More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2787 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2787  histidine--tRNA ligase  100 
 
 
418 aa  853    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.89 
 
 
418 aa  306  4.0000000000000004e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  38.64 
 
 
419 aa  296  5e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  36.13 
 
 
389 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  35.23 
 
 
380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1495  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.7 
 
 
420 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1326  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.2 
 
 
420 aa  225  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.45 
 
 
420 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.45 
 
 
420 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.45 
 
 
420 aa  223  7e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.2 
 
 
420 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.2 
 
 
420 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1315  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.2 
 
 
420 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1424  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.2 
 
 
420 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1524  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.69 
 
 
420 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0202  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.61 
 
 
428 aa  212  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000325703  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.09 
 
 
438 aa  209  9e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0588271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  32.02 
 
 
418 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0519  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.75 
 
 
445 aa  206  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0227641  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  33.7 
 
 
401 aa  199  5e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3307  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.93 
 
 
438 aa  197  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0107405  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3252  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.44 
 
 
429 aa  192  8e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000291491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3259  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.89 
 
 
434 aa  192  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0331239  hitchhiker  0.000000000000235665 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.43 
 
 
392 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  30.69 
 
 
383 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0553  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.36 
 
 
440 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264933  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  32.7 
 
 
409 aa  188  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0566  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.05 
 
 
440 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1336e-23 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.97 
 
 
394 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.38 
 
 
389 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  29.49 
 
 
387 aa  176  8e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1480  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.33 
 
 
393 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  30.84 
 
 
538 aa  172  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.69 
 
 
413 aa  169  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0783  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.96 
 
 
395 aa  158  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  31.06 
 
 
418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  27.75 
 
 
418 aa  153  7e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  30.43 
 
 
418 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  28.75 
 
 
418 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 
418 aa  147  3e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1502  Histidine--tRNA ligase  31.49 
 
 
415 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  27.81 
 
 
554 aa  139  7.999999999999999e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0606  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.4 
 
 
321 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.400178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0527  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.7 
 
 
395 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558326  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2834  histidyl-tRNA synthetase 2  26.61 
 
 
368 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.562988 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3533  histidyl-tRNA synthetase 2  28.66 
 
 
346 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217945  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.33 
 
 
370 aa  138  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  28.04 
 
 
417 aa  137  4e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  27.11 
 
 
370 aa  135  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0661  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.91 
 
 
392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0747  Histidine--tRNA ligase  27.18 
 
 
386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000807665  hitchhiker  0.00573832 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1335  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.31 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2627  tRNA synthetase class II (G H P and S)  29.28 
 
 
392 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000799306 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2662  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  28.3 
 
 
394 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1206  ATP phosphoribosyltransferase  32.67 
 
 
326 aa  134  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  29.49 
 
 
431 aa  133  5e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0576  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.69 
 
 
395 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  27.2 
 
 
449 aa  133  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4938  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  27.78 
 
 
395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.88 
 
 
395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  27.99 
 
 
421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  28.88 
 
 
419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.06 
 
 
401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000998206 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2008  tRNA synthetase class II (G H P and S)  27.99 
 
 
399 aa  131  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00513827  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  26.97 
 
 
427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5668  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.23 
 
 
394 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0863885  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1584  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  26.5 
 
 
387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.495225  unclonable  0.000000222283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2765  tRNA synthetase, class II (G, H, P and S)  27.24 
 
 
393 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.466804  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  26.61 
 
 
409 aa  126  7e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2586  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.67 
 
 
397 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.368474  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0675  tRNA synthetase class II (G H P and S)  29.02 
 
 
387 aa  126  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.85 
 
 
395 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0442  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.58 
 
 
393 aa  126  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65250  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.1 
 
 
394 aa  126  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.49 
 
 
395 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.49 
 
 
395 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1979  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.48 
 
 
406 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.495499  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3380  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.63 
 
 
385 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2692  histidyl-tRNA synthetase 2  29.63 
 
 
349 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0415  histidyl-tRNA synthetase  28.18 
 
 
410 aa  125  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.11603  hitchhiker  0.00165896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.22 
 
 
395 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0902  histidyl-tRNA synthetase, class IIA  27.3 
 
 
423 aa  124  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.717157  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07590  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.47 
 
 
395 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2599  Histidine--tRNA ligase  29.63 
 
 
349 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0456239  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1555  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  29.7 
 
 
535 aa  124  3e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3900  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.23 
 
 
401 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.971472  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  27.27 
 
 
421 aa  123  5e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1264  histidyl-tRNA synthetase  29.32 
 
 
349 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0508371  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1986  histidyl-tRNA synthetase  26.95 
 
 
434 aa  123  6e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1522  histidyl-tRNA synthetase  26.92 
 
 
432 aa  122  8e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.221368  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_88696  predicted protein  23.35 
 
 
525 aa  122  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0362  histidyl-tRNA synthetase  27.91 
 
 
422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0779555  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  27.44 
 
 
377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  24.8 
 
 
409 aa  121  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  25.91 
 
 
408 aa  120  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0735  histidyl-tRNA synthetase  27.01 
 
 
427 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 
484 aa  120  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1986  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.42 
 
 
387 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0587615  normal  0.147193 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  26.69 
 
 
430 aa  119  9e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0485  histidyl-tRNA synthetase  26.9 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>