More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5309 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
447 aa  916  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  71.15 
 
 
468 aa  633  1e-180  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  72.06 
 
 
478 aa  630  1e-179  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  68.36 
 
 
450 aa  586  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  45.84 
 
 
452 aa  417  1e-115  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 
455 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 
455 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  47.72 
 
 
455 aa  407  1e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 
447 aa  386  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  45.9 
 
 
435 aa  369  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  46.27 
 
 
435 aa  362  6e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  44.72 
 
 
440 aa  360  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.41977e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  46 
 
 
440 aa  356  4e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  43.42 
 
 
436 aa  353  4e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  43.82 
 
 
440 aa  352  6e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  44.18 
 
 
436 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  46.42 
 
 
436 aa  351  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  42.14 
 
 
436 aa  350  4e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  42.69 
 
 
443 aa  350  4e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  44.05 
 
 
436 aa  349  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  43.87 
 
 
441 aa  348  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  45.34 
 
 
442 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  45.59 
 
 
441 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  45.59 
 
 
441 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  43.52 
 
 
435 aa  344  2e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  45.69 
 
 
441 aa  342  7e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  45.09 
 
 
440 aa  342  9e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  45.43 
 
 
441 aa  340  3e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  44.58 
 
 
441 aa  339  6e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  44.58 
 
 
441 aa  339  6e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  44.58 
 
 
441 aa  339  6e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  43.17 
 
 
437 aa  339  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  44.55 
 
 
434 aa  339  7e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  42.49 
 
 
434 aa  338  8e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  45.69 
 
 
441 aa  338  1e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  41.63 
 
 
447 aa  336  6e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  42.62 
 
 
439 aa  335  7e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 
435 aa  335  1e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  42.93 
 
 
443 aa  333  3e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  42.13 
 
 
435 aa  330  5e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  42.04 
 
 
437 aa  329  8e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 
439 aa  326  4e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  40.36 
 
 
453 aa  324  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  42.3 
 
 
436 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  40.23 
 
 
439 aa  323  3e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  40.42 
 
 
438 aa  323  4e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  42.13 
 
 
436 aa  323  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  41.11 
 
 
436 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  40.76 
 
 
437 aa  321  2e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
438 aa  318  9e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 
436 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  41.56 
 
 
436 aa  316  6e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  40.2 
 
 
438 aa  315  1e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  39.86 
 
 
439 aa  313  6e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  41.42 
 
 
436 aa  310  3e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  37.96 
 
 
440 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  39.01 
 
 
454 aa  300  3e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  38.39 
 
 
438 aa  299  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 
436 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 
440 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  38.04 
 
 
435 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  38.77 
 
 
436 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  38.37 
 
 
436 aa  285  1e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  38.42 
 
 
436 aa  285  1e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.39 
 
 
675 aa  183  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  31.86 
 
 
422 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  31.89 
 
 
422 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
422 aa  156  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.49 
 
 
421 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
428 aa  120  4e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 
495 aa  119  9e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
424 aa  119  1e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
421 aa  115  1e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
421 aa  115  1e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 
439 aa  115  2e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
421 aa  115  2e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
432 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2566  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 
478 aa  110  7e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  23.06 
 
 
479 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
423 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.75 
 
 
423 aa  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
397 aa  106  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.91 
 
 
426 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  27.5 
 
 
429 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.91 
 
 
426 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.91 
 
 
426 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.91 
 
 
426 aa  104  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.91 
 
 
426 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  25.91 
 
 
426 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.91 
 
 
399 aa  103  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4078  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 
474 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.305211  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2011  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 
480 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 
470 aa  99.8  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 
484 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>