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.627991  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1728  initiation factor 3  75.56 
 
 
149 aa  223  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00351932  hitchhiker  0.00163995 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  62.2 
 
 
357 aa  216  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3542  initiation factor 3  73.88 
 
 
175 aa  211  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.407448  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  53.09 
 
 
207 aa  208  1e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  53.53 
 
 
198 aa  199  6e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  50.27 
 
 
197 aa  197  2.0000000000000003e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  54.4 
 
 
175 aa  192  9e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  51.2 
 
 
202 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  53.53 
 
 
170 aa  178  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 
194 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 
194 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  49.38 
 
 
179 aa  178  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  55.69 
 
 
174 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  51.97 
 
 
154 aa  176  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 
194 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  50.87 
 
 
193 aa  176  6e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  51.43 
 
 
198 aa  176  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 
219 aa  175  9e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1509  translation initiation factor IF-3  52.98 
 
 
204 aa  175  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00441613  normal  0.913408 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  46.47 
 
 
249 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  55.26 
 
 
165 aa  173  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
164 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  47.88 
 
 
184 aa  172  6.999999999999999e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  48.63 
 
 
238 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  48.21 
 
 
175 aa  169  6e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000187486  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
174 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  53.09 
 
 
182 aa  169  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297976  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  52.15 
 
 
173 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  47.93 
 
 
173 aa  168  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  49.7 
 
 
173 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 
195 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 
195 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 
195 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 
195 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 
186 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  49.7 
 
 
190 aa  166  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  49.4 
 
 
178 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
183 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 
225 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
166 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
177 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
183 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  46.78 
 
 
195 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
183 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
166 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
166 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
166 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  48.48 
 
 
172 aa  163  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.3418400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
173 aa  163  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
166 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  45.45 
 
 
178 aa  162  6e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  49.4 
 
 
173 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 
252 aa  162  7e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
171 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  49.09 
 
 
172 aa  162  9e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
192 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  48.17 
 
 
187 aa  162  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  47.95 
 
 
202 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  47.27 
 
 
182 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  50.32 
 
 
181 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  47.95 
 
 
190 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  51.95 
 
 
154 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 
192 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  46.99 
 
 
178 aa  159  5e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  46.99 
 
 
178 aa  159  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>