4084 genes were found for organism Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 41    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewmr4_0001  CDS  NC_008321  79  1461  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_732140  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0002  CDS  NC_008321  1482  2582  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_732141  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0003  CDS  NC_008321  2744  3826  1083  recombination protein F  YP_732142  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0004  CDS  NC_008321  3843  6260  2418  DNA gyrase subunit B  YP_732143  normal  0.850847  unclonable  4.98396e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0005  CDS  NC_008321  6341  6997  657  glutathione S-transferase domain-containing protein  YP_732144  normal  unclonable  1.52518e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0006  CDS  NC_008321  7124  7972  849  LysR family transcriptional regulator  YP_732145  normal  hitchhiker  4.87815e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0007  CDS  NC_008321  8128  9171  1044  putative signal transduction protein  YP_732146  normal  hitchhiker  7.36166e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0008  CDS  NC_008321  9235  11301  2067  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_732147  normal  hitchhiker  1.20926e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0009  CDS  NC_008321  11311  12216  906  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_732148  normal  hitchhiker  7.85129e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0010  CDS  NC_008321  12335  12907  573  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_732149  normal  hitchhiker  6.02981e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0011  CDS  NC_008321  12996  16184  3189  amidohydrolase  YP_732150  normal  hitchhiker  1.93716e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0012  CDS  NC_008321  16381  16818  438  hypothetical protein  YP_732151  normal  hitchhiker  2.03173e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0013  CDS  NC_008321  16854  17099  246  sulfur transfer protein SirA  YP_732152  normal  hitchhiker  1.82945e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0014  CDS  NC_008321  17258  18451  1194  diguanylate cyclase  YP_732153  normal  hitchhiker  3.17011e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0015  CDS  NC_008321  18661  19464  804  integrase catalytic subunit  YP_732154  normal  hitchhiker  2.2055e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0016  CDS  NC_008321  19494  19889  396  transposase  YP_732155  normal  hitchhiker  6.47262e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0017  CDS  NC_008321  19987  21150  1164  3-ketoacyl-CoA thiolase  YP_732156  normal  hitchhiker  9.28533e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0018  CDS  NC_008321  21173  23323  2151  multifunctional fatty acid oxidation complex subunit alpha  YP_732157  normal  0.0281216  hitchhiker  0.000170184  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0019  CDS  NC_008321  23767  25086  1320  proline dipeptidase  YP_732158  normal  0.0806227  hitchhiker  0.000125098  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0020  CDS  NC_008321  25102  25716  615  hypothetical protein  YP_732159  normal  0.0743784  hitchhiker  0.000738865  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0021  CDS  NC_008321  25794  27251  1458  TrkH family potassium uptake protein  YP_732160  decreased coverage  1.91681e-06  hitchhiker  0.00118285  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0022  CDS  NC_008321  27253  27777  525  protoporphyrinogen oxidase  YP_732161  decreased coverage  5.30188e-08  hitchhiker  0.000763246  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0023  CDS  NC_008321  27840  28148  309  ArsR family transcriptional regulator  YP_732162  unclonable  1.24872e-09  hitchhiker  0.000733869  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0024  CDS  NC_008321  28348  28902  555  protoporphyrinogen oxidase  YP_732163  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0025  CDS  NC_008321  28949  30391  1443  TrkH family potassium uptake protein  YP_732164  normal  0.053373  hitchhiker  0.00232056  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0026  CDS  NC_008321  30403  31812  1410  potassium transporter peripheral membrane component  YP_732165  normal  0.570638  hitchhiker  0.00237688  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0027  CDS  NC_008321  31828  33117  1290  sun protein  YP_732166  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0028  CDS  NC_008321  33117  34073  957  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_732167  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0029  CDS  NC_008321  34089  34595  507  peptide deformylase  YP_732168  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0030  CDS  NC_008321  34721  35845  1125  peptidoglycan-binding LysM  YP_732169  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0031  CDS  NC_008321  35929  36945  1017  DNA protecting protein DprA  YP_732170  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0032  CDS  NC_008321  36948  37424  477  hypothetical protein  YP_732171  normal  0.263953  hitchhiker  0.00416166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0033  CDS  NC_008321  37547  