98 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Sfri_0001  CDS  NC_008345  23  1408  +  1386  chromosomal replication initiation protein  YP_748702  unclonable  0.0000000263579  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0002  CDS  NC_008345  1428  2528  +  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_748703  unclonable  0.00000000544098  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0032  CDS  NC_008345  35614  36996  +  1383  amidohydrolase  YP_748733  unclonable  0.0000000114541  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0126  CDS  NC_008345  139747  140526  +  780  glutamate racemase  YP_748827  unclonable  0.00000000153552  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0127  CDS  NC_008345  140574  141017  -  444  RNP-1 like RNA-binding protein  YP_748828  unclonable  0.000000000340315  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0138  CDS  NC_008345  155195  155896  +  702  50S ribosomal protein L1  YP_748839  unclonable  0.000000000376196  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0143  CDS  NC_008345  165847  166221  +  375  30S ribosomal protein S12  YP_748844  unclonable  0.0000000000877595  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0144  CDS  NC_008345  166304  166774  +  471  30S ribosomal protein S7  YP_748845  unclonable  0.000000000170326  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0145  CDS  NC_008345  166853  168949  +  2097  elongation factor G  YP_748846  unclonable  0.000000355615  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0146  CDS  NC_008345  169019  170203  +  1185  elongation factor Tu  YP_748847  unclonable  0.00000000378684  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0147  CDS  NC_008345  170557  170868  +  312  ribosomal protein S10  YP_748848  unclonable  0.0000000000495355  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0148  CDS  NC_008345  170896  171534  +  639  50S ribosomal protein L3  YP_748849  unclonable  0.000000000284118  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0154  CDS  NC_008345  173951  174640  +  690  30S ribosomal protein S3  YP_748855  unclonable  0.000000000551432  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0155  CDS  NC_008345  174652  175062  +  411  50S ribosomal protein L16  YP_748856  unclonable  0.00000000013379  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0156  CDS  NC_008345  175062  175253  +  192  50S ribosomal protein L29  YP_748857  unclonable  0.0000000000636656  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0157  CDS  NC_008345  175253  175501  +  249  ribosomal protein S17  YP_748858  unclonable  0.000000000117396  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0158  CDS  NC_008345  175678  176046  +  369  50S ribosomal protein L14  YP_748859  unclonable  0.000000000251869  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0159  CDS  NC_008345  176057  176371  +  315  50S ribosomal protein L24  YP_748860  unclonable  0.000000000158735  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0160  CDS  NC_008345  176385  176924  +  540  50S ribosomal protein L5  YP_748861  unclonable  0.000000000387746  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0161  CDS  NC_008345  176935  177240  +  306  30S ribosomal protein S14  YP_748862  unclonable  0.000000000142165  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0162  CDS  NC_008345  177265  177657  +  393  30S ribosomal protein S8  YP_748863  unclonable  0.000000000180901  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0163  CDS  NC_008345  177668  178201  +  534  50S ribosomal protein L6  YP_748864  unclonable  0.000000000387746  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0168  CDS  NC_008345  179715  181055  +  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_748869  unclonable  0.0000000114541  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0169  CDS  NC_008345  181079  181192  +  114  50S ribosomal protein L36  YP_748870  unclonable  0.0000000000409443  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0170  CDS  NC_008345  181309  181665  +  357  30S ribosomal protein S13  YP_748871  unclonable  0.000000000107267  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0171  CDS  NC_008345  181683  182075  +  393  30S ribosomal protein S11  YP_748872  unclonable  0.000000000137898  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0172  CDS  NC_008345  182108  182728  +  621  30S ribosomal protein S4  YP_748873  unclonable  0.000000000508668  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0185  CDS  NC_008345  193486  194025  +  540  redoxin domain-containing protein  YP_748886  unclonable  0.000000000121029  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0189  CDS  NC_008345  206187  208835  -  2649  phosphoenolpyruvate carboxylase  YP_748890  unclonable  0.00000683526  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0277  CDS  NC_008345  305590  306555  +  966  hypothetical protein  YP_748978  unclonable  0.00000000163126  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0313  CDS  NC_008345  343068  343559  +  492  spheroplast protein y precursor, putative  YP_749014  unclonable  0.000000000163608  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0619  CDS  NC_008345  722546  722917  +  372  hypothetical protein  YP_749317  unclonable  0.0000000000809735  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0620  CDS  NC_008345  723008  723637  -  630  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  YP_749318  unclonable  0.000000000275655  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0701  CDS  NC_008345  826565  826894  -  330  iojap-like protein  YP_749397  unclonable  0.000000000119797  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_0983  CDS  NC_008345  1147902  1149875  +  1974  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_749674  unclonable  0.000000296667  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1001  CDS  NC_008345  1171592  1172431  +  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_749692  unclonable  0.000000000919402  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
 
