More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_658 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_658  translation initiation factor 3 (IF-3)  100 
 
 		 126 aa  253  6e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481878  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0680  translation initiation factor 3  97.62 
 
 		 157 aa  251  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000916638  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0752  translation initiation factor IF-3  93.65 
 
 		 168 aa  241  1.9999999999999999e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000893397  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  56.88 
 
 		 179 aa  134  6.0000000000000005e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  53.21 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  50.4 
 
 		 181 aa  128  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  51.82 
 
 		 154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  52.29 
 
 		 190 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  52.29 
 
 		 202 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  49.54 
 
 		 145 aa  123  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  50.46 
 
 		 187 aa  121  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 166 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 195 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 195 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 195 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 195 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 186 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 166 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  49.54 
 
 		 225 aa  119  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 166 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  45.9 
 
 		 238 aa  119  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  50.93 
 
 		 198 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  46.85 
 
 		 165 aa  118  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 252 aa  118  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 195 aa  116  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  49.55 
 
 		 219 aa  115  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  48.18 
 
 		 170 aa  114  3e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000256408  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 175 aa  115  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  44.19 
 
 		 175 aa  114  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  46.79 
 
 		 164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  44.55 
 
 		 143 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  46.79 
 
 		 154 aa  110  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  45.05 
 
 		 207 aa  110  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 164 aa  110  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000644552  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  45.87 
 
 		 146 aa  110  7.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  45.37 
 
 		 222 aa  110  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 		 172 aa  109  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.3418400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  44.95 
 
 		 176 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  40.16 
 
 		 168 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  50.46 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  40.48 
 
 		 173 aa  108  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  44.95 
 
 		 173 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  45.37 
 
 		 198 aa  108  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1280  translation initiation factor 3  48.21 
 
 		 214 aa  108  4.0000000000000004e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.453323  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2666  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 		 176 aa  107  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 173 aa  107  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  44.95 
 
 		 219 aa  107  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  44.04 
 
 		 173 aa  107  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 177 aa  107  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 		 182 aa  107  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1823  translation initiation factor 3 (bIF-3)  53.21 
 
 		 153 aa  107  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000272282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  40.34 
 
 		 205 aa  106  9.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 		 182 aa  106  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 		 177 aa  105  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 176 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2038  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 177 aa  106  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.369536 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3043  initiation factor 3  47.27 
 
 		 139 aa  106  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000731556  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 174 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  43.52 
 
 		 225 aa  105  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  44.04 
 
 		 154 aa  106  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 173 aa  105  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1728  initiation factor 3  39.17 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00351932  hitchhiker  0.00163995 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  43.52 
 
 		 199 aa  105  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  44.04 
 
 		 173 aa  105  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  42.45 
 
 		 195 aa  105  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  44.04 
 
 		 173 aa  105  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  43.64 
 
 		 172 aa  105  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  42.59 
 
 		 137 aa  104  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  47.22 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  38.93 
 
 		 212 aa  105  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  46.3 
 
 		 170 aa  105  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  45.95 
 
 		 175 aa  104  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000187486  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  44.95 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1509  translation initiation factor IF-3  46.02 
 
 		 204 aa  104  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00441613  normal  0.913408 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  45.95 
 
 		 194 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  38.71 
 
 		 227 aa  104  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  45.87 
 
 		 146 aa  104  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 134 aa  103  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 134 aa  103  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  39.83 
 
 		 204 aa  103  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  44.04 
 
 		 156 aa  103  7e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  43.52 
 
 		 179 aa  103  9e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  46.3 
 
 		 177 aa  103  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  43.52 
 
 		 243 aa  102  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  44.04 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  44.95 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  43.12 
 
 		 178 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0660  translation initiation factor IF-3  42.2 
 
 		 176 aa  102  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000367528  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  45.05 
 
 		 194 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  40.37 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  44.55 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  41.67 
 
 		 197 aa  102  2e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  40.37 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  42.59 
 
 		 174 aa  102  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  45.05 
 
 		 194 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  42.06 
 
 		 351 aa  102  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>