More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0405 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 		 315 aa  597  1e-169  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  66.05 
 
 		 330 aa  362  3e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60 
 
 		 317 aa  343  2e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.19 
 
 		 311 aa  342  4e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.19 
 
 		 311 aa  342  4e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.19 
 
 		 311 aa  342  4e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  58.57 
 
 		 319 aa  333  2e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.26 
 
 		 343 aa  306  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.77 
 
 		 332 aa  301  8.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5038  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  60.88 
 
 		 316 aa  295  6e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4527  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  59.24 
 
 		 314 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00201756 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4106  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  59.24 
 
 		 316 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.14297  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2436  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.97 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.014581  normal  0.339712 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.12 
 
 		 320 aa  245  8e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  44.2 
 
 		 329 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.07 
 
 		 403 aa  238  1e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.15 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4119  threonine dehydratase catabolic  53.4 
 
 		 319 aa  232  6e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270071  normal  0.0644551 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  39.69 
 
 		 402 aa  229  4e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  48.48 
 
 		 402 aa  227  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.94 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  42.54 
 
 		 402 aa  226  6e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  48.3 
 
 		 402 aa  225  7e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  39.08 
 
 		 402 aa  225  7e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.44 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  42.81 
 
 		 405 aa  223  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.68 
 
 		 323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.93 
 
 		 333 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.13 
 
 		 339 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  40.31 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  45.34 
 
 		 323 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.27 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.43 
 
 		 328 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  44.23 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  42.28 
 
 		 395 aa  216  4e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  44.38 
 
 		 415 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  48.14 
 
 		 406 aa  215  8e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  43.12 
 
 		 322 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.25 
 
 		 332 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.84 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  39.26 
 
 		 403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  49.22 
 
 		 404 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.82 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.8 
 
 		 323 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  43.91 
 
 		 324 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  43.91 
 
 		 324 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  42.99 
 
 		 403 aa  212  7.999999999999999e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  43.61 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  43.61 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  47.35 
 
 		 404 aa  211  1e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  38.04 
 
 		 403 aa  210  2e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  45.91 
 
 		 330 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  40.68 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.37 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.31 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.17 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  41.25 
 
 		 402 aa  208  8e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  42.86 
 
 		 403 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  48.45 
 
 		 412 aa  208  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  38.01 
 
 		 404 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  37.58 
 
 		 403 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  42.86 
 
 		 504 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  42.86 
 
 		 504 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  44.06 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 		 318 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0922  threonine dehydratase  48.45 
 
 		 403 aa  204  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411143  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  44.24 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.96 
 
 		 403 aa  204  2e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  41.72 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  41.64 
 
 		 327 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  41.97 
 
 		 514 aa  203  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  36.96 
 
 		 403 aa  202  5e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  42.02 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.43 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  44.33 
 
 		 520 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  46.15 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  39.2 
 
 		 511 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  42.95 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.43 
 
 		 327 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1619  threonine dehydratase  45.17 
 
 		 400 aa  199  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.458983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  41.08 
 
 		 324 aa  199  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31840  threonine dehydratase  45.68 
 
 		 401 aa  199  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.67382 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.8 
 
 		 320 aa  198  9e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  37.58 
 
 		 406 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  42.14 
 
 		 501 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.59 
 
 		 331 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.14 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  43.38 
 
 		 401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  43.38 
 
 		 401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  38.2 
 
 		 403 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>