More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4356 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  96.36 
 
 		 220 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  96.36 
 
 		 220 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  95.45 
 
 		 220 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  95.45 
 
 		 220 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  95.45 
 
 		 220 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  84.55 
 
 		 220 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  84.55 
 
 		 220 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  84.55 
 
 		 220 aa  362  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  84.55 
 
 		 220 aa  362  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  84.55 
 
 		 220 aa  362  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  84.55 
 
 		 255 aa  360  7.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  84.55 
 
 		 220 aa  360  8e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  58.64 
 
 		 220 aa  254  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.64 
 
 		 220 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  54.13 
 
 		 232 aa  244  8e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  57.73 
 
 		 220 aa  242  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  53.67 
 
 		 223 aa  242  3e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  59.72 
 
 		 220 aa  240  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  59.26 
 
 		 220 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  59.26 
 
 		 220 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  59.26 
 
 		 220 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  59.26 
 
 		 220 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  59.26 
 
 		 220 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  59.26 
 
 		 220 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  59.26 
 
 		 224 aa  237  9e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  59.26 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  57.87 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  55.25 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  54.17 
 
 		 221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  58.88 
 
 		 241 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  58.88 
 
 		 283 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  54.17 
 
 		 218 aa  232  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 227 aa  231  6e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  54.17 
 
 		 221 aa  231  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 		 219 aa  230  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.63 
 
 		 219 aa  229  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  58.37 
 
 		 221 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.14 
 
 		 219 aa  228  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 210 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  53.46 
 
 		 221 aa  228  7e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 235 aa  227  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  56.07 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.67 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  55.14 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  53.24 
 
 		 220 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  53.7 
 
 		 220 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  52.53 
 
 		 221 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 220 aa  225  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 221 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  55.46 
 
 		 235 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  51.39 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  53.27 
 
 		 220 aa  222  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  51.13 
 
 		 225 aa  222  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 		 220 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 220 aa  221  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 		 220 aa  220  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  52 
 
 		 246 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  51.98 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  51.98 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 		 220 aa  218  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  51.39 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.4 
 
 		 219 aa  216  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 219 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 220 aa  215  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  50 
 
 		 219 aa  215  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 		 279 aa  215  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.54 
 
 		 219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.54 
 
 		 219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  52.07 
 
 		 221 aa  214  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 		 244 aa  214  9e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  49.54 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.54 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.54 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  49.54 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  49.54 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 222 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  51.57 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4554  DNA-binding transcriptional regulator BasR  49.54 
 
 		 222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4687  DNA-binding transcriptional regulator BasR  49.54 
 
 		 222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.20519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4547  DNA-binding transcriptional regulator BasR  49.54 
 
 		 222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  49.54 
 
 		 222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  49.54 
 
 		 222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 221 aa  211  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 221 aa  211  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 221 aa  211  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 		 220 aa  211  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 		 220 aa  211  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2624  two component transcriptional regulator  53.96 
 
 		 239 aa  211  7.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>