More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0919 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0919  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
388 aa  792    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00213667  normal  0.147124 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00706  nucleotide sugar dehydrogenase  74.74 
 
 
388 aa  626  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3019  nucleotide sugar dehydrogenase  73.71 
 
 
397 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0876853 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001761  UDP-glucose dehydrogenase  74.48 
 
 
388 aa  620  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1330  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.2 
 
 
388 aa  617  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.143594  decreased coverage  0.000414466 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1418  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.97 
 
 
388 aa  609  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0591  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.45 
 
 
388 aa  605  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2641  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.71 
 
 
388 aa  606  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1202  nucleotide sugar dehydrogenase  74.23 
 
 
389 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1373  UDP-glucose 6-dehydrogenase  72.42 
 
 
388 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0800  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.83 
 
 
391 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1203  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.2 
 
 
388 aa  604  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.699954  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1387  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.65 
 
 
388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.496605  hitchhiker  0.0000966488 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2849  nucleotide sugar dehydrogenase  73.45 
 
 
388 aa  601  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1629  nucleotide sugar dehydrogenase  73.71 
 
 
388 aa  597  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00733567  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.91 
 
 
388 aa  599  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112663  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01930  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.71 
 
 
388 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.586017  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1032  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.45 
 
 
388 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.366892 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01916  hypothetical protein  73.71 
 
 
388 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656876  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2961  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.71 
 
 
388 aa  597  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000204361 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1614  nucleotide sugar dehydrogenase  73.2 
 
 
388 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.812894 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2319  UDP-glucose 6-dehydrogenase  73.2 
 
 
388 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1572  nucleotide sugar dehydrogenase  69.59 
 
 
388 aa  590  1e-168  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2418  udp-glucose 6-dehydrogenase  71.65 
 
 
388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233828 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00992  nucleotide sugar dehydrogenase  69.77 
 
 
395 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000137814  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1510  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  69.49 
 
 
390 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1968  UDP-glucose 6-dehydrogenase  69.33 
 
 
389 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2115  DNA gyrase, subunit A  70.88 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4273  nucleotide sugar dehydrogenase  70.62 
 
 
387 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2259  udp-glucose 6-dehydrogenase  71.65 
 
 
388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.389868  normal  0.025931 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2306  udp-glucose 6-dehydrogenase  71.39 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0255325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2205  udp-glucose 6-dehydrogenase  71.65 
 
 
388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.638468  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0071  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  70.36 
 
 
387 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4687  UDP-glucose 6-dehydrogenase  70.62 
 
 
387 aa  577  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  71.13 
 
 
388 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0186642 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4468  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  69.85 
 
 
387 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2679  nucleotide sugar dehydrogenase  69.85 
 
 
388 aa  578  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0720  UDP-glucose 6-dehydrogenase  68.3 
 
 
388 aa  574  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000875671  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4328  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  69.59 
 
 
387 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1795  nucleotide sugar dehydrogenase  68.3 
 
 
389 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3885  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  69.85 
 
 
409 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4088  phosphoglycerate mutase  69.85 
 
 
409 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2929  nucleotide sugar dehydrogenase  69.07 
 
 
388 aa  565  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3978  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  69.07 
 
 
409 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.261644 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1349  nucleotide sugar dehydrogenase  67.78 
 
 
388 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3483  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  67.27 
 
 
389 aa  560  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.956099  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1563  UDP-glucose 6-dehydrogenase  66.24 
 
 
397 aa  557  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.03127  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2850  nucleotide sugar dehydrogenase  65.98 
 
 
388 aa  550  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.217055  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3861  UDP-glucose 6-dehydrogenase  63.73 
 
 
398 aa  528  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0444005  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1498  nucleotide sugar dehydrogenase  61.79 
 
 
389 aa  521  1e-147  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1067  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.95 
 
 
391 aa  508  1e-143  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.575864  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  58.09 
 
 
491 aa  492  9.999999999999999e-139  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0900  hypothetical protein  56.93 
 
 
397 aa  483  1e-135  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0374108 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1737  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.44 
 
 
388 aa  464  9.999999999999999e-131  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0150  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.23 
 
 
372 aa  422  1e-117  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0958685  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0275  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation  51.14 
 
 
422 aa  419  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0309187  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0592  nucleotide sugar dehydrogenase  49.1 
 
 
389 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.887508 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0599  nucleotide sugar dehydrogenase  49.1 
 
 
389 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0568  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  49.1 
 
 
389 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00339328  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.24 
 
 
451 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0608813  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2277  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.5 
 
 
451 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00280919  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4824  nucleotide sugar dehydrogenase  33.24 
 
 
435 aa  179  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  32.96 
 
 
427 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2489  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.81 
 
 
436 aa  179  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.656583  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2750  nucleotide sugar dehydrogenase  31.43 
 
 
475 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3526  nucleotide sugar dehydrogenase  33.05 
 
 
443 aa  176  5e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7670  nucleotide sugar dehydrogenase  32.13 
 
 
439 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.888609  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.93 
 
 
460 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1344  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.44 
 
 
439 aa  173  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.73347 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0606  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.86 
 
 
442 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.641401  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1839  nucleotide sugar dehydrogenase  31.77 
 
 
434 aa  172  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158743  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  32.14 
 
 
443 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3217  nucleotide sugar dehydrogenase  31.51 
 
 
438 aa  170  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  32.24 
 
 
449 aa  169  7e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000062373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1513  nucleotide sugar dehydrogenase  31.83 
 
 
437 aa  169  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3344  nucleotide sugar dehydrogenase  31.55 
 
 
457 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0210  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.98 
 
 
453 aa  168  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3028  nucleotide sugar dehydrogenase  31.25 
 
 
438 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5385  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.4 
 
 
457 aa  166  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.463781  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0952  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.18 
 
 
404 aa  166  5e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.134556  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  29.3 
 
 
438 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28520  nucleotide sugar dehydrogenase  31.56 
 
 
494 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.55315  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2042  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.79 
 
 
445 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0064  nucleotide sugar dehydrogenase  31.27 
 
 
442 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0265709  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2782  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  30.14 
 
 
457 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.28 
 
 
478 aa  166  8e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0278162  normal  0.412621 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1853  nucleotide sugar dehydrogenase  31.3 
 
 
441 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  33.33 
 
 
443 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1948  nucleotide sugar dehydrogenase  30.99 
 
 
434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.286781  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3252  nucleotide sugar dehydrogenase  32.03 
 
 
438 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597555 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3255  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.77 
 
 
434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.564317  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0713  nucleotide sugar dehydrogenase  32.59 
 
 
437 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227984 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1284  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  31.02 
 
 
439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.583067 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  33.61 
 
 
453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  31.27 
 
 
437 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3001  nucleotide sugar dehydrogenase  31.39 
 
 
438 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  31.27 
 
 
437 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0408  UDP-glucose 6-dehydrogenase  29.53 
 
 
439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.782404  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0894  nucleotide sugar dehydrogenase  31.69 
 
 
449 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  31.67 
 
 
443 aa  164  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>