131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0644 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0644  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  100 
 
 
440 aa  907    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3241  phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC, putative  39.25 
 
 
419 aa  277  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.560629 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2683  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  32.15 
 
 
437 aa  237  3e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.322745  normal  0.30829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2751  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  32.39 
 
 
437 aa  237  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2651  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  31.51 
 
 
407 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0959912  hitchhiker  0.000467532 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2587  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  31.42 
 
 
436 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.259528  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2628  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  31.98 
 
 
436 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2539  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  31.98 
 
 
436 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4801  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 
442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.433474  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4658  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
440 aa  140  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4655  putative regulatory lipoprotein  29.93 
 
 
395 aa  127  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1990  putative regulatory lipoprotein  25.26 
 
 
419 aa  113  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.307134  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
375 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2968  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 
445 aa  94.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.812096 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.46 
 
 
338 aa  82.4  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52130  periplasmic binding protein  24.36 
 
 
388 aa  77  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
470 aa  73.2  0.000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.29 
 
 
358 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  21.98 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.86 
 
 
346 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  23.86 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  23.86 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  23.86 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  23.86 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.86 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.86 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  24.43 
 
 
358 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  22.98 
 
 
358 aa  67  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  21.98 
 
 
350 aa  67  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
336 aa  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1808  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 
514 aa  65.9  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 
345 aa  64.7  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  32.26 
 
 
367 aa  64.3  0.000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
340 aa  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.21 
 
 
347 aa  62.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
327 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  31.01 
 
 
339 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  24.88 
 
 
351 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  31.01 
 
 
339 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  22.7 
 
 
341 aa  62  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
320 aa  60.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1007  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
485 aa  60.5  0.00000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.256846  decreased coverage  0.000168852 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
333 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.7 
 
 
341 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  22.78 
 
 
341 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0075  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
498 aa  59.3  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.735503  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.88 
 
 
351 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.57 
 
 
339 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  25.73 
 
 
347 aa  58.9  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.99 
 
 
341 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.98 
 
 
341 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 
343 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.98 
 
 
341 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.37 
 
 
351 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.7 
 
 
341 aa  57.4  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 
356 aa  57.4  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 
351 aa  57.4  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1168  extracellular solute-binding protein  20.67 
 
 
516 aa  56.6  0.0000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.731614  normal  0.0353149 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 
340 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
338 aa  55.8  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  22.86 
 
 
341 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  27.23 
 
 
341 aa  55.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  22.86 
 
 
341 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0248  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
511 aa  55.5  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.370696 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.23 
 
 
341 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.14 
 
 
336 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  31.25 
 
 
336 aa  54.7  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 
326 aa  54.3  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0650  hypothetical protein  26.44 
 
 
467 aa  54.3  0.000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0944  hypothetical protein  26.52 
 
 
472 aa  54.3  0.000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  decreased coverage  0.0000501517 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  21.85 
 
 
339 aa  53.9  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 
379 aa  53.5  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 
341 aa  53.5  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40 
 
 
335 aa  53.5  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0214  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.38 
 
 
337 aa  53.1  0.000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  23.16 
 
 
362 aa  53.1  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  21.58 
 
 
339 aa  52.8  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0028  hypothetical protein  25.14 
 
 
470 aa  52.4  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  33 
 
 
337 aa  52.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
326 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
326 aa  51.6  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0455  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  24.43 
 
 
360 aa  51.2  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.617088  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  23.53 
 
 
362 aa  51.2  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
354 aa  50.8  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1306  extracellular solute-binding protein  22.85 
 
 
369 aa  50.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.701273  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.07 
 
 
341 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
343 aa  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0297  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  25.34 
 
 
340 aa  50.1  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  21.03 
 
 
347 aa  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.13 
 
 
341 aa  49.3  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 
341 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  26.76 
 
 
364 aa  49.7  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.13 
 
 
341 aa  49.7  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  23.91 
 
 
341 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
344 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
341 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
343 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  29.59 
 
 
343 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>