45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_8441 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_3033  hypothetical protein  73.76 
 
 		 621 aa  917    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.627155  normal  0.211412 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8441  hypothetical protein  100 
 
 		 615 aa  1222    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3031  hypothetical protein  49.75 
 
 		 837 aa  172  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.711635  normal  0.153146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8439  hypothetical protein  45.4 
 
 		 744 aa  172  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5576  hypothetical protein  29.55 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2955  hypothetical protein  41.52 
 
 		 774 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1979  hypothetical protein  38.65 
 
 		 733 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0704553  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2149  hypothetical protein  38.37 
 
 		 682 aa  109  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5888  hypothetical protein  26.32 
 
 		 587 aa  109  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5488  hypothetical protein  26.32 
 
 		 587 aa  109  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.438418 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6403  hypothetical protein  36 
 
 		 590 aa  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0233241  normal  0.0445002 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4634  hypothetical protein  30.29 
 
 		 268 aa  102  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.274965  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5517  hypothetical protein  25.65 
 
 		 591 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  40.68 
 
 		 284 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  40.68 
 
 		 284 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  41.38 
 
 		 284 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4635  sigma-70 region 4 domain protein  30.77 
 
 		 289 aa  47.4  0.0009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.998254  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  46.81 
 
 		 284 aa  47  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  38.98 
 
 		 284 aa  47  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  35.29 
 
 		 301 aa  45.8  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  35.21 
 
 		 295 aa  46.2  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0471  RNA polymerase factor sigma-32  41.67 
 
 		 284 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60439  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4172  RNA polymerase factor sigma-32  37.29 
 
 		 284 aa  46.2  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2278  sigma-70 region 4 domain-containing protein  27.46 
 
 		 473 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04930  RNA polymerase factor sigma-32  41.67 
 
 		 284 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  44.68 
 
 		 284 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  45.83 
 
 		 299 aa  45.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  27.95 
 
 		 300 aa  45.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  44.68 
 
 		 284 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1021  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.36 
 
 		 625 aa  44.7  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0431  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.23 
 
 		 372 aa  44.7  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1081  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.36 
 
 		 622 aa  44.7  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.36 
 
 		 622 aa  44.7  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.101684  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.73 
 
 		 285 aa  44.3  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0932  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  30 
 
 		 285 aa  44.7  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1019  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.36 
 
 		 622 aa  44.7  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0406666  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  33.33 
 
 		 474 aa  44.3  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  36.76 
 
 		 299 aa  44.3  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  35.44 
 
 		 290 aa  43.9  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  43.48 
 
 		 287 aa  43.9  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  43.48 
 
 		 341 aa  43.9  0.008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  30.49 
 
 		 297 aa  43.9  0.009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0521  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 		 623 aa  43.9  0.009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.981819  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1029  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.23 
 
 		 370 aa  43.9  0.009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48070  RNA polymerase factor sigma-32  44.68 
 
 		 284 aa  43.9  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.254094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>