278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0889 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0889  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  100 
 
 
220 aa  449  1e-125  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  3.45367e-06  normal  0.0902559 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0792  beta-phosphoglucomutase  29.76 
 
 
215 aa  105  7e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2790  HAD family hydrolase  30.33 
 
 
223 aa  102  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0260  haloacid dehalogenase, IA family protein  29.95 
 
 
217 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0269  haloacid dehalogenase, IA family protein  29.41 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0682  HAD hydrolase, family IA, variant 3  26.88 
 
 
226 aa  88.2  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01320  haloacid dehalogenase superfamily protein, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED  28.35 
 
 
219 aa  80.9  2e-14  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1517  HAD family hydrolase  29.55 
 
 
216 aa  70.9  1e-11  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05174  phosphoglycolate phosphatase  26.18 
 
 
256 aa  69.7  3e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1566  HAD family hydrolase  29.55 
 
 
216 aa  69.7  3e-11  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0670  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.9 
 
 
214 aa  67.8  1e-10  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.294369 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1853  HAD-superfamily hydrolase  28.49 
 
 
213 aa  67.4  1e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0037  haloacid dehalogenase/epoxide hydrolase family protein  29.17 
 
 
219 aa  66.6  3e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0864  thiamine pyrophosphokinase  27.32 
 
 
454 aa  66.6  3e-10  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  1.34495e-07  normal  0.492449 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001299  CbbY family protein  25.82 
 
 
216 aa  66.2  4e-10  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.916657  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2690  HAD family hydrolase  28.24 
 
 
221 aa  65.9  5e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.365385  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0320  HAD family hydrolase  31.55 
 
 
241 aa  65.1  8e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.288784  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0290  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.27 
 
 
222 aa  64.7  1e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1356  HAD family hydrolase  27.87 
 
 
221 aa  64.3  1e-09  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.14421  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1550  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25 
 
 
249 aa  61.2  1e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.204001 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2293  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25 
 
 
218 aa  60.8  1e-08  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  4.94788e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0674  phosphatase  25.84 
 
 
215 aa  60.5  2e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2101  HAD family hydrolase  29.19 
 
 
231 aa  60.8  2e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0670  beta-phosphoglucomutase  29.38 
 
 
207 aa  59.7  3e-08  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.922957  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02490  haloacid dehalogenase superfamily protein, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED  24.88 
 
 
224 aa  59.3  4e-08  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0226409 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5006  HAD family hydrolase  25.81 
 
 
229 aa  58.9  5e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0787  HAD family sugar phosphatase  27.66 
 
 
234 aa  58.9  6e-08  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1853  HAD family hydrolase  25.76 
 
 
235 aa  57.8  1e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.147437  normal  0.0157174 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2485  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.53 
 
 
238 aa  57  2e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4498  HAD-superfamily hydrolase subfamily IA, variant 3  24.44 
 
 
223 aa  57  2e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.511661  normal  0.0143777 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2212  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  23.41 
 
 
220 aa  56.6  3e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4434  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  26.5 
 
 
217 aa  56.6  3e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1752  HAD family hydrolase  27.81 
 
 
232 aa  56.2  4e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0141  beta-phosphoglucomutase  25.58 
 
 
214 aa  55.5  6e-07  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1484  haloacid dehalogenase  27.32 
 
 
257 aa  55.5  6e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.514428 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_338  hypothetical protein  24.88 
 
 
456 aa  55.5  6e-07  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00693249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0641  HAD family hydrolase  23 
 
 
220 aa  55.5  6e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  0.0427696 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2877  beta-phosphoglucomutase  23.79 
 
 
219 aa  55.5  7e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0767657  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000391  2-deoxyglucose-6-phosphate hydrolase YniC  23.83 
 
 
218 aa  55.5  7e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106831  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3073  HAD family hydrolase  26.95 
 
 
223 aa  55.5  7e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00582956  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0395  glycoprotease family protein/hydrolase, beta-phosphoglucomutase family  24.88 
 
 
456 aa  55.1  9e-07  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3750  HAD family hydrolase  26.18 
 
 
249 aa  55.1  9e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.773366 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13910  haloacid dehalogenase superfamily protein, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED  27.43 
 
 
232 aa  55.1  9e-07  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.491881  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2469  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  26.53 
 
 
224 aa  54.7  1e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.618161  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2266  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  26.2 
 
 
220 aa  54.3  1e-06  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4630  HAD family hydrolase  30.53 
 
 
225 aa  54.3  1e-06  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554039 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1839  HAD superfamily hydrolase  26.19 
 
 
228 aa  54.7  1e-06  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.605398  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10160  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  27.36 
 
 
217 aa  53.5  2e-06  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.64096  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0251  HAD-superfamily hydrolase subfamily IA, variant 3  28.12 
 
 
216 aa  53.9  2e-06  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.822561 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3898  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  27.17 
 
 
233 aa  53.5  2e-06  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1749  HAD family hydrolase  26.26 
 
