245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1462 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  100 
 
 
279 aa  559  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  58.66 
 
 
284 aa  322  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  57.24 
 
 
284 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.61 
 
 
282 aa  281  7.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.91 
 
 
288 aa  246  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  42.24 
 
 
287 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  40.36 
 
 
287 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  40.36 
 
 
287 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  43.73 
 
 
284 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.28 
 
 
292 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  43.37 
 
 
284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  43.37 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  37.5 
 
 
286 aa  189  5e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  42.65 
 
 
283 aa  188  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.2 
 
 
293 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.9 
 
 
293 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.5 
 
 
294 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  42.09 
 
 
293 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.85 
 
 
293 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  37.96 
 
 
291 aa  179  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.14 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  41.27 
 
 
279 aa  172  5e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 
293 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  40.29 
 
 
276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  46.08 
 
 
277 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.68 
 
 
247 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.45 
 
 
273 aa  135  7.000000000000001e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.45 
 
 
316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  40.33 
 
 
261 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  32.99 
 
 
293 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35 
 
 
255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.95 
 
 
238 aa  125  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  34.42 
 
 
291 aa  125  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  33.33 
 
 
255 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.54 
 
 
248 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  30.16 
 
 
268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  37.84 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.78 
 
 
222 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.43 
 
 
373 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.36 
 
 
241 aa  97.4  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  35.35 
 
 
306 aa  96.7  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  26.15 
 
 
278 aa  95.1  1e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.38 
 
 
312 aa  92.4  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.29 
 
 
318 aa  85.9  6e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  29.6 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.54 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.39 
 
 
344 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.96 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  30.3 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  30.3 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  30.3 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  30.3 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  30.3 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  30.3 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  23.46 
 
 
278 aa  82  0.000000000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.98 
 
 
304 aa  82  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  29.21 
 
 
348 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.3 
 
 
344 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.3 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  29.06 
 
 
345 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  28.84 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  27.03 
 
 
438 aa  80.5  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  29.43 
 
 
346 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.17 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.01 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.01 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.32 
 
 
354 aa  79.3  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.47 
 
 
311 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  30.47 
 
 
311 aa  79  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.24 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  27.99 
 
 
346 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  27.61 
 
 
346 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.46 
 
 
334 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  32.35 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.79 
 
 
317 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  27.38 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.65 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  27.94 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  28.1 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  29.59 
 
 
348 aa  72.8  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 
322 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  29.88 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  27.24 
 
 
354 aa  71.2  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  26.94 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  30.17 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  28.02 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  27.35 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.34 
 
 
313 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  26.34 
 
 
361 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.65 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  31.18 
 
 
304 aa  68.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  30.94 
 
 
304 aa  68.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  24.23 
 
 
320 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  28.63 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  30.2 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.47 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.41 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  30.15 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>