Sfri_1039  CDS  NC_008345  1223465  1223869  +  405  transcription antitermination protein NusB  YP_749730  unclonable  0.000000000044365  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1080  CDS  NC_008345  1277280  1280564  +  3285  peptidase S41  YP_749771  unclonable  0.0000759167  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1136  CDS  NC_008345  1335999  1337351  -  1353  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_749827  unclonable  0.0000000110023  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1280  CDS  NC_008345  1514873  1515895  +  1023  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase  YP_749971  unclonable  0.00000000197403  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1464  CDS  NC_008345  1748027  1748764  +  738  hypothetical protein  YP_750154  unclonable  0.0000000013069  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1496  CDS  NC_008345  1786243  1787271  +  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_750185  unclonable  0.0000000048222  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1497  CDS  NC_008345  1787280  1788239  +  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_750186  unclonable  0.00000000406338  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1498  CDS  NC_008345  1788272  1789198  +  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_750187  unclonable  0.00000000342481  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1499  CDS  NC_008345  1789209  1789955  +  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_750188  unclonable  0.00000000126797  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1500  CDS  NC_008345  1790119  1790352  +  234  acyl carrier protein  YP_750189  unclonable  0.000000000077006  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1604  CDS  NC_008345  1908250  1909908  -  1659  peptidase M28  YP_750293  unclonable  0.0000000577255  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
 
Sfri_1605  CDS  NC_008345  1910067  1910813  -  747  UMP phosphatase  YP_750294  unclonable  0.00000000109056  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1747  CDS  NC_008345  2055788  2056372  -  585  superoxide dismutase  YP_750435  unclonable  0.000000000473936  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1793  CDS  NC_008345  2114600  2115736  -  1137  alanine dehydrogenase  YP_750481  unclonable  0.00000000626319  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1910  CDS  NC_008345  2261955  2262482  -  528  flavodoxin FldA  YP_750594  unclonable  0.000000000190222  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1930  CDS  NC_008345  2289335  2290522  -  1188  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_750614  unclonable  0.00000000699486  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1931  CDS  NC_008345  2290702  2291262  +  561  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_750615  unclonable  0.000000000333496  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_1958  CDS  NC_008345  2326702  2328771  -  2070  endothelin-converting protein 1  YP_750642  unclonable  0.000000435105  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2079  CDS  NC_008345  2469255  2472239  +  2985  TonB-dependent receptor  YP_750763  unclonable  0.0000280363  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2118  CDS  NC_008345  2520186  2521028  -  843  short chain dehydrogenase  YP_750802  unclonable  0.00000000143066  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2119  CDS  NC_008345  2521139  2521837  -  699  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  YP_750803  unclonable  0.000000000535005  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2120  CDS  NC_008345  2521906  2523066  -  1161  tetratricopeptide repeat protein  YP_750804  unclonable  0.00000000410522  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2121  CDS  NC_008345  2523068  2523376  -  309  hypothetical protein  YP_750805  unclonable  0.0000000000851455  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2122  CDS  NC_008345  2523487  2523774  -  288  integration host factor subunit beta  YP_750806  unclonable  0.0000000000593472  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2123  CDS  NC_008345  2523852  2525519  -  1668  30S ribosomal protein S1  YP_750807  unclonable  0.0000000359988  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2144  CDS  NC_008345  2550723  2552738  -  2016  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_750828  unclonable  0.000000426277  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2145  CDS  NC_008345  2552902  2554746  +  1845  signal peptide peptidase SppA, 67K type  YP_750829  unclonable  0.000000233078  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2155  CDS  NC_008345  2564911  2566971  -  2061  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  YP_750839  unclonable  0.000000413371  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2203  CDS  NC_008345  2636489  2637826  -  1338  hypothetical protein  YP_750887  unclonable  0.0000000181796  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2297  