More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0059 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0059  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
191 aa  390  1e-108  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  6.39539e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1875  50S ribosomal protein L3  86.91 
 
 
191 aa  345  2e-94  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.000188213  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0001  50S ribosomal protein L3  86.91 
 
 
191 aa  345  2e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  7.08799e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2081  50S ribosomal protein L3  86.91 
 
 
191 aa  345  2e-94  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  4.97274e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1032  50S ribosomal protein L3  80.21 
 
 
192 aa  317  5e-86  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  3.12086e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2326  50S ribosomal protein L3  79.17 
 
 
192 aa  315  3e-85  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  4.28305e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0034  50S ribosomal protein L3  76.56 
 
 
192 aa  308  2e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  4.82612e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0084  50S ribosomal protein L3  73.82 
 
 
191 aa  291  5e-78  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  3.54525e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1968  50S ribosomal protein L3  69.27 
 
 
192 aa  279  2e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  1.62789e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0286  50S ribosomal protein L3  62.3 
 
 
191 aa  258  3e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00181466  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  40.39 
 
 
207 aa  125  4e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.63563e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  40.39 
 
 
207 aa  125  4e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
205 aa  112  3e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  6.60439e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  39.9 
 
 
213 aa  112  4e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  38.42 
 
 
216 aa  110  2e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  39.58 
 
 
216 aa  109  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  36.59 
 
 
207 aa  108  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.58376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  36.68 
 
 
214 aa  108  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.338e-09  unclonable  1.02958e-07 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  37.93 
 
 
216 aa  106  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
213 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
213 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  33.33 
 
 
206 aa  103  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  4.02835e-07  hitchhiker  3.18342e-09 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  35.96 
 
 
217 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  37.62 
 
 
242 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0337  50S ribosomal protein L3  38.07 
 
 
217 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.73756e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  36.68 
 
 
208 aa  102  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  37.95 
 
 
236 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  36.63 
 
 
228 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1955  50S ribosomal protein L3  33.67 
 
 
218 aa  102  3e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  35.57 
 
 
212 aa  102  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  1.09318e-13  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  36.5 
 
 
219 aa  102  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  37.13 
 
 
251 aa  101  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  45.31 
 
 
207 aa  101  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17401  50S ribosomal protein L3  35.03 
 
 
217 aa  101  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0756  50S ribosomal protein L3  35.5 
 
 
216 aa  101  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  3.85888e-10  normal  0.0180173 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  38.5 
 
 
205 aa  101  8e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  35.96 
 
 
237 aa  101  8e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0489  50S ribosomal protein L3  36.73 
 
 
206 aa  101  8e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.525282  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  37.11 
 
 
210 aa  101  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  4.71094e-09 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  37.11 
 
 
210 aa  101  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  36.27 
 
 
251 aa  100  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  35.35 
 
 
206 aa  100  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1854  50S ribosomal protein L3  37.56 
 
 
217 aa  100  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000292484  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0376  50S ribosomal protein L3  35.18 
 
 
218 aa  100  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  35.96 
 
 
237 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
238 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20031  50S ribosomal protein L3  35.5 
 
 
218 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1129  50S ribosomal protein L3  35 
 
 
218 aa  99.8  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0433  50S ribosomal protein L3  36.06 
 
 
210 aa  99.4  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  2.41052e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  37.43 
 
 
205 aa  99.4  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.6263e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  35.57 
 
 
212 aa  99.4  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.99127e-06  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  37.43 
 
 
212 aa  99.4  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  37 
 
 
218 aa  99  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23021  50S ribosomal protein L3  36.95 
 
 
218 aa  99  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  35.9 
 
 
212 aa  99  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  8.08775e-12  hitchhiker  3.19768e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  35.27 
 
 
213 aa  99  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  34.69 
 
 
212 aa  99  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.8687e-07  unclonable  4.91767e-12 
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  37.43 
 
 
205 aa  98.6  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3019  50S ribosomal protein L3  38.74 
 
 
220 aa  98.6  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  2.16849e-05  hitchhiker  0.0059333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  35.96 
 
 
217 aa  98.6  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17491  50S ribosomal protein L3  34.01 
 
 
217 aa  98.6  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  36 
 
 
204 aa  98.2  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  36.6 
 
 
214 aa  98.2  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  6.58885e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0494  50S ribosomal protein L3  35.58 
 
 
215 aa  98.2  6e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  3.68377e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  37.57 
 
 
210 aa  98.2  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.81863e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  34.83 
 
 
218 aa  98.2  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  35.03 
 
 
215 aa  98.2  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  36.14 
 
 
212 aa  98.2  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  4.79422e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16781  50S ribosomal protein L3  34.76 
 
 
219 aa  98.2  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0815  50S ribosomal protein L3  56.32 
 
 
221 aa  97.8  9e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.000249143  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  35.47 
 
 
211 aa  97.8  9e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.30884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  35.82 
 
 
212 aa  97.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.14788e-24  hitchhiker  3.84813e-05 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2840  50S ribosomal protein L3  37.31 
 
 
219 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  1.11519e-07  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1226  50S ribosomal protein L3  38.21 
 
 
244 aa  97.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0600156  unclonable  9.85108e-06 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  37.06 
 
 
215 aa  97.1  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  35.29 
 
 
218 aa  97.1  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17651  50S ribosomal protein L3  34.01 
 
 
217 aa  97.1  1e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.884364  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0348  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
217 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000116037  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0276  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
216 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  7.62346e-07  normal  0.121842 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  36.92 
 
 
220 aa  96.3  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3317  50S ribosomal protein L3  37.11 
 
 
214 aa  96.3  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  4.49005e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04521  50S ribosomal protein L3  36.08 
 
 
207 aa  96.3  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  5.54969e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  38.22 
 
 
205 aa  96.3  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0327  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
216 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  9.00525e-05  normal  0.0194513 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  38.76 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0267  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
217 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  4.16166e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  37.63 
 
 
212 aa  96.7  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.33446e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2759  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
217 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  3.32087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1650  50S ribosomal protein L3  33.5 
 
 
217 aa  96.7  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0314  50S ribosomal protein L3  37.95 
 
 
219 aa  95.9  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.38197e-08  hitchhiker  0.00855725 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3644  50S ribosomal protein L3  37.95 
 
 
219 aa  95.9  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  1.85363e-09  hitchhiker  2.00291e-11 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  38.14 
 
 
212 aa  95.9  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  36.84 
 
 
209 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  36.04 
 
 
210 aa  95.9  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  37.69 
 
 
209 aa  95.5  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0249  50S ribosomal protein L3  39.18 
 
 
216 aa  95.5  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.58016e-10  normal  0.145495 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  36.92 
 
 
217 aa  95.5  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  1.08395e-11  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  34.83 
 
 
214 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  36.27 
 
 
217 aa  95.1  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  5.38385e-07  hitchhiker  8.07722e-05 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  39.72 
 
 
217 aa  95.1  6e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>