More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1359 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40.02 
 
 		 986 aa  685    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.11 
 
 		 966 aa  735    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 978 aa  2004    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  39.71 
 
 		 1043 aa  693    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 944 aa  360  7e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.11 
 
 		 956 aa  350  1e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 		 927 aa  347  8.999999999999999e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 		 960 aa  346  1e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 		 934 aa  345  2e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.02 
 
 		 930 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.7 
 
 		 929 aa  324  6e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.1 
 
 		 952 aa  320  6e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.3 
 
 		 934 aa  320  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.29 
 
 		 934 aa  319  2e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.8 
 
 		 934 aa  311  4e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 		 934 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.46 
 
 		 934 aa  308  3e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.15 
 
 		 934 aa  308  3e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.15 
 
 		 934 aa  308  3e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.01 
 
 		 957 aa  308  4.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.05 
 
 		 934 aa  307  6e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.92 
 
 		 921 aa  307  6e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.05 
 
 		 934 aa  305  3.0000000000000004e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.05 
 
 		 934 aa  305  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.1 
 
 		 929 aa  293  7e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  30.78 
 
 		 843 aa  274  5.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  29.4 
 
 		 681 aa  274  7e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  30.88 
 
 		 838 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  32.09 
 
 		 851 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  30.82 
 
 		 876 aa  268  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.95 
 
 		 921 aa  266  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 		 921 aa  259  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  30.17 
 
 		 646 aa  259  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  26.83 
 
 		 832 aa  258  3e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  30.46 
 
 		 661 aa  253  1e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  27.59 
 
 		 822 aa  250  7e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  31.11 
 
 		 640 aa  249  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  30.56 
 
 		 636 aa  249  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  30.41 
 
 		 636 aa  248  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  30.41 
 
 		 636 aa  248  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  30.41 
 
 		 636 aa  248  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  30.41 
 
 		 636 aa  248  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  30.41 
 
 		 636 aa  248  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  30.41 
 
 		 636 aa  248  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  30.41 
 
 		 636 aa  248  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  30.41 
 
 		 636 aa  248  6e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  30.66 
 
 		 670 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  29.18 
 
 		 843 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  29.71 
 
 		 651 aa  245  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  29.29 
 
 		 644 aa  244  3.9999999999999997e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  29.06 
 
 		 646 aa  243  9e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  28.69 
 
 		 668 aa  243  9e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  29.64 
 
 		 636 aa  242  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  29.64 
 
 		 636 aa  242  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  29.64 
 
 		 636 aa  242  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  29.64 
 
 		 636 aa  243  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  27.01 
 
 		 846 aa  242  2.9999999999999997e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  30.16 
 
 		 668 aa  240  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  28.38 
 
 		 840 aa  240  8e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  29.64 
 
 		 636 aa  239  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  31.23 
 
 		 754 aa  238  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  30.61 
 
 		 725 aa  236  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  30.34 
 
 		 664 aa  233  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  29.66 
 
 		 640 aa  233  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  29.8 
 
 		 669 aa  229  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  29.51 
 
 		 664 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  29.66 
 
 		 640 aa  228  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  30.43 
 
 		 685 aa  228  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  29.8 
 
 		 669 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  28.17 
 
 		 830 aa  227  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  28.59 
 
 		 830 aa  226  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  26.95 
 
 		 729 aa  225  3e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  28.38 
 
 		 647 aa  224  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  28.88 
 
 		 674 aa  224  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  28.37 
 
 		 659 aa  224  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  28.63 
 
 		 659 aa  224  8e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  28.23 
 
 		 659 aa  224  9e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  29.04 
 
 		 633 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  26.29 
 
 		 667 aa  223  9.999999999999999e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  28.07 
 
 		 650 aa  222  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  30.04 
 
 		 714 aa  222  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  29.43 
 
 		 643 aa  221  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  28.9 
 
 		 646 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  28.59 
 
 		 651 aa  220  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  28.74 
 
 		 640 aa  219  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  28.07 
 
 		 650 aa  220  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  29.84 
 
 		 674 aa  219  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  29.57 
 
 		 658 aa  219  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  25.62 
 
 		 709 aa  219  2.9999999999999998e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  28.45 
 
 		 641 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  28.74 
 
 		 639 aa  218  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1467  helicase c2  30.6 
 
 		 690 aa  218  5.9999999999999996e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0659778  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  27.88 
 
 		 636 aa  217  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  28.55 
 
 		 660 aa  212  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1900  helicase c2  29.59 
 
 		 688 aa  211  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  29.26 
 
 		 666 aa  209  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0280  helicase c2  30.48 
 
 		 683 aa  207  6e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0332575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  28.18 
 
 		 645 aa  207  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1828  helicase c2  29.89 
 
 		 688 aa  207  9e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.147958  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23060  DNA helicase, Rad3  28.1 
 
 		 692 aa  207  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0774743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>