293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2085 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2085  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  100 
 
 
137 aa  274  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3819  ATP synthase F1, epsilon subunit  54.68 
 
 
148 aa  143  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.590081  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2933  ATP synhtase epsilon chain  58.46 
 
 
131 aa  140  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187762  normal  0.0186887 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2200  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  54.2 
 
 
132 aa  134  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0975  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  54.2 
 
 
132 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2300  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  53.44 
 
 
132 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.349396  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1050  ATP synthase F1, epsilon subunit  60.42 
 
 
132 aa  122  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7379  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  50.46 
 
 
133 aa  101  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308596  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4104  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  45.69 
 
 
135 aa  99.8  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.205701  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6634  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  50 
 
 
133 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0501397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0602  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  48.62 
 
 
133 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804417  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1463  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.61 
 
 
133 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2921  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.49 
 
 
134 aa  96.7  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3939  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.57 
 
 
135 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3650  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.57 
 
 
135 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1742  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.11 
 
 
133 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.13478 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1465  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.11 
 
 
133 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708115  normal  0.0599102 
 
 
-
 
NC_004310  BR1798  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.83 
 
 
135 aa  94.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1466  ATP synthase F1, epsilon subunit  44.63 
 
 
132 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2082  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  39.39 
 
 
139 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.929878  normal  0.384385 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1106  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  47.57 
 
 
135 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1731  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.97 
 
 
138 aa  92  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3219  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.86 
 
 
135 aa  89.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.816212  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2800  ATP synthase F1, epsilon subunit  39.69 
 
 
133 aa  88.2  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.694074  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0344  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.43 
 
 
133 aa  80.5  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0434  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  40.37 
 
 
135 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.639575  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6913  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.96 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0173  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  41.05 
 
 
135 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4869  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.39 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1227  H+-transporting two-sector ATPase, delta/epsilon subunit  42.42 
 
 
134 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0528  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  37.84 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.835042  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0409  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  44.19 
 
 
135 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.384593 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0217  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  38.61 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.812773  normal  0.0791125 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0170  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.34 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.41505  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0560  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.25 
 
 
151 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0264  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  46.25 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.300977  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4735  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.5 
 
 
86 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00461948 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0063  ATP synthase F1, epsilon subunit  38.26 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0624  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  43.53 
 
 
87 aa  65.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.88772 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3729  ATP synthase F1, epsilon subunit  36.61 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2958  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0177  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.313145  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4041  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3967  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4897  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  33.94 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.271639 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3016  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3354  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1586  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0256  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  36.14 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.344579  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0304  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.94 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.799769  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0892  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  38.38 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0309  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.94 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0959525 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1682  ATP synthase F1, epsilon subunit  31.62 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.87905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0381  ATP synthase F1, epsilon subunit  40.54 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3955  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  33.33 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0052877  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3492  ATP synthase F1, epsilon subunit  39.05 
 
 
152 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0175018  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2211  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  33.64 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3893  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.04 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.159746  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4190  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0328  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.94 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.531135 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4868  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  35.29 
 
 
139 aa  62.8  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0107  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4874  ATP synthase F1, epsilon subunit  39.05 
 
 
152 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3844  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  36.78 
 
 
142 aa  62.8  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154563 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2429  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  42.86 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0464757  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2136  ATP synthase F1, epsilon subunit  31.63 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0107  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.722454 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2796  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  39.53 
 
 
140 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3289  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1312  ATP synthase F1, epsilon subunit  32.11 
 
 
140 aa  62.8  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0997664  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3307  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.236426  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12040  ATP synthase, F1 epsilon subunit  34.38 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0041  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  32.98 
 
 
141 aa  62  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.952205  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0421  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  33.73 
 
 
138 aa  62  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2948  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5412  ATP synthase F1, epsilon subunit  39.05 
 
 
152 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.782662 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0098  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712946  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0107  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0123  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  28.68 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3643  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  36.96 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0268699  normal  0.0255612 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0115  ATP synthase F1, epsilon subunit  31.58 
 
 
138 aa  62  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0481  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.94 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03615  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.901981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4236  ATP synthase F1, epsilon subunit  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4263  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.634105  normal  0.317947 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3947  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4246  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.014203  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5167  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0939649 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3058  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  29.46 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0023  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.74 
 
 
138 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.187642  hitchhiker  0.000120688 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03559  hypothetical protein  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.772502  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4044  ATP synthase F1, epsilon subunit  30.53 
 
 
142 aa  61.6  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.757579  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4485  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  35.63 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.541695  hitchhiker  0.00000768605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4099  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.420004 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2189  ATP synthase F1, epsilon subunit  35.8 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2403  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  38.27 
 
 
85 aa  61.6  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3493  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.19 
 
 
138 aa  61.6  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000220298  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3026  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  31.91 
 
 
141 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0373  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  34.94 
 
 
138 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4145  F0F1 ATP synthase subunit epsilon  30.36 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>