CDS  NC_008345  2741234  2743660  -  2427  phosphoenolpyruvate synthase  YP_750981  unclonable  0.00000505096  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2400  CDS  NC_008345  2863949  2864941  +  993  hypothetical protein  YP_751083  unclonable  0.0000000014454  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2406  CDS  NC_008345  2870824  2871156  -  333  hypothetical protein  YP_751089  unclonable  0.0000000000526111  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2407  CDS  NC_008345  2871300  2874119  -  2820  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  YP_751090  unclonable  0.00000837393  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2463  CDS  NC_008345  2930638  2934072  -  3435  chromosome segregation protein SMC  YP_751146  unclonable  0.000141924  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2464  CDS  NC_008345  2934233  2935006  +  774  putative sulfate transport protein CysZ  YP_751147  unclonable  0.0000000013069  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2594  CDS  NC_008345  3101319  3103670  -  2352  ATP-dependent protease La  YP_751273  unclonable  0.00000142236  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2595  CDS  NC_008345  3103802  3105082  -  1281  ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpX  YP_751274  unclonable  0.0000000144337  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2628  CDS  NC_008345  3143255  3145861  -  2607  TonB-dependent receptor  YP_751307  unclonable  0.00000198241  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2687  CDS  NC_008345  3229445  3230728  +  1284  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_751366  unclonable  0.00000000955558  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2688  CDS  NC_008345  3230929  3231990  +  1062  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_751367  unclonable  0.00000000261317  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2714  CDS  NC_008345  3261885  3263294  +  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_751393  unclonable  0.0000000169422  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2856  CDS  NC_008345  3440781  3441047  +  267  transposase IS3/IS911 family protein  YP_751534  unclonable  0.000000000104071  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_2867  CDS  NC_008345  3449102  3450958  +  1857  hypothetical protein  YP_751545  unclonable  0.000000160677  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3238  CDS  NC_008345  3875779  3876531  -  753  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_751913  unclonable  0.00000000161464  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3597  CDS  NC_008345  4271344  4271766  +  423  OsmC family protein  YP_752263  unclonable  0.0000000000950914  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3603  CDS  NC_008345  4276814  4278022  +  1209  porin  YP_752269  unclonable  0.00000000908733  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3710  CDS  NC_008345  4399965  4400693  -  729  single-strand binding protein  YP_752376  unclonable  0.000000000568362  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3711  CDS  NC_008345  4400759  4402126  -  1368  major facilitator transporter  YP_752377  unclonable  0.0000000134514  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3720  CDS  NC_008345  4418534  4419901  -  1368  hypothetical protein  YP_752386  unclonable  0.0000000107792  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3766  CDS  NC_008345  4476532  4476918  +  387  hypothetical protein  YP_752432  unclonable  0.000000000239528  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3767  CDS  NC_008345  4476962  4477267  +  306  hypothetical protein  YP_752433  unclonable  0.000000000212391  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3796  CDS  NC_008345  4526231  4528951  -  2721  preprotein translocase subunit SecA  YP_752460  unclonable  0.00000547853  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3799  CDS  NC_008345  4530394  4531314  -  921  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  YP_752463  unclonable  0.000000000708565  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3800  CDS  NC_008345  4531525  4532691  -  1167  cell division protein FtsZ  YP_752464  unclonable  0.00000000371095  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_3988  CDS  NC_008345  4754160  4756556  -  2397  TonB-dependent receptor  YP_752652  unclonable  0.00000235152  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_4065  CDS  NC_008345  4844328  4844684  -  357  ribonuclease P  YP_752729  unclonable  0.000000000140717  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_4066  CDS  NC_008345  4844697  4844834  -  138  50S ribosomal protein L34  YP_752730  unclonable  0.0000000000570066  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0100  tRNA  NC_008345  3261213  3261288  -  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000389381  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0101  tRNA  NC_008345  3261330  3261405  -  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000312411  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0102  tRNA  NC_008345  3261438  3261513  -  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000271468  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0103  tRNA  NC_008345  3261553  3261628  -  76  tRNA-Val    unclonable  0.0000000000279802  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Sfri_R0104  tRNA  NC_008345  3263399  3263474  +  76  tRNA-Ala    unclonable  0.0000000000207184  n/a    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>