38110  564  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  YP_732172  normal  0.417367  hitchhiker  0.00409265  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0034  CDS  NC_008321  38249  38815  567  translation factor SUA5  YP_732173  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0035  CDS  NC_008321  38845  39753  909  coproporphyrinogen III oxidase  YP_732174  normal  0.132201  hitchhiker  0.00964681  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0036  CDS  NC_008321  39785  40222  438  globin  YP_732175  normal  0.0572064  hitchhiker  0.00805011  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0037  CDS  NC_008321  40394  41272  879  shikimate 5-dehydrogenase  YP_732176  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0038  CDS  NC_008321  41293  41568  276  hypothetical protein  YP_732177  hitchhiker  1.59242e-06  hitchhiker  0.000533076  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0039  CDS  NC_008321  41625  42173  549  carbonic anhydrase  YP_732178  decreased coverage  7.2443e-07  hitchhiker  0.000629469  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0040  CDS  NC_008321  48200  48454  255  hypothetical protein  YP_732179  normal  0.140935  hitchhiker  0.000251454  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0041  CDS  NC_008321  48476  48931  456  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_732180  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0042  CDS  NC_008321  48906  49661  756  protein of unknown function DUF610, YibQ  YP_732181  normal  0.185934  hitchhiker  0.000313161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0043  CDS  NC_008321  49674  50879  1206  C-terminal processing peptidase-3  YP_732182  normal  hitchhiker  0.000408883  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0044    NC_008321  50928  52060  1133      normal  hitchhiker  0.000126943  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0045  CDS  NC_008321  52071  53615  1545  phosphoglyceromutase  YP_732183  normal  hitchhiker  0.000150167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0046  CDS  NC_008321  53881  54315  435  rhodanese domain-containing protein  YP_732184  normal  hitchhiker  2.63421e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0047  CDS  NC_008321  54576  55061  486  preprotein translocase subunit SecB  YP_732185  normal  hitchhiker  2.28873e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0048  CDS  NC_008321  55066  56082  1017  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  YP_732186  normal  hitchhiker  3.14359e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0049  CDS  NC_008321  56321  57505  1185  hypothetical protein  YP_732187  normal  hitchhiker  3.78391e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0050  CDS  NC_008321  58053  59630  1578  hypothetical protein  YP_732188  normal  hitchhiker  4.92691e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0051  CDS  NC_008321  59838  61199  1362  TrkH family potassium uptake protein  YP_732189  normal  hitchhiker  2.43033e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0052  CDS  NC_008321  61201  61899  699  TrkA domain-containing protein  YP_732190  normal  hitchhiker  1.56349e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0053  CDS  NC_008321  61944  62633  690  two component transcriptional regulator  YP_732191  normal  hitchhiker  1.76822e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0054  CDS  NC_008321  62634  63680  1047  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_732192  normal  hitchhiker  2.45191e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0055  CDS  NC_008321  63908  64831  924  pirin domain-containing protein  YP_732193  normal  hitchhiker  2.41022e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0056  CDS  NC_008321  65316  66989  1674  signal transduction histidine kinase, LytS  YP_732194  normal  0.0698199  decreased coverage  1.26428e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0057  CDS  NC_008321  66983  67714  732  response regulator receiver protein  YP_732195  decreased coverage  4.8418e-06  decreased coverage  6.48872e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0058  CDS  NC_008321  67822  69066  1245  major facilitator transporter  YP_732196  decreased coverage  0.000719685  decreased coverage  7.8318e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0059  CDS  NC_008321  69156  69776  621  hypothetical protein  YP_732197  normal  0.0155929  decreased coverage  5.2316e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0060  CDS  NC_008321  70202  70939  738  hypothetical protein  YP_732198  normal  0.128142  decreased coverage  5.46938e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0061  CDS  NC_008321  71040  71519  480  NLP/P60 protein  YP_732199  normal  decreased coverage  4.1841e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0062  CDS  NC_008321  71544  72992  1449  major facilitator transporter  YP_732200  normal  decreased coverage  6.90762e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0063  CDS  NC_008321  73081  74109  1029  LacI family transcription regulator  YP_732201  normal  hitchhiker  3.67552e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0064  CDS  NC_008321  74168  75652  1485  sucrose phosphorylase  YP_732202  normal  decreased coverage  7.22293e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0065  CDS  