More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0009 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
379 aa  779    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  35.56 
 
 
342 aa  203  3e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 
343 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  37.75 
 
 
346 aa  186  5e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  38.55 
 
 
344 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
343 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  37.97 
 
 
343 aa  182  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  34.56 
 
 
340 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  36.73 
 
 
344 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 
342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  34.86 
 
 
337 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  31.67 
 
 
350 aa  171  2e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  33.98 
 
 
340 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  34.16 
 
 
344 aa  169  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  37.18 
 
 
343 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  32.64 
 
 
342 aa  166  5e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.12 
 
 
341 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 
343 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  33.56 
 
 
341 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.12 
 
 
341 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  35.17 
 
 
342 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  31.23 
 
 
343 aa  157  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  34.06 
 
 
342 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  33.9 
 
 
339 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  29.9 
 
 
347 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  33.22 
 
 
339 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  33.45 
 
 
358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 
345 aa  136  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  32.75 
 
 
346 aa  134  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  32.75 
 
 
358 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  32.75 
 
 
358 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  32.75 
 
 
358 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  32.75 
 
 
358 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  32.75 
 
 
358 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  32.35 
 
 
266 aa  133  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  32.75 
 
 
358 aa  133  6e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  32.76 
 
 
358 aa  133  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  32.76 
 
 
358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  31.69 
 
 
367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 
340 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  30.37 
 
 
341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.48 
 
 
341 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
341 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.11 
 
 
347 aa  124  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.16 
 
 
341 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 
341 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
344 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.8 
 
 
341 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.8 
 
 
341 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 
356 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
340 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 
343 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.33 
 
 
347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  31.97 
 
 
351 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.97 
 
 
351 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.56 
 
 
351 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3791  ABC transporter, substrate-binding protein  27.83 
 
 
344 aa  110  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 
340 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.92 
 
 
338 aa  109  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.99 
 
 
336 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
335 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.23 
 
 
339 aa  107  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  28.13 
 
 
378 aa  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  30.62 
 
 
336 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  31.27 
 
 
344 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
470 aa  101  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 
351 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 
349 aa  100  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5382  putative lipoprotein  30.89 
 
 
344 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5572  putative lipoprotein  30.89 
 
 
344 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  30.43 
 
 
344 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.44 
 
 
325 aa  95.5  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  25.79 
 
 
339 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  29.64 
 
 
344 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.19 
 
 
339 aa  93.6  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.09 
 
 
335 aa  92.8  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4956  ABC transporter substrate-binding protein  29.64 
 
 
344 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  25.08 
 
 
364 aa  91.3  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5110  putative lipoprotein  29.25 
 
 
344 aa  90.9  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4941  ABC transporter substrate-binding protein  29.25 
 
 
344 aa  90.9  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5501  putative lipoprotein  29.25 
 
 
344 aa  90.9  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2025  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 
296 aa  90.9  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.727103  hitchhiker  0.0000000026678 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5350  putative lipoprotein  29.25 
 
 
344 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
375 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2031  ABC-type transporter, periplasmic component  24.81 
 
 
331 aa  87.4  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.702659  hitchhiker  0.000664756 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1175  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.282862  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
382 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  28.78 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.83 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.83 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2416  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 
349 aa  77  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000133122  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
366 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.09 
 
 
343 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2152  putative periplasmic solute-binding protein  26.83 
 
 
342 aa  74.3  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282737  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
339 aa  73.6  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>