More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1301 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  100 
 
 		 175 aa  349  8.999999999999999e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  65.58 
 
 		 205 aa  210  7e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  58.86 
 
 		 199 aa  210  1e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  59.52 
 
 		 182 aa  207  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  60.48 
 
 		 179 aa  204  5e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  56.65 
 
 		 250 aa  202  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  60.48 
 
 		 227 aa  202  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  62.34 
 
 		 177 aa  201  5e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  58.82 
 
 		 179 aa  199  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  57.99 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  56.29 
 
 		 243 aa  198  3.9999999999999996e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  57.65 
 
 		 168 aa  197  6e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  61.18 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  55.11 
 
 		 212 aa  195  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  61.04 
 
 		 225 aa  195  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  56.79 
 
 		 197 aa  193  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1103  translation initiation factor IF-3  53.71 
 
 		 233 aa  192  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0433779  normal  0.928932 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  61.69 
 
 		 201 aa  192  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  59.74 
 
 		 182 aa  192  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2385  translation initiation factor IF-3  55.83 
 
 		 192 aa  191  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.157849  normal  0.289584 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1728  initiation factor 3  60.65 
 
 		 149 aa  191  5e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00351932  hitchhiker  0.00163995 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 357 aa  191  5e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  54.4 
 
 		 351 aa  191  6e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  54.6 
 
 		 207 aa  189  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  57.89 
 
 		 196 aa  189  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  54.6 
 
 		 329 aa  189  1e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  57.89 
 
 		 277 aa  189  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  59.74 
 
 		 204 aa  189  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  59.48 
 
 		 165 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  56.4 
 
 		 243 aa  188  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  59.87 
 
 		 204 aa  187  5.999999999999999e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  59.87 
 
 		 239 aa  187  7e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  59.09 
 
 		 198 aa  187  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  57.06 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  57.06 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  57.52 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  57.06 
 
 		 238 aa  186  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1624  translation initiation factor IF-3  57.14 
 
 		 415 aa  186  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.640548 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  54.19 
 
 		 164 aa  185  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  55.48 
 
 		 396 aa  185  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  59.6 
 
 		 198 aa  184  5e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  55.48 
 
 		 356 aa  183  9e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000187235 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  55.13 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  53.55 
 
 		 202 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  54.19 
 
 		 190 aa  181  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  55.48 
 
 		 187 aa  181  6e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  53.95 
 
 		 401 aa  180  9.000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  51.63 
 
 		 172 aa  175  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21910  translation initiation factor 3  53.7 
 
 		 208 aa  175  3e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.559617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  58.27 
 
 		 145 aa  175  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  52.63 
 
 		 202 aa  174  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  55.84 
 
 		 193 aa  174  6e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  51.66 
 
 		 154 aa  174  6e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  55.56 
 
 		 253 aa  172  1.9999999999999998e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  53.95 
 
 		 174 aa  172  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  51.95 
 
 		 184 aa  171  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3542  initiation factor 3  60.43 
 
 		 175 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.407448  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  52.78 
 
 		 146 aa  171  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1823  translation initiation factor 3 (bIF-3)  52.94 
 
 		 153 aa  170  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000272282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2038  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 177 aa  168  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.369536 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0232  translation initiation factor 3  53.85 
 
 		 211 aa  168  4e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.627991  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 		 186 aa  167  6e-41  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  51.3 
 
 		 178 aa  167  6e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  51.3 
 
 		 179 aa  167  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  49.35 
 
 		 177 aa  167  7e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1738  translation initiation factor IF-3  53.29 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000196833  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1772  translation initiation factor IF-3  53.29 
 
 		 200 aa  167  8e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000139127  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1244  translation initiation factor IF-3  52.63 
 
 		 175 aa  166  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000317297  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  52.63 
 
 		 152 aa  166  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  49.02 
 
 		 171 aa  166  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  51.97 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  51.3 
 
 		 156 aa  165  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  50 
 
 		 178 aa  166  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  51.3 
 
 		 156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  48.24 
 
 		 184 aa  165  4e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  47.74 
 
 		 195 aa  164  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  46.71 
 
 		 173 aa  164  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  53.29 
 
 		 170 aa  164  5e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 186 aa  163  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1204  translation initiation factor IF-3  51.3 
 
 		 171 aa  163  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 166 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  50 
 
 		 155 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 166 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  47.1 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  51.3 
 
 		 190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  46.45 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  51.32 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  50.65 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1509  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 204 aa  162  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00441613  normal  0.913408 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  46.45 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  48.03 
 
 		 219 aa  162  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  48.7 
 
 		 173 aa  162  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 		 238 aa  161  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 176 aa  160  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  47.71 
 
 		 173 aa  160  7e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>