More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2165 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2165  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 220 aa  449  1e-125  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.303898  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1933  hydrogenase nickel incorporation protein  66.36 
 
 		 223 aa  297  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.125072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1563  hydrogenase accessory protein HypB  63.76 
 
 		 224 aa  293  1e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0444465  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2829  hydrogenase accessory protein HypB  46.73 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  44.6 
 
 		 266 aa  210  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  44.6 
 
 		 267 aa  210  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  45.75 
 
 		 220 aa  210  2e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  45.79 
 
 		 295 aa  209  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  47.89 
 
 		 270 aa  209  3e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11720  hydrogenase accessory protein HypB  47.2 
 
 		 217 aa  206  2e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.708429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17110  hydrogenase accessory protein HypB  47.53 
 
 		 223 aa  205  4e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  44.5 
 
 		 250 aa  205  5e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  42.79 
 
 		 218 aa  201  5e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  45.45 
 
 		 218 aa  201  7e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  44.98 
 
 		 217 aa  200  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  46.26 
 
 		 262 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  44.39 
 
 		 284 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  44.39 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  44.2 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  43.12 
 
 		 352 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  46.15 
 
 		 292 aa  199  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  43.19 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  44.86 
 
 		 278 aa  198  3.9999999999999996e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  45.45 
 
 		 264 aa  198  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  44.39 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  44.6 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  44.86 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  43.19 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  44.86 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0469  hydrogenase accessory protein HypB  40.19 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.590808  normal  0.0381022 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  44.5 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  43.6 
 
 		 281 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  43.13 
 
 		 257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  40.45 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  43.13 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  41.35 
 
 		 224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.72 
 
 		 287 aa  194  7e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  194  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.33 
 
 		 290 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  40.95 
 
 		 218 aa  194  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  45.07 
 
 		 267 aa  194  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2010  hydrogenase accessory protein HypB  43.98 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.33 
 
 		 290 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.33 
 
 		 290 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.33 
 
 		 290 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  44.98 
 
 		 279 aa  193  2e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.79 
 
 		 290 aa  193  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  42.99 
 
 		 283 aa  192  3e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  42.13 
 
 		 254 aa  192  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2180  hydrogenase accessory protein HypB  46.12 
 
 		 217 aa  192  5e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  40.18 
 
 		 326 aa  191  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  41.98 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  41.63 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  41.78 
 
 		 277 aa  190  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  41.94 
 
 		 315 aa  190  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  43.6 
 
 		 276 aa  190  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  42.03 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  42.72 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  41.86 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  41.31 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  43.46 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  41.15 
 
 		 283 aa  188  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.92 
 
 		 252 aa  188  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23990  hydrogenase accessory protein HypB  42.6 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  42.11 
 
 		 267 aa  187  8e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  42.65 
 
 		 268 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  42.86 
 
 		 286 aa  187  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  41.06 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  42.38 
 
 		 294 aa  186  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  42.58 
 
 		 263 aa  186  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  42.11 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  42.11 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  42.99 
 
 		 254 aa  185  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  41.51 
 
 		 252 aa  185  4e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  41.23 
 
 		 275 aa  185  5e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  38.97 
 
 		 219 aa  185  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  41.63 
 
 		 303 aa  184  6e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  41.23 
 
 		 301 aa  184  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1648  hydrogenase accessory protein HypB  45.15 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  42.2 
 
 		 264 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  41.51 
 
 		 270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  42.53 
 
 		 244 aa  181  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0972  hydrogenase accessory protein HypB  38.03 
 
 		 235 aa  181  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.423618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  40.93 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  41.12 
 
 		 244 aa  180  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  41.55 
 
 		 281 aa  180  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1902  hydrogenase accessory protein HypB  41.55 
 
 		 252 aa  180  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  42.79 
 
 		 237 aa  180  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  42.27 
 
 		 263 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2043  hydrogenase accessory protein HypB  40.38 
 
 		 253 aa  179  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  40.28 
 
 		 284 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  42.72 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0924  hydrogenase accessory protein HypB  38.97 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>