 
227 aa  53.9  2e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109928  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2787  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.44 
 
 
230 aa  53.1  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00137861  hitchhiker  1.32599e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4719  HAD family hydrolase  27.78 
 
 
221 aa  53.1  3e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35659  predicted protein  26.48 
 
 
267 aa  53.1  3e-06  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0409  HAD family hydrolase  26.44 
 
 
228 aa  52.8  4e-06  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0381  2-deoxyglucose-6-phosphatase  22.81 
 
 
221 aa  52.8  4e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0071153  normal  0.324571 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0267  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.41 
 
 
220 aa  52.8  4e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583067  normal  0.103324 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0461  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  28.49 
 
 
217 aa  52.4  5e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0436  2-deoxyglucose-6-phosphatase  24.55 
 
 
218 aa  52.4  5e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.4214e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0845  fructose-1-phosphatase  25.14 
 
 
188 aa  52.4  6e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.2907e-09  hitchhiker  2.42912e-07 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0484  HAD family sugar phosphatase  26.06 
 
 
221 aa  52.4  6e-06  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0058  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.13 
 
 
203 aa  52.4  6e-06  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00166064  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4152  HAD family hydrolase  21.26 
 
 
217 aa  52  7e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1743  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.82 
 
 
227 aa  52  7e-06  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.293469  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1907  HAD superfamily hydrolase  26.04 
 
 
211 aa  52  7e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1432  putative beta-phosphoglucomutase  27.23 
 
 
219 aa  51.6  8e-06  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2308  beta-phosphoglucomutase  27.23 
 
 
219 aa  51.6  8e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.961531  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2329  beta-phosphoglucomutase  27.23 
 
 
219 aa  51.6  8e-06  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0229968  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3378  2-deoxyglucose-6-phosphatase  21.91 
 
 
225 aa  52  8e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01305  hypothetical protein  27.23 
 
 
219 aa  51.6  9e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3792  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  24.74 
 
 
229 aa  51.6  9e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01294  predicted beta-phosphoglucomutase  27.23 
 
 
219 aa  51.6  9e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1573  HAD family hydrolase  25.58 
 
 
222 aa  51.2  1e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.670571  normal  0.310253 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2961  beta-phosphoglucomutase  24.57 
 
 
219 aa  51.2  1e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.423838 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1765  HAD family hydrolase  30.77 
 
 
236 aa  51.2  1e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0140115 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2232  HAD family hydrolase  29.21 
 
 
233 aa  51.6  1e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.470588  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2637  HAD family hydrolase  24.34 
 
 
286 aa  50.8  1e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.403398  normal  0.292856 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1798  phosphatase/phosphohexomutase-like protein  25.61 
 
 
255 aa  50.8  1e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00404903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5088  beta-phosphoglucomutase  25.87 
 
 
219 aa  50.4  2e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00016924  normal  0.408522 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0142  HAD family hydrolase  26.79 
 
 
212 aa  50.4  2e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0023385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5452  HAD-superfamily hydrolase  36.67 
 
 
212 aa  50.8  2e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3346  HAD family hydrolase  23.98 
 
 
221 aa  50.8  2e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.363754  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1040  HAD family hydrolase  25.15 
 
 
226 aa  50.4  2e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.71478e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0780  HAD family hydrolase  25.97 
 
 
227 aa  50.4  2e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12643  Predicted phosphatase  23.44 
 
 
216 aa  50.8  2e-05  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.128583  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0397  beta-phosphoglucomutase family hydrolase  24.77 
 
 
223 aa  50.1  3e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5215  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  27.18 
 
 
248 aa  50.1  3e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0432  2-deoxyglucose-6-phosphatase  23.95 
 
 
218 aa  49.7  3e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.98152e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2973  fructose-1-phosphatase  25.57 
 
 
188 aa  49.7  3e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  9.45965e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0880  HAD family hydrolase  25.68 
 
 
255 aa  50.1  3e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1980  HAD family hydrolase  25.95 
 
 
253 aa  50.1  3e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294868  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0853  HAD family hydrolase  24.85 
 
 
221 aa  49.7  3e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0114666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2812  fructose-1-phosphatase  25.57 
 
 
188 aa  49.7  3e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.2421e-06  hitchhiker  0.000278868 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3936  fructose-1-phosphatase  25.57 
 
 
188 aa  49.7  3e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00199329  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5532  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  24.58 
 
 
214 aa  49.3  4e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2658  haloacid dehalogenase-like hydrolase  25.14 
 
 
236 aa  49.3  4e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1528  putative beta-phosphoglucomutase  26.24 
 
 
219 aa  49.7  4e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00430  beta-phosphoglucomutase  24.5 
 
 
216 aa  49.7  4e-05  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0846  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  24.24 
 
 
231 aa  49.3  5e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1500  phosphoglycolate phosphatase  25.71 
 
 
224 aa  48.9  5e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0783789  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>