55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0972 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0972  signal transduction protein  100 
 
 		 439 aa  869    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 423 aa  72  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  34.09 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  26.72 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  31.89 
 
 		 429 aa  68.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  31.28 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  25.27 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 431 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 431 aa  64.3  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  26.38 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  26.39 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  22.42 
 
 		 406 aa  62  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  27.95 
 
 		 449 aa  62  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  31.15 
 
 		 448 aa  62.4  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  31.61 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  25.75 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  29.82 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 		 431 aa  60.5  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  25.18 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  24.94 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  23.89 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  25.84 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  27.75 
 
 		 480 aa  58.5  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  26.82 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  23.37 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  27.95 
 
 		 412 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  24.13 
 
 		 412 aa  54.7  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  26.83 
 
 		 413 aa  53.5  0.000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3112  putative signal transduction protein  26.99 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  26.49 
 
 		 428 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  29.27 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  25.71 
 
 		 464 aa  52.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  26.99 
 
 		 403 aa  52.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  32.09 
 
 		 444 aa  51.6  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4432  putative signal transduction protein  25.69 
 
 		 409 aa  49.7  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  22.65 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  19.54 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  25.95 
 
 		 411 aa  49.3  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0558  putative signal transduction protein  29 
 
 		 410 aa  48.5  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  22.45 
 
 		 397 aa  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  26.57 
 
 		 414 aa  48.5  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  24.4 
 
 		 411 aa  47.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  28.88 
 
 		 403 aa  47.8  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  26.11 
 
 		 439 aa  47.4  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  25.41 
 
 		 411 aa  47  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  25.59 
 
 		 423 aa  47  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  22.25 
 
 		 408 aa  46.6  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  20.42 
 
 		 409 aa  45.8  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  21.4 
 
 		 407 aa  45.8  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  31.82 
 
 		 634 aa  45.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  24.07 
 
 		 400 aa  45.8  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  26.67 
 
 		 438 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  24.77 
 
 		 397 aa  43.1  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>