204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5885 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5885  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  668    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4826  DeoR family transcriptional regulator  86.46 
 
 		 326 aa  597  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.658414  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0522  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  33.76 
 
 		 694 aa  169  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4059  DeoR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.810419  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  30.55 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  33.44 
 
 		 694 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2414  DeoR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.415693  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2312  sugar-binding domain-containing protein  33.99 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  30.32 
 
 		 700 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3825  Glycerone kinase  33.55 
 
 		 695 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0322545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  28.43 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 		 316 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 362 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  25.72 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  25.16 
 
 		 310 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  26.05 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  26.05 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  25.4 
 
 		 315 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  25.64 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  28.66 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  24.76 
 
 		 315 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.29 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.29 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  25 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  26.73 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.44 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  24.44 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.44 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.44 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  27.39 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  24.33 
 
 		 315 aa  106  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  23.66 
 
 		 315 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  27.15 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  25 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  28.03 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  25.88 
 
 		 332 aa  99.8  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  25.88 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  26.02 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  26.35 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  20.89 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0561  transcriptional regulator, DeoR family  25.41 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00573542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  25.71 
 
 		 316 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  24.92 
 
 		 320 aa  95.9  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  26.14 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3288  transcriptional regulator, DeoR family  29.21 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.112061  normal  0.0190392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1160  citrate lyase regulator, putative  23.58 
 
 		 321 aa  94.4  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152534  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  25.82 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  25.82 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4738  DeoR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 339 aa  92.8  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4358  DeoR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 339 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  26.58 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  25.82 
 
 		 317 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 339 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  25.42 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  25.49 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  25.56 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  25 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  25.95 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  25.56 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  25.95 
 
 		 319 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06830  transcriptional regulator  24.6 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  25.56 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  25.56 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  25.56 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  25.16 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  24.52 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  25.56 
 
 		 339 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  25.82 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  25.82 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  25.82 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  25.82 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  25.82 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 313 aa  89.7  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 334 aa  89.4  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  27.48 
 
 		 325 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>