43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6118 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6118  hypothetical protein  100 
 
 		 393 aa  790    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6119  hypothetical protein  84.1 
 
 		 390 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3129  hypothetical protein  29.38 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  41.03 
 
 		 3474 aa  62.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03150  hypothetical protein  42.2 
 
 		 690 aa  62  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.345616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2038  FG-GAP  37.72 
 
 		 690 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0466844 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  38.32 
 
 		 3477 aa  58.9  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  33.02 
 
 		 9867 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5274  outer membrane adhesin like protein  34.86 
 
 		 2377 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.941453  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  39.66 
 
 		 2816 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  37.04 
 
 		 4978 aa  53.1  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  34.68 
 
 		 4848 aa  53.1  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02378  hypothetical protein  39.09 
 
 		 814 aa  52.8  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.96 
 
 		 850 aa  51.6  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2665  multicopper oxidase type 2  38.14 
 
 		 1131 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.717674 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  29.31 
 
 		 1597 aa  50.4  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3184  hypothetical protein  36.59 
 
 		 1131 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26340  hypothetical protein  45.59 
 
 		 654 aa  50.1  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4137  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.11 
 
 		 1599 aa  48.9  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.58 
 
 		 3816 aa  48.9  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  35.4 
 
 		 2839 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  26.55 
 
 		 3191 aa  48.9  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2342  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.3 
 
 		 2812 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000136287 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  32.54 
 
 		 721 aa  48.5  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2359  putative outer membrane adhesin like proteiin  39.62 
 
 		 761 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.658251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2532  multicopper oxidase, type 2  36.84 
 
 		 1131 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  34.38 
 
 		 892 aa  47  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2552  hypothetical protein  33.05 
 
 		 743 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0439698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  36.64 
 
 		 994 aa  46.2  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0107  conserved repeat domain protein  31.93 
 
 		 4896 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.615678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  40 
 
 		 1712 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  36.36 
 
 		 1394 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  35.04 
 
 		 1269 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  35.11 
 
 		 1502 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.05 
 
 		 4122 aa  44.7  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2593  conserved repeat domain protein  24.87 
 
 		 3793 aa  44.7  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.073398 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  39.25 
 
 		 1269 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2366  hypothetical protein  33.05 
 
 		 743 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  38.89 
 
 		 1268 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.64 
 
 		 2346 aa  43.9  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2953  hypothetical protein  34.55 
 
 		 743 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143577  normal  0.387035 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0237  hypothetical protein  34.55 
 
 		 1006 aa  43.1  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0211048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3397  hypothetical protein  32.2 
 
 		 755 aa  42.7  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.748182 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>