NC_008321  75909  77129  1221  major facilitator transporter  YP_732203  normal  0.596651  decreased coverage  7.29069e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0066  CDS  NC_008321  77389  79785  2397  TonB-dependent receptor  YP_732204  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  1.55765e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0067  CDS  NC_008321  79878  80837  960  ribokinase-like domain-containing protein  YP_732205  normal  hitchhiker  0.000323678  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0068  CDS  NC_008321  81043  81576  534  molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA  YP_732206  normal  hitchhiker  0.000763246  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0069  CDS  NC_008321  81610  81828  219  hypothetical protein  YP_732207  normal  hitchhiker  0.00159455  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0070  CDS  NC_008321  81980  83023  1044  transcriptional regulator  YP_732208  normal  normal  0.020859  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0071  CDS  NC_008321  83027  83287  261  hypothetical protein  YP_732209  normal  normal  0.0913399  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0072  CDS  NC_008321  83337  84476  1140  transport protein, putative  YP_732210  normal  normal  0.177811  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0073  CDS  NC_008321  84565  85299  735  ABC transporter related  YP_732211  normal  normal  0.334195  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0074  CDS  NC_008321  85302  86909  1608  TAP domain-containing protein  YP_732212  normal  normal  0.523955  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0075  CDS  NC_008321  87002  87367  366  GntR family transcriptional regulator  YP_732213  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0076  CDS  NC_008321  87414  88277  864  ABC transporter related  YP_732214  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0077  CDS  NC_008321  88274  89584  1311  hypothetical protein  YP_732215  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0078  CDS  NC_008321  89713  91506  1794  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_732216  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0079  CDS  NC_008321  91647  94136  2490  MORN repeat-containing protein  YP_732217  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0080  CDS  NC_008321  94244  94654  411  thioesterase superfamily protein  YP_732218  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0081  CDS  NC_008321  94772  95320  549  HPP family protein  YP_732219  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0082  CDS  NC_008321  95572  95979  408  hypothetical protein  YP_732220  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0083  CDS  NC_008321  96029  96292  264  hypothetical protein  YP_732221  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0084  CDS  NC_008321  96352  96816  465  thioesterase superfamily protein  YP_732222  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0085  CDS  NC_008321  96964  97317  354  MerR family transcriptional regulator  YP_732223  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0086  CDS  NC_008321  97389  97967  579  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  YP_732224  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0087  CDS  NC_008321  97983  98378  396  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  YP_732225  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0088  CDS  NC_008321  98382  98738  357  MerR family transcriptional regulator  YP_732226  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0089  CDS  NC_008321  98922  99308  387  carboxymuconolactone decarboxylase  YP_732227  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0090  CDS  NC_008321  99360  100040  681  2,3-diketo-5-methylthio-1-phosphopentane phosphatase  YP_732228  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0091  CDS  NC_008321  100404  100838  435  hypothetical protein  YP_732229  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0092  CDS  NC_008321  100931  101944  1014  hypothetical protein  YP_732230  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0093  CDS  NC_008321  102073  102804  732  hypothetical protein  YP_732231  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0094  CDS  NC_008321  102895  104802  1908  hypothetical protein  YP_732232  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0095  CDS  NC_008321  105072  105500  429  MarR family transcriptional regulator  YP_732233  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0096  CDS  NC_008321  105536  106282  747  FAD-binding 9, siderophore-interacting domain-containing protein  YP_732234  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0097  CDS  NC_008321  106986  108212  1227  imidazolonepropionase  YP_732235  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0098  CDS  NC_008321  108410  109117  708  histidine utilization repressor  YP_732236  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0099  CDS  NC_008321  109241  110911  1671  urocanate hydratase  YP_732237  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shewmr4_0100  CDS  NC_008321  110959  112500  1542  histidine ammonia-lyase  YP_732238  normal  normal  Shewanella sp. MR-4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 41    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>